Protease activities of thermophilic microorganisms isolated from hot springs in Turkey: Detection of alkaline serine protease gene sequences by polmerase chain reaction (PCR)
Türkiye'deki sıcak su kaynaklarından izole edilen termofilik mikroorganizmaların proteaz aktiviteleri: Alkali serin proteaz gen dizilerinin polimeraz zincir reaksiyonu (PCR) ile belirlenmesi
- Tez No: 82584
- Danışmanlar: PROF. DR. SEMRA KOCABIYIK
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Biology
- Anahtar Kelimeler: Isıya dayanıklı proteaz, termofilik bakteriler, termofilik Archaea, serin proteaz, PCR VI, Mikroorganizmalar, Peptid hidrolazlar, Polimeraz zincirleme reaksiyonu, Sıcak su kaynakları, Termofilik fauna, Thermostable protease, thermophilic bacteria, thermophilic Archaea, serine protease, PCR IV, Microorganisms, Peptide hydrolases, Polymerase chain reaction, Hot springs, Thermophilic fungus
- Yıl: 1999
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
öz TÜRKİYE'DEKİ SICAK SU KAYNAKLARINDAN İZOLE EDİLEN TERMOFİLİK MİKROORGANİZMALARIN PROTEAZ AKTİVİTELERİ: ALKALİ SERİN PROTEAZ GEN DİZİLERİNİN POLİMERAZ ZİNCİR REAKSYONU (PCR) İLE BELİRLENMESİ Erdem, Bilge Yüksek Lisans, Biyoloji Bölümü Tez Yöneticisi: Prof. Dr. Semra Kocabıyık Temmuz 1 999, 1 1 1 sayfa Bu çalışmada Batı, Kuzey Batı ve Orta Anadolu'daki jeotermal bölgelerdeki sıcak su kaynaklarından ve Olimpos Dağı'ndaki yanan yarıklardan toplam 24 adet aerobik termoasidofilik bakteri ve Archeabacteria izole edilmiştir. Hidrotermal bölgelerin sıcaklığı 60°C ilâ 95°C arasında değişmektedir. İzolatların büyük bir kısmı orta derecede termofilik mikroorganizmalar olup, 50°C ilâ 70°C ve pH 2-5'de optimum gelişme göstermektedir. Mikroorganizmaların bir tanesi dışında hepsi gram negatif olup çeşitli organizasyonlarda uzun ya da kısa çubuk şeklindedirler ve büyük bir kısmı spor oluşturmaktadır. İki izolat ise düzgün olmayan küçük kok şeklindedir. Tüm mikroorganizmalar azokazein hidrolizi dikkate alındığında 0.6 ünite ile 5.1 ünite arasında değişen hücre içi nötral ve / veya alkali proteaz aktivitesine sahiptir. Ancak, izolatlardan hiçbirinde, asit bir ortama adapte olmanın sonucu olarak, belirgin bir hücre dışı alkali proteaz aktivitesigörülmemiştir. Yüksek proteaz aktivitesi nedeniyle seçilen üç izolatın (898- BS1, 898-BS17 ve 898-BS24), hücre ekstraktl arında jelatin-zimografi tekniği ile SDS dirençli çoklu proteaz aktivitesi saptanmıştır. Termofilik izolatların total DNA'larından PCR ile alkali serin proteaz gen dizileri çoğaltıldığında dört farklı (650 bp, 450 bp, 400 bp ve 300 bp) fragment elde edilmiştir. Kalıp DNA'ların büyük bir kısmından bu fragmentlerin ya hepsi ya da değişik kompozüsyonlarda bazıları amplifıye edilmiştir. Çoklu PCR ürünleri bir termofilik mikroorganizmanın farklı serin proteaz genlerinin amplifikasyonlarından kaynaklanabilir. Her ne kadar bu çalışma bir taksonomik karakterizasyonu içermese de, antibiyotik direnç profilleri ve Archaea'mn 16S rRNA genlerinin amplifikasyonu için özel primerler ile PCR amplifıkasyonun başarılı olması dikkate alındığında, üç izolatın (898-BS1, 898-BS17 ve 898-BS24) termofilik Archaea bakteri olma olasılığı söz konusudur.
Özet (Çeviri)
ABSTRACT PROTEASE ACTIVITIES OF THERMOPHILIC MICROORGANISMS ISOLATED FROM HOT SPRINGS IN TURKEY: DETECTION OF ALKALINE SERINE PROTEASE GENE SEQUENCES BY POLYMERASE CHAIN REACTION (PCR) Erdem, Bilge M.S., Department of Biology Supervisor: Prof. Dr. Semra Kocabıyık July 1999, 111 pages In this study we have isolated a total of 24 aerobic, thermoacidophilic bacteria and archaea from the hot-springs located in geothermal areas of Western, Northwestern and Central Turkey, and from the soils of“burning cracks”in the Olympos Mountain (in Southern Turkey). The temperature values of the hydrothermal sites varied between 60°C and 95°C. Majority of the isolates were“moderate thermophiles”which grew optimally at temperatures between 50°C and 70°C, and around pH 2-5. All of the isolates, except one, were gram negative (G -), long or short rods with varying organizations, and most of them produced spores. Two of the isolates were small cocci with irregular shapes. Ail strains possessed intracellular neutral and/or alkaline protease activities, which varied over a wide range, from 0.6 U to 5.1 U, based on azocasein hydrolysis. However, no apperant extracellular alkaline protease IIIactivity was detected in any of the isolates, as an expected consequence of adaptation to an acidic environment. In the cell extracts of three selected isolates (898-BS1, 898-BS17 and 898-BS24) based on their higher protease activities, multiple active SDS-resistant proteases were detected by gelatin- zymography. PCR amplification of alkaline serine protease gene sequences of total DNA from thermophilic isolates yielded four distinct amplification fragments, which were 650 bp, 450 bp, 400 bp and 300 bp. The most of the template DNAs produced all or some of these fragments in different combinations. Multiple PCR products might have been derived from different serine proteinase genes present in any one of the thermophilic species. Although we did not carry out a detailed taxonomical characterization studies, antibiotic resistance profiles and successful PCR amplification achieved by using archaea specific 16S rRNA gene's primers, might be implications for three high producer strains (898-BS1, 898-BS17 and 898-BS24) to be classified as thermophilic Archaea.
Benzer Tezler
- Protease secretion by torula thermophila on cellulose - containing media
Selülaz içeren ortamda torula thermophila'nın proteaz üretimi
İNCİNUR IFRIJ
Yüksek Lisans
İngilizce
2000
Gıda MühendisliğiOrta Doğu Teknik ÜniversitesiGıda Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ZÜMRÜT BEGÜM ÖGEL
PROF. DR. FARUK T. BOZOĞLU
- Yatay durumda bırakılan Helianthus annuus fidelerinde kotiledon senesensinin incelenmesi
The Investigation of cotyledon senescence of Helianthus annuus seedlings in horizontal position
ZEPÜR ZEHİR
- Dimetilnitrosaminin proteus vulgarisin üreme hızı ile L-asparajinaz ve proteaz enzim aktiviteleri üzerine etkisi
The effect of DMN on the growth rate, asparaginase and protease enzyme activities of proteus vulgaris
HATİCE ÖKTEN
Yüksek Lisans
Türkçe
1989
BiyokimyaCumhuriyet ÜniversitesiBiyokimya Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. AHMET AKER
- Amfizemde alfa-1-proteaz inhibitörünün kapasitesinin incelenmesi
Investigation of alpha-1-protease inhibitory capacity in emphys
ZUHAL ADLI
- Amfizemde alfa-1-protez inhibitörü varyantlarının incelenmesi
Determination of alfa-1-protease inhibitor variants in patients with pulmonary emphysema
ÖZDEN ÜNAL