Geri Dön

Transcriptional responses to long-term salinity stress and acclimation in Mytilus galloprovincialis from bosphorus

Boğaz Mytilus galloprovincialis'inin uzun vadeli tuzluluk stresine gen anlatımsal yanıtları ve aklimasyonu

PDF İndir

  1. Tez No: 711028
  2. Yazar: ELİF İÇAĞASIOĞLU
  3. Danışmanlar: PROF. DR. İBRAHİM RAŞİT BİLGİN, PROF. DR. ANDRZEJ FURMAN
  4. Tez Türü: Doktora
  5. Konular: Genetik, Biyoloji, Genetics, Biology
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2021
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Boğaziçi Üniversitesi
  10. Enstitü: Çevre Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Çevre Bilimleri Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.

Özet

Ciddi çevresel koşullarının değişimlerine maruz kalmasına rağmen varlığını sürdürebilmesinden ötürü Mytilus galloprovincialis adaptasyon mekanizmalarını çalışmak için ideal bir türdür. Bu çalışmada bu türün kronik ve kademeli olarak uzun dönemde uygulanan tuzluluk stresi aklimasyonu, RNA-Seq ve de novo transkriptome ile gen ekspresyon, yolak ve gen seti zenginleşme analizleri kullanılarak incelenmiştir. Sonuçlarımızda; düşük tuzluluk yüksek enerji gereksinimi yaratmış, kolinerjik silyer stimülasyonu ve kalsiyum sinyalleşmesi, tranksriptomil tepkide yer almış, hacim regülasyonu ise hücre zarı geçirgenliğinin ve nitrojen metabolizmasının alterasyonu ile sağlanmıştır. Araşidonik asit metabolizması ve Na+/K+ pompası bu bağlamda tuzluluk ile ters yönde regüle olurken, tuzluluk stresiyle serin, prolin, glisin, ornitin ve betain sentezinde görev alan genler regüle olmuş, protein döngüsü ve nükleotid metabolizması da tuzluluk stresi ile ters regüle olmuştur. Sonuçlarımızdaki iki regülasyon özellikle dikkat çekmektedir. Enerji gereksinimiyle paralel şekilde (tuzluluk stresine ters), oksijenli ve oksijensiz solunum genleri paralel regüle olmuş, ayrıca karşılıklı düzenlenen süreçlerin, glikolizin ve glukoneogenezin genleri de paralel olarak regüle olmuştur. Bu metabolik regülasyonlara kanserde rastlanmaktadır. Kanserin pek çok çeşidi ve sebebi olmasına rağmen, apoptozun baskılanması ve sonuçlarımızda da çıkmış olan metabolik regülasyonlar gibi, ortak olarak hücrelerin hayatta kalmasını ve çoğalımını destekleyecek adaptasyonları da içerir. Önemli olarak sonuçlarımızda, bu regülasyonlara paralel şekilde p53 ve p63 odaklı, TP53 apoptoz efektör (PERP), TLR'ler ve TNFSF14'ün katılımıyla apoptoz tetiklenmiştir. Çalışmamızda çıkmış olan ve bu çerçevedeki hücre ölümünü tetikleyen mekanizmada görev alan gen ve yolakların anlaşılması ve insandaki izdüşümlerinin araştırılması, kanseri anlamamızda ve aşı gibi tedavi edici, koruyucu ürünleri geliştirmemizde önemli olabilir.

Özet (Çeviri)

Mytilus galloprovincialis is an ideal model organism for studying adaptation, as it can inhabit highly variable environments. We examined its acclimation to chronic and gradual long-term salinity stress. Gene expression, pathway and gene set enrichment analyzes were used with RNA-Seq with de novo transcriptome. In our results, low salinity was observed to be correlated with high energy expenditure. Cholinergic ciliary stimulation and calcium signalling were involved. Volume regulation was enhanced by nitrogen metabolism and alterations of membrane permeability. Arachidonic acid metabolism and Na+/K+ pump were inversely regulated with salinity in this context. Genes involved in the synthesis of serine, proline, glycine, ornithine and betaine were also regulated. Protein turnover and nucleotide metabolism were also inversely regulated with salinity. In addition to these regulations, some of the observed metabolic regulations are associated with cancereous cells, as well. Parallel to energy requirement, aerobic and anaerobic respiration genes were parallely regulated, as well as genes of reciprocally regulated processes of glycolysis and gluconeogenesis. Although there are many types/causes of cancer, there are common adaptations that support survival and proliferation, such as apoptosis suppression and the aforementioned metabolic regulations. In addition, in our study, parallel with these metabolic regulations, p53 and p63 originated apoptosis were triggered with participation of TP53 apoptosis effector (PERP), TLRs and TNFSF14. Understanding genes and pathways that triggers apoptosis in this context in our study, and investigating their projections in humans, may be important in our understanding of cancer and in developing therapeutic and protective products such as vaccines.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    975461

    Characterization of the LSD1 gene in the cotton genome and the expression profile of LSD1 in drought and salinity

    Pamuk genomunda LSD1 geninin karakterizasyonu ve LSD1'in kuraklık ve tuzlulukta ekspresyon profili

    AYŞE ARUCAN

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2025

    Biyoteknolojiİstanbul Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. CÜNEYT UÇARLI

  2. Tez No

    989525

    Uzun süreli aril hidrokarbon reseptör yolağı uyarımının mezenkimal kök hücre biyolojisi üzerine olan etkilerinin araştırılması

    Investigation of the long-term effects of aryl hydrocarbon receptor pathway activation on mesenchymal stem cell biology

    BEYZA TURGUT

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2026

    Tıbbi BiyolojiHacettepe Üniversitesi

    Kök Hücre Ana Bilim Dalı

    DR. ÖĞR. ÜYESİ CANSU ÖZDEMİR SAKA

  3. Tez No

    338871

    An integrated approach to investigate tor signaling mechanism in Saccharomyces cerevisiae

    Saccharomyces cerevisiae'da tor sinyal ileti mekanizmasının bütünleştirilmiş bir yaklaşımla incelenmesi

    ELİF DERELİ

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2013

    Kimya MühendisliğiBoğaziçi Üniversitesi

    Kimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. BETÜL KIRDAR

  4. Tez No

    338870

    A system based approach to understand human disorders using saccharomyces cerevisiae as a model organism

    Hastalıkların mayada sistem bazlı bir yaklaşım ile incelenmesi

    AYÇA CANKORUR ÇETİNKAYA

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2013

    Kimya MühendisliğiBoğaziçi Üniversitesi

    Kimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. BETÜL KIRDAR

  5. Tez No

    536482

    Drosophila melanogaster'de Deltamethrin ve Thiamethoxam 'a karşı oluşturulan insektisit direncinde P450, GST ve ABC sinyal yolaklarının rolü

    The role of P450, GST and ABC signaling pathways in the insecticide resistance against to Deltamethrin and Thiamethoxam in Drosophila melanogaster

    FERAH YAMAÇ

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2019

    BiyoteknolojiTrakya Üniversitesi

    Biyoteknoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. OĞUZHAN DOĞANLAR

Geri Dön