An integrated approach to investigate tor signaling mechanism in Saccharomyces cerevisiae
Saccharomyces cerevisiae'da tor sinyal ileti mekanizmasının bütünleştirilmiş bir yaklaşımla incelenmesi
- Tez No: 338871
- Danışmanlar: PROF. DR. BETÜL KIRDAR
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Kimya Mühendisliği, Biyomühendislik, Biyoteknoloji, Chemical Engineering, Bioengineering, Biotechnology
- Anahtar Kelimeler: Saccharomyces cerevisiae, Saccharomyces cerevisiae
- Yıl: 2013
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Boğaziçi Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Kimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Rapamisin hedefi (TOR) sinyal ileti mekanizması mayadan insana kadar birçok organizmada korunmuş bir yapı olup hücre metabolizması ve büyümenin en önemli düzenleyicisidir. Rapamisin bağışıklık sistemini baskılayan ve hücre çoğalmasını engelleyen bir ilaçtır. Kafein ise çoğunlukla kullanılan psikoaktif bir ilaçtır ve rapamisin gibi TOR mekanizmasını hedef almakta ve baskılamaktadır. Bu çalışmada 2 nM rapamisin ve 5 mM kafeinin uzun süreli kullanımlarının oksijen ulaşılabilirliği ve asidite ile birlikte meydana getirdiği etkilerin yanı sıra rapamisin dozunun (2 nM veya 200 nM) etkileri mayada gen anlatımı ve metabolik düzeylerde incelenmiştir. Bu amaçla maya hücreleri kesikli kültürlerde rapamisin veya kafein yokluğunda ve varlığında değişik oksijen ve pH seviyelerinde büyütülmüştür. Rapamisin dozunun etkilerini incelemek amacıyla yapılan kesikli fermentasyonlar havalandırmasız şartlarda pH 5.5?te sabit tutularak gerçekleştirilmiştir. Maya hücrelerinin uzun süre yüksek doz rapamisin varlığında büyümeye gen anlatım düzeyinde verdikleri cevaplar düşük dozdan daha belirgindir. Düşük doz rapamisin varlığının TOR işlevinin bir kısmını baskıladığı gözlemlenmiştir. Düşük ve yükek doz rapamisin mayada gen anlatım düzeyinde besin kısıtlamasına benzer etkiler göstermiştir. Rapamisin her iki dozda otofajiyi ve membran taşınımını aktif hale getirmiştir. Düşük doz rapamisin hücrede otofajiyi tetikleyerek halen etkin olmakla beraber agresif tümörlerde çoğalmayı engelleyecek kadar etkin olmayabilir. Uzun süre kafein varlığının hücrede gen anlatımında meydana getirdiği değişimler yüksek doz rapamisine benzemektedir. Rapamisin ve kafeinin büyüme ile ilgili süreçleri baskılarken hücrenin enerji ihtiyacını arttırdığı gözlemlenmiştir. Rapamisin ve kafein varlığında ve yokluğunda pH seviyesinin mayanın gen anlatım düzeyinde oksijen seviyesinden daha belirgin bir etmen olduğu gözlemlenmiştir. Bu çalışmanın sonuçları rapamisin ve kafein ile tedavi edilen bireylerde oksijen ulaşılabilirliğinin ve pH seviyelerinin dikkatli bir şekilde takip edilmesi gerekliliğini işaret etmektedir.
Özet (Çeviri)
Target of rapamycin (TOR) signaling, a conserved mechanism from yeast to human, is the major regulator of cell metabolism and growth. Rapamycin, an immunosuppressive and anti-proliferative drug, and caffeine, a widely used psychoactive drug, target and inhibit TOR function. In this study the long-term administration effects of 2 nM rapamycin and 5 mM caffeine, together with oxygen availability and acidity as well as the rapamycin dosage (2 nM or 200 nM) on yeast transcriptional and metabolic responses were comparatively investigated. For this purpose batch cultivations of yeast cells were carried out in the absence and presence of rapamycin and caffeine with different levels of oxygen availability and pH. Batch cultivations were conducted under micro-aerated conditions where pH was maintained at 5.5 to investigate the effects of the rapamycin dosage. The analysis of the transcriptional responses of yeast cells to the long term presence of rapamycin revealed that long term administration of low dose of rapamycin resulted in more subtle changes in transcriptional responses of yeast causing a partial TOR inhibition than the administration of high dose. However both low and high doses of rapamycin resulted in a set of transcriptional changes mimicking nutrient starvation responses of yeast cells and they both induced autophagy and altered membrane trafficking. Low dose of rapamycin was still effective at the transcriptome level by leading metabolism to autophagy but this dose may not be enough to block the proliferation of aggressive tumors. The effects of caffeine in the long term administration resulted in a wider set of transcriptional changes resembling the high dose of rapamycin treatment; high dose of rapamycin or caffeine suppressed the growth-related processes and increased the energy requirement of the cells. pH was observed to be more decisive parameter on the transcriptional responses of the cells than the oxygen level and both oxygen availability and pH should be carefully evaluated during rapamycin or caffeine treatment
Benzer Tezler
- Hibrit bağlaşmalı şebekeler için performans modelleri
Başlık çevirisi yok
HAKKI ASIM TERCİ
Yüksek Lisans
Türkçe
1996
Elektrik ve Elektronik Mühendisliğiİstanbul Teknik ÜniversitesiPROF.DR. GÜNSEL DURUSOY
- ATM şebekelerde trafik analizi ve güvenlik
Başlık çevirisi yok
HALİL AYDIN
Yüksek Lisans
Türkçe
1998
Elektrik ve Elektronik Mühendisliğiİstanbul Teknik ÜniversitesiElektronik ve Haberleşme Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. GÜNSEL DURUSOY
- Molecular genetic assessment of immune modulators in eosinophils and t cells both in silico and in vitro utilizing photoacoustic imaging approaches
Fotoakustik görüntüleme yaklaşımlarını kullanarak eozinofiller ve t hücrelerinde bağışıklık modülatörlerinin in siliko ve in vitro moleküler genetik değerlendirmesi
ZÜLAL ÇELİK
Yüksek Lisans
İngilizce
2025
Allerji ve İmmünolojiİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı (disiplinlerarası)
PROF. DR. CEREN ÇIRACI MUĞAN
- Aktif tüm-geçiren anahtarlı kapasite filtrelerinin kaskad kafes yapılarla gerçeklenmesi
Cascaded lattice realization of active all-pass switched capacitor filters
DOĞAN ALKAN
Yüksek Lisans
Türkçe
1991
Elektrik ve Elektronik Mühendisliğiİstanbul Teknik ÜniversitesiPROF.DR. CEVDET ACAR
- Çok girişli sistemlerde sınırlandırmalı sonlu zaman kontrolu
Constrained deadbeat control for multi-input systems
MÜJDE GÜZELKAYA