Geri Dön

Characterization of the PATZ1 BTB domain

PATZ1 BTB alanının karakterizasyonu

PDF İndir

  1. Tez No: 642040
  2. Yazar: SOFIA PIEPOLI
  3. Danışmanlar: PROF. DR. MEHMET BATU ERMAN, PROF. DR. CANAN ATILGAN
  4. Tez Türü: Doktora
  5. Konular: Biyoloji, Biology
  6. Anahtar Kelimeler: BTB alanı, PATZ1 transkripsiyon faktörü, Protein kristalizasyon, Dimerizasyon, Moleküler Dinamikler, BTB domain, PATZ1 transcription factor, Protein Crystallization, Dimerization, Molecular Dynamics
  7. Yıl: 2020
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Sabancı Üniversitesi
  10. Enstitü: Mühendislik ve Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji, Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.

Özet

BTB bölgesi, iyon kanalları, degradasyon sinyal kompleksleri ve DNA transkripsiyon sistemi dahil olmak üzere çeşitli büyük protein komplekslerinin koordinasyonunda görev alan, çok fonksiyonlu ve korunmuş bir protein etkileşim alanıdır. ZBTB proteinleri bir N-terminal BTB alanına ve ardından değişken sayıda Çinko Parmaklarına sahiptir ve transkripsiyon faktörü olarak çalışır. Hücresel proliferasyon, immün hücre soy farklılaşması ve kanser gelişiminin düzenlenmesinde rol alan 49 insan ZBTB proteininin dizi ve yapı açısında oldukça benzer BTB bölgesi bulunur. Bunların arasında PATZ1 proteininin BTB bölgesinin merkezinde, eşsiz ve işlevi bilinmeyen 31 amino asit uzunluğundaki sekans ile öne çıkmaktadır. PATZ1'in merkezi sarımı memelilerde bulunmaktadır, ancak balıklarda yoktur. Her hücrede ifade edilen PATZ1, çok sayıda kanser türünde rol oynayan ve p53 tümör baskılayıcısına müdahale eden bir transkripsiyon faktörüdür. Bu tez çalışmasında, PATZ1 BTB alanının eşsiz yapısal özelliklerinin belirlenmesi, öncelikle hem fare hem de zebra balıklarında (PDB ID'leri: 6GUV ve 6GUW) bir homodimer olarak kristal yapısının çözümü ile gerçekleştirilmiştir. Merkezi sarım, nükleer co-repressor NCOR1'e bağlanma açısından test edildi. ZBTB'lerin dinamiklere dayalı bir sınıflandırmasını oluşturmak için, yeni protein yapılarının moleküler dinamikleri daha önce bilinen diğer proteinlerle karşılaştırarak incelendi. Son olarak, ZBTB proteinlerini ile BTB dimerizasyon potansiyeli, bağışıklık sistemi hücrelerininin mRNA ifade verileri kullanılarak hesaplamalı olarak araştırıldı.

Özet (Çeviri)

The BTB domain is a conserved, multi-functional protein interaction domain engaged in the coordination of various large protein complexes, including ion channels, degradation signaling complexes and DNA transcription factors. The ZBTB protein family of transcription regulators is characterized by an N-terminal BTB domain followed by a variable number of Zinc Fingers and it is involved in cellular proliferation, immune cell lineage differentiation, and cancer development. Among the 49 human ZBTB proteins, PATZ1 stands out with a unique extra 31-amino acids long sequence in the center of the BTB domain. The central loop of PATZ1 is an intrinsically disordered region (IDR) conserved in mammals but absent in fish and has high binding potential. PATZ1 is a ubiquitous transcription factor that plays a role in numerous cancer types and interferes with the p53 tumor suppressor. In this thesis work, the determination of the unique structural features of the PATZ1 BTB domain was primarily accomplished with the solution of its crystal structure as a homodimer in both mouse and zebrafish (PDB IDs: 6GUV and 6GUW). Although similar in the 3D fold and the dimerization interface to the BCL6 BTB domain, the new crystal structures suggest that the PATZ1 co-repressors binding site contains a divergent sequence. The molecular dynamics of the new protein structures compared to other previously known structures allowed us to classify ZBTBs family members. Finally, the formation of stable BTB heterodimers with selected ZBTB proteins was computationally demonstrated.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    29096

    Characterization of the fatigue behaviors of offshore hyperbarik welds

    Başlık çevirisi yok

    ÇINAR YENİ

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    1993

    Makine MühendisliğiDokuz Eylül Üniversitesi

    Makine Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. SEÇİL ERİM

  2. Tez No

    68377

    Characterization of the extracellular polyraccharide from microdalgae chlorella species

    Mikroskobik yosun, klorella'dan elde edilen hücre dışı polisakkaridin karakterizasyonu

    SİBEL KIZILYALLI

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    1997

    Gıda MühendisliğiOrta Doğu Teknik Üniversitesi

    Gıda Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    YRD. DOÇ. DR. ZEYNEP KATNAŞ

  3. Tez No

    68632

    Characterization of the modified iomization type semiconductor photographic system

    Geliştirilmiş iyonizasyon tipli yarıiletken fotograf sisteminin karakterizasyonu

    OKHAN GANİOĞLU

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    1997

    Fizik ve Fizik MühendisliğiOrta Doğu Teknik Üniversitesi

    Fizik Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. BÜLENT AKINOĞLU

  4. Tez No

    82833

    Characterization of the Küçük Menderes River basin aquifer system

    Küçük Menderes Nehri Havzası akifer sisteminin karakterizasyonu

    KORAY KAMİL YILMAZ

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    1999

    Jeoloji MühendisliğiOrta Doğu Teknik Üniversitesi

    Jeoloji Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. HASAN YAZICIGİL

  5. Tez No

    232868

    Characterization of the adsorption behaviour of aqueous Cd(II) and Ni(II) ions on nanoparticles of zero-valent iron

    Cd(II) ve Ni(II) iyonlarının sıfır-değerlikli demir parçacıkları tarafından adsorblanma davranışlarının karakterizasyonu

    NAZLI EFECAN

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2008

    Kimyaİzmir Yüksek Teknoloji Enstitüsü

    Kimya Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. TALAL SHAHWAN

Geri Dön