Geri Dön

Reverz transkriptaz polimeraz zincir reaksiyonu tekniği ile Doğu Anadolu bölgesinde yetiştirilen sert çekirdekli meyve ağaçlarında saptanan apple chlorotic leaf spot virus (ACLSV) izolatlarının duyarlı tanılarının yapılması

Sensitive detection of apple chlorotic leaf spot virus (ACLSV) isolates collected from stone fruits in Eastern Anatolia by using reverse transcriptase polymerase chain reaction (RT-PCR)

  1. Tez No: 154821
  2. Yazar: BÜLENT POLAT
  3. Danışmanlar: Y.DOÇ.DR. HİKMET MURAT SİPAHİOĞLU
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Ziraat, Agriculture
  6. Anahtar Kelimeler: RT-PCR, ACLSV, teşhis, optimizasyon, RT-PCR, ACLSV, detection, optimization. m
  7. Yıl: 2004
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Yüzüncü Yıl Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Bitki Koruma Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.

Özet

ÖZET REVERZ TRANSKRIPTAZ POLIMERAZ ZİNCİR REAKSİYONU TEKNİĞİ İLE DOĞU ANADOLU BÖLGESİNDE YETİŞTİRİLEN SERT ÇEKİRDEKLİ MEYVE AĞAÇLARINDA SAPTANAN APPLE CHLOROTIC LEAF SPOT VİRÜS (ACLSV) İZOLATLARTNIN DUYARLI TAMLARININ YAPILMASI POLAT, Bülent Yüksek Lisans Tezi, Bitki Koruma Anabilim Dalı Tez Danışmanı: Yrd.Doç.Dr. Hikmet Murat SİPAHÎOĞLU Eylül 2004, 38 Sayfa ACLSV virüsünün Reverz transkriptaz polimeraz zincir reaksiyonu (RT- PCR) ile hassas teşhisine yönelik yapılan çalışmada Van izolatlan kullanılmıştır. Total RNA ekstraksiyonu dormant şeftali kabuk ve tomurcuk dokuları ile yaprak ve çiçek taç yaprağı dokularından gerçekleştirilmiştir. Total RNA ekstraktlanna reverz transkripsiyonla komplementer DNA (cDNA) sentezi gerçekleştirilmiş ve elde edilen cDNA'lar RT-PCR reaksiyonunda kullanılarak virüse ait genom farklı primer setleri ile 358 bp ve 677 bp uzunluğunda çoğaltılmıştır. ACLSV virüsünün farklı bitki dokularındaki varlığı RT-PCR tekniği ile tespit edilmiştir. Otsu konukçulardan Chenopodium guinoa'ya aktarılan ACLSV-11B izolatı infekteli bitkinin yapraklarında klorotik lokal lekelere sebep olmuş ve virüsün bu konukçudaM varlığı RT-PCR yöntemi ile doğrulanmıştır. ACLSV virüsünün RT-PCR yöntemi ile hassas teşhisi çalışmalarında PCR büeşenlerinin optimum konsantrasyonları saptanmıştır. Virüsün RT-PCR ile teşhisinde en iyi primer konsantrasyonunun 0.1-0.002 pmol//il, en iyi dNTP konsantrasyonunun 5-10 mM, en iyi MgCI2 konsantrasyonun 1-2.5 mM, en iyi Taq DNA polimeraz enzimi konsantrasyonunun 1-5 ünite/ul aralığında olduğu tespit edilmiştir. En iyi cDNA miktarının ise 1.2-4 (il aralığında olduğu tespit edilmiştir. Elde edilen optimum PCR bileşen konsantrasyonları ile virüsün hem arazi hem de iklim odası koşullarında gelişen bitkilerdeki varlığını tespit etmek için gerçekleştirilen reaksiyonlarda PCR ürünü oluşmadığı saptanmıştır.

Özet (Çeviri)

ABSTRACT SENSITIVE DETECTION of APPLE CHLOROTIC LEAF SPOT VIRUS (ACLSV) ISOLATES COLLECTED FROM STONE FRUITS in EASTERN ANATOLIA by USING REVERSE TRANSCRIPTASE POLYMERASE CHAIN REACTION (RT-PCR) POLAT, Bülent MSc, Department of Plant Protection Supervisor: Assoc. Prof. Hikmet Murat SİPAHÎO?LU September 2004, 38 pages Van isolates were used in the sensitive detection of ACLSV by RT-PCR. Total RNA extractions were done from dormant bark and bud tissues and vegetative leaf and flower tissues of peach plants. Total RNA extractions were served as template in reverse transcription for complementary DNA (cDNA) and the synthesized DNA was used in RT-PCR reaction. Two amplified fragments of 358bp and 677bp in length were obtained by using two different primer pairs. The presence of the isolates in different tissues of the infected peaches was ascertained by RT- PCR. ACLSV-11B isolate was transferred to the herbaceaous host Chenopodium quinoa and coused chlorotic local lesions on its leaves. The presence of the isolate in C. quinoa was confirmed by RT-PCR. The optimum concentrations of each PCR item were determined for the sensitive detection of the virus. The optimum primer concentration was ranged between 0.1-0.0002 pmol/ul, the optimum dNTP concentration was 5-10mM, the optimum concentration of MgCI2 was l-2.5mM and the optimum concentration of Taq DNA polymerase was 1-5 unite/ul. The optimum cDNA amount was between 1.2-4 ul in detection of ACLSV by RT-PCR. The optimized values did not generate any fragment when brought together in one tube for the detection of ACLSV isolates from field and growing chamber grown infected plants.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    154799

    Reverz transkriptaz polimeraz zincir reaksiyonu tekniği ile prunus necrotic ringspot virus (PNRSV) izolatının duyarlı tanısının yapılması ve duyarlığının ELISA (enzyme linked immunosorbent assay) testi ile karşılaştırılması

    Sensitive detection of prunus necrotic ringspot virus (PNRSV) by reverse transcriptase polymerase chain reaction (RT-PCR) and comparison of the sensitiveness with ELISA (enzyme linked immunosorbent assay) test

    MUSTAFA USTA

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2004

    ZiraatYüzüncü Yıl Üniversitesi

    Bitki Koruma Ana Bilim Dalı

    YRD. DOÇ. DR. HİKMET MURAT SİPAHİOĞLU

  2. Tez No

    97909

    Revers transkriptaz-PCR tekniği (mRNA analizi) ile talasemiye neden olan mutasyonların alfa ve beta gen ekspresyonları üzerine etkilerinin incelenmesi

    An Investigation on the relative expressional levels of alpha and beta mRNA allels by the reverse transcriptase-PCR (RT-PCR) technique

    MUSTAFA MERT SÖZEN

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2000

    BiyolojiHacettepe Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF.DR. CİHAN ÖNER

  3. Tez No

    123805

    Kronik myelositer lösemide BCR-ABL füzyon transkriptlerinin RT-PCR tekniği kullanılarak nicel olarak belirlenmesi

    The Quantitative detection of BCR-ABL fusion transcripts by using RT-PCR technique in chronic myeloid leukemia

    FATİH BARIŞ

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2002

    GastroenterolojiAnkara Üniversitesi

    İç Hastalıkları Ana Bilim Dalı

    PROF.DR. MERAL BEKSAÇ

  4. Tez No

    70374

    Kolorektal kanserli vakalarda Wnt-2 ve HOX 2G genlerin transkripsiyonlarının incelenmesi

    Investigation of Wnt-2 and HOX 2G genes transcription in cases of colorectal cancers

    HANDAN POLAT

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    1998

    BiyokimyaAtatürk Üniversitesi

    Biyokimya Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. NURİ BAKAN

  5. Tez No

    177221

    Identification and characterisation of two endoplasmic reticulum protein isoforms encoded by senescence-associated FAM134B gene

    Hücre yaşlanmasıyla ilintli FAM134B geni tarafından kodlanan iki endoplasmik retikulum protein izoformunun belirlenmesi ve karakterizasyonu

    NİLGÜN TAŞDEMİR

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2008

    Biyolojiİhsan Doğramacı Bilkent Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. MEHMET ÖZTÜRK

Geri Dön