Identification and characterisation of two endoplasmic reticulum protein isoforms encoded by senescence-associated FAM134B gene
Hücre yaşlanmasıyla ilintli FAM134B geni tarafından kodlanan iki endoplasmik retikulum protein izoformunun belirlenmesi ve karakterizasyonu
- Tez No: 177221
- Danışmanlar: PROF. DR. MEHMET ÖZTÜRK
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Biology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2008
- Dil: İngilizce
- Üniversite: İhsan Doğramacı Bilkent Üniversitesi
- Enstitü: Mühendislik ve Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Karaciğer kanseri dünyada beşinci sıklıkla görülen kanser türüdür. Yakın bir zamana kadar, tümör hücrelerinin sonsuz bölünebilme kapasitesine sahip olduğu düşünülmekteydi. Önceki çalışmalarımızın birinde, p53 ve p16INK4a proteinlerinden yoksun olan karaciğer kanseri hücre hatlarında kendiliğinden gelişen hücre yaşlanmasını gösterdik. Bunu takip eden bir çalışmada, elde etmiş olduğumuz senesant ve ölümsüz klonlarin Affymetrix gen ifade profillerini inceledik. Klonlarda ifadesi fark gösteren genler arasından, bu çalışmada, yeni bir gen olan ve senesant klonlarda ölümsüz klonlara göre ifadesi istatistiksel olarak anlamlı artış gösteren (p-değeri=1.097E-06) FAM134B geni üzerinde yoğunlaştık. FAM134B geni beşinci insan kromozomunun p15.1 bölgesi üzerinde yer almaktadır ve kodladığı protein ürünü henüz karakterize edilmemiştir. Başlangıç olarak, revers transkriptaz polimeraz zincir reaksiyonu kullanarak FAM134B geninin senesant klonlarda ölümsüz klonlara göre ifade artışını doğruladık. Bir sonraki adımda, hepatosellüler karsinoma mikro-dizinlerinin meta-analizi, FAM134B geninin ifadesinin normal karaciğer dokusuna göre metastatik olmayan ve metastatik hepatosellüler karsinomada dereceli olarak azaldığını gösterdi. Bu nedenle, bu genin protein ürününü karakterize etmeye karar verdik. Bilinen iki transkript formu kullanılarak (tahmini moleküler ağırlıkları 30 ve 50 kDa olan iki izofomu kodlayan) FLAG-işaretli ifade vektörleri oluşturuldu. Hücrelerde bu vektörlerin geçici ifadesi sonrasında yapılan immüno-boyama deneyleri, hem uzun hem kisa FAM134B protein izoformlarının endoplazmik retikuluma lokalize olduğunu gösterdi. Her iki protein izoformu, iyi bilinen bir endoplozmik retikulum şaperonu olan kalneksin proteini ile ortak lokalizasyon gösterdi. Buradan anlaşıldığı gibi, senesant hücrelerde endoplazmik retikuluma lokalize olan FAM134B protein izoformlarınn ifadesi artarken, kanser hücreleri bu izoformlarin ifadesinden yoksundular. Ayrica, bu iki protein izoformunun bir karaciğer kanseri hücre hattında sürekli ifadesi yoluyla işlev-kazanım deneyleri yaptık. bu protein izoformlarının senesansta ve endoplazmik retikulum stresindeki potansiyel rol veya rollerini sorguladık. Çalışmalarımızın sonuçları, bu protein izoformlarinin hücrelerde yüksek seviyedeki ifadesinin senesans indüklenmesine yol açacak bir rol oynamadığı ve hücrelerin bölünme hızını değiştirmediği yönünde bilgi verdi. Ayrica bu iki izoformu yüksek seviyede ifade eden hücrelerin tunikamisin ile indükenen endoplazmik retikulum stresine karşı yanıtlarında bir değişiklik gözlemlemedik. Dolayısıyla, FAM134B geninin senesansa girmiş olan hücrelerde henüz tanımlayamadığımız bir işlevi söz konusu olabilir. Sonuç olarak, FAM134B tarafından kodlanan ve endoplazmik retikuluma lokalize olan iki protein izoformu belirledik ve bu izoformların hücre içindeki görevleri ve senesansla olan bağlarının ilerki çalışmalarla ortaya koyulması gerekmektedir.
Özet (Çeviri)
Liver cancer is the fifth most common cancer in the world. Until recently, tumor cells were known to have the capacity to proliferate indefinitely. In a previous study, we showed the spontaneous induction of replicative senescence in p53-and p16INK4a-deficient HCC (hepatocellular carcinoma) cells. In a follow-up study, we have analyzed the Affymetrix expression profiling of the senescent and immortal HCC clones that we had established. Among the genes with differential expression pattern, in this study, we have focused on a novel gene, FAM134B (family with sequence similarity 134, member B), which is significantly up-regulated (p-value=1.097E-06) in our senescent clones with respect to their immortal counterparts. FAM134B gene is located on human chromosome 5p15.1 near a LOH region, and its protein product has not yet been characterized. To begin with, we confirmed the up-regulation of FAM134B in our senescent clones as compared to our immortal clones by RT-PCR analysis. As a next step, meta-analysis of HCC microarray data indicated that the expression of FAM134B gene is progressively down-regulated in non-metastatic and metastatic HCC as compared to normal liver. Thus, we decided to characterize the protein product of this gene. Two known forms of transcripts were used to construct FLAG-tagged expression plasmids (encoding two isoforms with predicted molecular weights of 30 and 55 kDa). Immuno-staining experiments performed after transient ectopic expression indicated that both short and long isoforms of FAM134B-encoded protein localize to the endoplasmic reticulum (ER). Both protein isoforms co-localized with calnexin, a well known ER-chaperon. Thus, it appears that senescent cells over-express FAM134B-encoded ER protein isoforms, while cancer cells are deficient in their expression. We have also performed gain-of-function studies by stable ectopic expression of these two protein isoforms in an HCC cell line and addressed the potential role(s) of these isoforms in senescence and ER-stress. Our studies indicated that over-expression of these proteins did not have a `causative? role in induction of senescence and did not affect the rate of cell proliferation. We also did not observe any changes in the responses of cells over-expressing these two protein isoforms to ER-stress induced via tunicamycin treatment. Therefore, FAM134B gene may be performing a yet unidentified function in senescent cells. All in all, we have identified two FAM134B-encoded proteins that localize to the ER, the function and the senescence association of which need further investigation.
Benzer Tezler
- Identification, characterization and subcellular localization of salt induced proteins in rice (Oryza sativa L.)
Pirinçte (Oryza sativa L. ) tuz ile indüklenmiş proteinlerin belirlenmesi, karakterizasyonu ve hücre içi dağılımı
SYED MOHAMMAD SAQLAN NAQVI
Doktora
İngilizce
1993
BiyolojiOrta Doğu Teknik ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. UFUK GÜNDÜZ
- Karpuz (Citrullus lanatus (thumb.) matsum. et naksi) rizosferinden Streptomyces bakterilerinin izolasyonu, teşhisi ve moleküler karakterizasyonu
Isolation, identification and characterisation of streptomyces spp. isolated from rhizosfere soils watermelon (Citrullus lanatus (thumb.) matsum. et naksi)
VEYSİ KIZMAZ
Yüksek Lisans
Türkçe
2008
BiyolojiYüzüncü Yıl ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. EKREM ATALAN
- Uzungöl ve Cernek gölü (Cafra, Samsun) yüzey tabakasından tek hücreli siyanobakterin izolasyonu ve karakterizasyonu üzerine araştırmalar
Studies on isolation and characterisation of unicellular cyanobacteria from the surface layer of Uzungöl and Cernek Lake (Bafra, Samsun)
KÜBRA ÖZKUL
Yüksek Lisans
Türkçe
2008
MikrobiyolojiOndokuz Mayıs ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. HAYDAR KARAKAYA
- Türkiye`de izole edilen şap viruslarının genetik ve antijenik karakterizasyonu
Genetic and antigenic characterisation of foot-and-mouth disease viruses isolated from Turkey
ÜNAL PARLAK
- Bazı tarihi anıt harç ve sıvalarının incelenmesi
Characterization of mostars and plasters of some historic monuments
AHMET GÜLEÇ