Biochemical and genetic characterization of Halobacterium salinarium strain isolated from Tuz Lake in Central Anatolia
Tuz Gölünden izole edilmiş Halobacterium salinarium suşunun biyokimyasal ve genetik karakterizasyonu
- Tez No: 153657
- Danışmanlar: PROF. DR. MERAL YÜCEL, YRD. DOÇ. DR. FÜSUN İNCİ EYİDOĞAN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyokimya, Biochemistry
- Anahtar Kelimeler: Halobacterium salinarium, bakteriyorodopsin, proton pompası, retinal protein, İD SDS-PAGE, 2D SDS-PAGE, RAPD-PCR, RFLP. vı, Halobacterium salinarium, bacteriorhodopsin, proton pump, retinal protein, ID SDS-PAGE, 2D SDS-PAGE, RAPD-PCR, RFLP. IV
- Yıl: 2004
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyokimya Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
ÖZ TUZ GÖLÜNDEN İZOLE EDİLMİŞ Halobacterium salinarium SUSUNUN BİYOKİMYASAL VE GENETİK KARAKTERİZASYONU Çakıcı, Özgür Yüksek Lisans, Biyokimya Bölümü Tez Yöneticisi: Prof. Dr. Meral Yücel Ortak Tez Yöneticisi: Y. Doç. Dr. Füsun İnci Eyidoğan Ocak 2004, 94 sayfa Bu çalışmada İç Anadolu'da bulunan Tuz Gölü'nden izole edilen halofilik bir archaea olan Halobacterium salinarium TG13 susu biyokimyasal ve genetik olarak karakterize edilmiştir. Deneyler sırasında referans olarak Halobacterium salinarium DSM3754 ve Halobacterium salinarium S9 suşları kullanılmıştır. Biyokimyasal karakterizasyonda, suşların protein profilleri İD SDS PAGE kullanılarak karşılaştırılmıştır. İzole edilen susun toplam protein profili değişiklikler göstermektedir. Saflaştırılmış mor zarın SDS PAGE profili coomassie boyaması sonucunda sadece tek bant olarak görülmüştür. Halobacterium salinarium TG13 ve Halobacterium salinarium S9'dan izole edilen proteininmolekül ağırlığı ve pl değeri 2D SDS-PAGE kullanılarak sırasıyla 22 kD ve 5.4 olarak bulunmuştur. Suşlardan elde edilen mor zarların fotoaktiviteleri ölçülmüş ve aydınlatma ile mor zarların pH' sının değiştiği gözlenmiştir. İzole edilen bu proteinin bakteriyorodopsin olması muhtemeldir. Genetik karakterizasyon çalışmalarında, suşların genomik DNA'larındaki polimorfizm, RAPD-PCR methodu ile belirlenmiştir. Suşların plasmit DNA profilleri RFLP tekniğiyle belirlenmiştir. Sonuç olarak, protein profilleri ve RAPD-PCR ve RFLP analizleri Halobacterium salinarium TGl3'ün referans Halobacterium salinarium suşlarmdan (H.s. S9 ve H.s. DSM3754) farklı bir suş olduğunu göstermektedir.
Özet (Çeviri)
ABSTRACT BIOCHEMICAL AND GENETIC CHARACTERIZATION OF Halobacterium salinarium STRAIN ISOLATED FROM TUZ LAKE IN CENTRAL ANATOLIA Çakıcı, Özgür M.Sc, Department of Biochemistry Supervisor: Prof. Dr. Meral Yücel Co-Supervisor: Assist. Prof. Dr. Füsun İnci Eyidoğan January 2004, 94 pages In this study, a halophilic archaea Halobacterium salinarium TG13 which is isolated from Tuz Lake in Central Anatolia was characterized biochemically and genetically. Halobacterium salinarium DSM3754 and Halobacterium salinarium S9 strains were used as a reference strain through the experiments. In biochemical characterization; total protein profiles of strains was compared by using ID SDS PAGE. Total protein profile of the isolated strain has shown differences. The SDS-PAGE profile of the purified purple membrane showed only single band by coomassie staining. Molecular weight and pJ values of the protein misolated from Halobacterium salinarium TG13 and Halobacterium salinarium S9 were estimated by 2D SDS-PAGE as 22 kD and 5.4, respectively. Photoactivity of purple membrane of the strains was investigated. pH change of the purple membranes were observed upon illumination. This protein might be corresponded to bacteriorhodopsin. In genetical characterization; polymorphism of genomic DNA of strains was scanned with RAPD-PCR. Plasmid DNA profiles of strains was determined to make use of RFLP technique. RAPD-PCR and RFLP analyses have shown that Halobacterium salinarium TG13 is different strain from reference Halobacterium salinarium strains (H.s. S9 and H.s. DSM3754).
Benzer Tezler
- Doğu Anadolu bölgesinde yayılış gösteren Centaurea L. türleri arasındaki farklılığın rapd ve fames ile analizi
Biochemical and molecular characterization of Centaurea L. species determined by rapd and fame analysis
SERAP BİNNETOĞLU
- Characterization of lactobacilli and staphylacocci isolated from Turkish dry sausages
Başlık çevirisi yok
G. CANDAN GÜRAKAN
- Erzurum çevresinde bazı tarihi eserlerde biyolojik bozulmaya neden olan bakterilerin izolasyonu, karakterizasyonu ve tanısı
Isolation, characterization and identification of bacteria that have biodeteriorative effective in cultural heritage in the vicinity of Erzurum
HAKAN ÖZKAN
- Biochemical and genetic studies on the pyruvate branch point enzymes of Rhizopus oryzae
Rhizopus oryzae' nın piruvat ayrım noktası enzimleri üzerinde biyokimyasal ve genetik çalışmalar
ŞEYDA AÇAR
Doktora
İngilizce
2004
BiyoteknolojiOrta Doğu Teknik ÜniversitesiBiyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. HALUK HAMAMCI
PROF. DR. MERAL YÜCEL
- Microbial utilization of chlorinated hydrocarbons
Klorlu hidrokarbonların mikroorganizmalarca kullanımı
S.BİREP AYGÜN
