Geri Dön

Biochemical and genetic studies on the pyruvate branch point enzymes of Rhizopus oryzae

Rhizopus oryzae' nın piruvat ayrım noktası enzimleri üzerinde biyokimyasal ve genetik çalışmalar

  1. Tez No: 153514
  2. Yazar: ŞEYDA AÇAR
  3. Danışmanlar: PROF. DR. HALUK HAMAMCI, PROF. DR. MERAL YÜCEL
  4. Tez Türü: Doktora
  5. Konular: Biyoteknoloji, Biotechnology
  6. Anahtar Kelimeler: Rhizopus oryzae, Aspergillus niger, piruvat dekarboksilaz, laktat dehidrogenaz, hekzokinaz, piruvat ayrım noktası, L-(+)-laktik asit, glikoliz, saflaştırma, PCR-klonlama, transformasyon vı, Rhizopus oryzae, Aspergillus niger, pyruvate decarboxylase, lactate dehydrogenase, hexokinase, pyruvate branch point, L-(+)-lactic acid, glycolysis, purification, PCR-cloning, transformation IV
  7. Yıl: 2004
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.

Özet

ÖZ Rhizopus oryzae' NIN PİRUVAT AYRIM NOKTASI ENZİMLERİ ÜZERİNDE BİYOKİMYASAL VE GENETİK ÇALIŞMALAR Açar, Şeyda Doktora, Biyoteknoloji Tez yöneticisi: Prof. Dr. Haluk Hamamcı Ortak tez yöneticisi: Prof. Dr. Meral Yücel Ocak, 2004, 134 sayfa Rhizopus oryzae fermentasyon sonunda laktik asit ve etanol üreten bir fılamentli küftür. Endüstride laktik asit üretimi için R. oryzae kullanımının bir cok avantajı vardır ve günümüzde endüstride L-(+)-laktik asit üretimi için kullanılmaktadır. Kullanılan karbon kaynağına göre elde edilen laktik asit verimi düşüktür. R. oryzae 'da yapılan metabolik akım analizi çalışmalarınında gösterdiği gibi glikoliz sonunda üretilen piruvaün büyük bir kısmı laktik asit üretiminin yanı sıra etanol, asetil koenzimA, ve oksaloasetat üretimine kanalize edilmektedir. Buna dayanarak bu çalışmada R. oryzae 'da piravat ayrım noktasının regülasyonu üzerine kurulan bazı soruların cevaplandırılmasına yönelik ayrım noktasında rol alan enzimlerin biyokimyasal karakterizasyonu ve enzimleri kodlayan genlerin klonlanması çalışılmıştır.Piruvat dekarboksilaz enziminin R. oryzae 'dan saflaştırılması ve karakterizasyonu ilk defa olarak gerçekleştirilmiştir. Saflaştırılmış enzimin Hill katsayısı 1,84 ve Km değeri, pH 6,5'te 8,6 mM'dır. Enzim, 30 mM'dan fazla piruvat derişimlerinde inhibe olmaktadır. Enzimin optimum pH'sı 5,7 ve 7,2 arasında geniş bir aralıktadır. Monomer moleküler ağırlığı SDS PAGE analizi ile 59±2 kDa olarak bulunmuştur. R. oryzae'nm piruvat dekarboksilaz (pdcA vepdcB) ve laktat dehidrogenaz (IdhA ve IdhB) genleri PCR-klonlama yöntemi kullanılarak klonlanmış ve fılamentli küf Aspergillus niger 'a aktarılmıştır. Laktat dehidrogenaz genlerinden herhangi birini taşıyan Aspergillus niger transformantlarında orijinal susa göre daha fazla laktik asit üretimi görülmüştür. Bu transformantlarda sitrik asit üretiminde bir artış görülürken glukonat üretimi görülmemiştir. R. oryzae' d®, heksokinaz geninin klonlanması dejenere primerler kullanılarak Genome Walker Kit ile çalışılmıştır. Bu çalışmanın sonuçları R. oryzae genomunun düzenlenmemiş klon dizilimleri kullanılarak değerlendirilmiştir.

Özet (Çeviri)

ABSTRACT BIOCHEMICAL AND GENETIC STUDIES ON THE PYRUVATE BRANCH POINT ENZYMES OF Rhizopus oryzae Açar, Şeyda Ph. D., Department of Biotechnology Supervisor: Prof. Dr. Haluk Hamamcı Co-supervisor: Prof. Dr. Meral Yücel January, 2004, 134 pages Rhizopus oryzae is a filamentous fungi which produces lactic acid and ethanol in fermentations. R. oryzae has numerous advantages for use industrial production of L-(+)-lactic acid but the yield of lactic acid produced on the basis of carbon consumed is low. Metabolic flux analysis of R. oryzae has shown that most of the pyruvate produced at the end of the glycolysis is channelled to ethanol, acetyl-CoA and oxaloacetate production. This study aimed to answer some questions addressed on the regulation of pyruvate branch point in R. oryzae and for this purpose biochemical characterisation of the enzymes acting at this branch point and cloning the genes coding for these enzymes have been done. Pyruvate decarboxylase was purified and characterised for the first time from R. oryzae. The purified enzyme has a Hill coefficient of 1.84 and the Km of the menzyme is 8.6 mM for pyruvate at pH 6.5. The enzyme is inhibited at pyruvate concentrations higher than 30 mM. The optimum pH for enzyme activity shows a broad range from 5.7 and 7.2. The monomer molecular weight was estimated as 59±2 kDa by SDS-PAGE analysis. Pyruvate decarboxylase (pdcA andpdcB) and lactate dehydrogenase (IdhA and IdhB) genes of R. oryzae have been cloned by PCR-cloning approach and the filamentous fungi Aspergillus niger was transformed with these genes. The A. nfger transformed with either of the ldh genes of R. oryzae showed enhanced production of lactic acid compared to wild type. Citric acid production was also increased in these transformants while no gluconate production was observed Cloning of hexokinase gene from R. oryzae using degenerate primers was studied by the use of Genome Walker kit (Clontech). The results of this study were evaluated by using some bioinformatics tools depending on the unassembled clone sequences of R. oryzae genome.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    130853

    Astragalus chrysochlorus'da doku kültürü ve transformasyon çalışmaları

    Studies on tissue culture and transformation of Astragalus chrysochlorus

    SEMRA HASANÇEBİ

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2003

    Biyolojiİstanbul Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. ŞULE ARI

  2. Tez No

    119480

    Studies on the development of osmotic stress resistant wheat (Triticum aestivum L. ) by introducing aldose reductase gene through particle bombardment

    Ozmotik strese dayanıklı buğdayın (Triticum aestivum L. ) aldoz reduktaz geninin partikül bombardıman yöntemi ile aktarılarak geliştirilmesi üzerine çalışmalar

    FAHRİYE ERTUĞRUL SETENCİ

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2002

    BiyoteknolojiOrta Doğu Teknik Üniversitesi

    Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. MERAL YÜCEL

    PROF. DR. DENES DUDİTS

  3. Tez No

    181663

    Rubia tinctorum L. bitkisinde Agrobacterium rhizogenes aracılığıyla transforme saçaklı kök kütürlerinin oluşturulması ve sekonder metabolit üretimi

    Formation of Agrobacterium rhizogenes-mediated transformed hairy root cultures of Rubia tinctorum L. and production of secondary metabolites

    BURCU ÇETİN

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2006

    BiyolojiCelal Bayar Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. AYNUR GÜREL

  4. Tez No

    225015

    Kronik böbrek hastalıklı bireylerde geç ve ciddi sekonder hiperparatiroidizme bağlı gelişen kafa ve yüz değişikliklerinin değerlendirmesi

    The evaluation of uglyfying head and face appearances in late and severe secondary hyperparathyroidism in chronic renal disease

    İSMAİL YILDIZ

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2008

    NefrolojiÇukurova Üniversitesi

    İç Hastalıkları Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. YAHYA SAĞLIKER

  5. Tez No

    157440

    Glutatyon S-transferaz Z1 (GSTZ1) gen polimrfizmi ile mide kanseri riski arasındaki ilişki

    Association between glutathion S-transferase Z1 (GSTZ1) gen polymorphism and gastric cancer

    SEVİM KARAKAŞ

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2004

    Tıbbi BiyolojiMersin Üniversitesi

    Tıbbi Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı

    Y.DOÇ.DR. NURCAN ARAS ATEŞ

Geri Dön