Farklı plak kullanımının qPCR sonuçlarına etkisinin araştırılması
Evaluation of the impact of different plate types on qPCR performance
- Tez No: 987829
- Danışmanlar: PROF. DR. ALPER AKÇALI
- Tez Türü: Tıpta Uzmanlık
- Konular: Moleküler Tıp, Mikrobiyoloji, Molecular Medicine, Microbiology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2026
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Çanakkale Onsekiz Mart Üniversitesi
- Enstitü: Tıp Fakültesi
- Ana Bilim Dalı: Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Amaç: Bu çalışmanın amacı, farklı üreticilere ait üçer adet şeffaf ve beyaz plak ile bir adet siyah plak kullanılarak yürütülen multipleks kantitatif qPCR test sonuçları arasındaki farklılıkların değerlendirilmesidir. Gereç ve Yöntem: Çalışmada, farklı plakların analitik performanslarını karşılaştırılmak amacıyla, metisiline dirençli olduğu bilinen Staphylococcus aureus American Type Culture Collection (ATCC) 700699 suşu kullanılmıştır. Multipleks gerçek zamanlı polimeraz zincir reaksiyonu (qPCR), Staphylococcus aureus suşunun tür tanımlaması için nuc genini, metisilin direncinin genotipik göstergesi olarak mecA genini hedefleyecek şekilde tasarlanmıştır. Suşun 0,5 McFarland bulanıklığında süspansiyonu hazırlanarak kaynatma temelli lizis yöntemi ile genomik DNA izolasyonu yapılmıştır. Elde edilen ekstraksiyon ürünü 10-1-10-8 aralığında seyreltilmiştir. Optimizasyon çalışmaları sonrası, testin termal döngü sıcaklık ve süreleri ile her plak için çalışmaya dahil edilecek dilüsyon seviyeleri belirlenmiştir. Her reaksiyon değerlendirilerek, pozitif ve negatif sonuçlar tespit edilmiştir. Elde edilen veriler doğrultusunda probit regresyon analizi kullanılarak her plak için saptama alt sınırı (LoD) belirlenmiştir. Plaklar arasında LoD karşılaştırması ve anlamlı fark analizi için model belirsizliğini dikkate alan probit regresyon modeline parametrik bootstrap yaklaşımı uygulanmıştır. Bulgular: Çalışmada beyaz plakların LoD değerlerinin, şeffaf ve siyah plaklara göre istatistiksel olarak anlamlı düzeyde düşük olduğu saptanmıştır. Aynı renk grubundaki farklı markalara ait plaklar arasında da istatistiksel olarak anlamlı LoD farklılıkları gözlenmiştir. Ayrıca, genel olarak beyaz plaklarda şeffaf ve siyah plaklara göre daha yüksek floresan şiddeti elde edilmiştir. Sonuç: Bu çalışma, hem plak rengi hem de plak marka farklılıklarının multipleks qPCR test sonuçlarını etkilediğini göstermektedir. Elde edilen bulgular, plak özelliklerinin analitik duyarlılık üzerinde etkili olabildiğini ve bu etkinin özellikle düşük konsantrasyon düzeylerinde daha belirgin hale geldiğini ortaya koymaktadır. Aynı renk grubundaki plaklar arasında saptanan LoD farklılıkları, qPCR testlerinde kullanılan plakların analitik performans açısından her zaman eş değer kabul edilmemesi gerektiğini göstermektedir. Bu bulgular, validasyon ve verifikasyon süreçlerinde plak seçiminin de değerlendirilmesinin, daha doğru ve güvenilir qPCR sonuçları açısından önemine işaret etmektedir.
Özet (Çeviri)
Introduction and Purpose: The aim of this study is to evaluate the differences in multiplex quantitative qPCR test results obtained using three clear and three white plates from different manufacturers, and one black plate. Materials and Methods: In this study, the Staphylococcus aureus American Type Culture Collection (ATCC) 700699 strain, known to be methicillin-resistant, was used to compare the analytical performances of different plates. The multiplex real-time polymerase chain reaction (qPCR) was designed to target the nuc gene for species identification of the Staphylococcus aureus strain and the mecA gene as a genotypic indicator of methicillin resistance. A suspension of the strain at 0,5 McFarland turbidity was prepared, and genomic DNA isolation was performed using the boiling-based lysis method. The obtained extraction product was diluted in the range of 10?¹ to 10?8. After optimization studies, the thermal cycling temperatures and times of the test, and the dilution levels to be included in the study for each plate were determined. Each reaction was evaluated, and positive and negative results were detected. Based on the obtained data, the Limit of Detection (LoD) for each plate was determined using probit regression analysis. A parametric bootstrap approach to the probit regression model, considering model uncertainty, was applied for the comparison of LoD between plates and significant difference analysis. Findings: In the study, it was determined that the LoD values of white plates were statistically significantly lower than those of clear and black plates. Statistically significant LoD differences were also observed among plates of different brands within the same color group. Furthermore, higher fluorescence intensity was generally obtained in white plates compared to clear and black plates. Conclusion: This study demonstrates that both plate color and plate brand differences affect multiplex qPCR test results. The obtained findings reveal that plate characteristics can have an impact on analytical sensitivity, and this effect becomes more pronounced especially at low concentration levels. The LoD differences detected among plates in the same color group indicate that plates used in qPCR tests should not always be considered equivalent in terms of analytical performance. These findings point to the importance of evaluating plate selection in validation and verification processes for more accurate and reliable qPCR results.
Benzer Tezler
- Development of mirna biomarkers for the differentiation between gingivitis and periodontitis: A pilot study
Gingivitis ve periodontitis ayrımı için mirna biyobelirteçlerinin geliştirilmesi: Pilot çalışma
DHAFIR LATIEF FAYADH FAYADH
Doktora
İngilizce
2023
BiyokimyaSüleyman Demirel ÜniversitesiKimya Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MUSTAFA CALAPOĞLU
- Farklı pekiştirme apareyleri uygulanan hastalarda plak boyama tableti kullanımının periodontal sağlığa etkisinin değerlendirilmesi
The effect of plaque disclosing tablets on periodontal health in fixed and removable retainers
AYŞEGÜL EŞSİZ DAĞDELEN
Diş Hekimliği Uzmanlık
Türkçe
2023
Diş HekimliğiAdıyaman ÜniversitesiOrtodonti Ana Bilim Dalı
PROF. DR. NİHAL HAMAMCI
DR. ÖĞR. ÜYESİ MEHMET ALİ YAVAN
- Lokal agresif selim kemik tümörlerinde görülen proksimal tibia defektlerinde kemik çimentosu kullanımının, kemik çimentolamasına ek olarak vidalarla veya plak vidalarla desteklemenin kemik defektinin farklı boyutlarına göre gerekliliğinin değerlendirilmesi
Biomechanical properties of defect filling treatment for different sizes and fixation methods in various defect sizes of proksimally tibia in locally agressive tumors
VOLKAN KAYA
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2019
Ortopedi ve TravmatolojiSağlık Bilimleri ÜniversitesiOrtopedi ve Travmatoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. HAKAN BAŞAR
- Şeffaf plak tedavisinde kullanılan farklı ataşman tiplerinin maksiller keser dişlerdeki tork hareketine etkisinin sonlu elemanlar analizi ile incelenmesi
Investigation of the effects of different attachment types used in clear aligner therapy on torque movement in maxillary incisors with finite element analysis
PINAR HACIM MEHMEDALI
Doktora
Türkçe
2021
Diş HekimliğiSağlık Bilimleri ÜniversitesiOrtodonti Ana Bilim Dalı
PROF. DR. SERKAN GÖRGÜLÜ
- Farklı tipte hızlı üst çene genişletme apareyleri uygulanan hastalarda gargara kullanımının bakteri plağı ve ağız florası üzerine etkilerinin karşılaştırılması
Comparison of the effects of mouthwash use on bacterial plaque and oral flora in patients treated with different types of rapid maxillary expansion appliances
GÖZDE ÜTKÜR
Diş Hekimliği Uzmanlık
Türkçe
2019
Diş HekimliğiBolu Abant İzzet Baysal ÜniversitesiOrtodonti Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ YASEMİN NUR KORKMAZ