Biochemical characterization of R.Oryzae xylanase and heterologous probe preparation from T.reesei
R.Oryzae küpünden ksilanaz enziminin biyokimyasal karakterizasyonu ve T.reesei küpünden heterologus sonda hazırlanması
- Tez No: 93361
- Danışmanlar: DOÇ. DR. UFUK BAKIR, DOÇ. DR. SEZAİ TÜRKEL
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoteknoloji, Biotechnology
- Anahtar Kelimeler: Ksilan, Ksilanaz, Ksilanaz geni, Rhizopus oryzae, Trichoderme reesi, PCR, RT-PCR. VI, Enzimler, Küf, Suşlar, Xylan, Xylanase, Xylanase gene, Rhizopus oryzae, Trichoderma reesei, PCR, RT-PCR IV, Enzymes, Xylanese, Mould, Strains
- Yıl: 2000
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
öz R ORYZAE KÜFÜNDEN KSILANAZ ENZİMİNİN BİYOKİMYASAL KARAKTERİZASYONU ve T. REESEİ KÜFÜNDEN HETEROLOGUS SONDA HAZIRLANMASI Ersayın, Ayşegül Yüksek Lisans, Biyoteknoloji Bölümü Tez Yöneticisi: Doç.Dr. Uftık Bakır Yardımcı Tez Yöneticisi: Doç. Dr. Sezai Türkel Eylül 2000, 130 sayfa Bu çalışmada, R oryzae ATCC 9363 susunun ksilanaz genini nükleik asit hibridizasyonu ile izole etmek için, hibridizasyon probu olarak kullanılmak üzere T. reesei QM9414 susunun iki ksilanaz geni izole edildi. T. reesei QM9414 susunun bütün ksilanaz genleri tek primer seti, PCR ile izole edildi. 900 ve 800 bp olan iki PCR ürünü elde edildi ve nested PCR'a tabi tutuldu. Nested PCR, çeşitli ksilanazların korunmuş amino asitdizilimine bağlı olarak düzenlenmiş primer seti ile yapıldı. Sadece 800 bp DNA templet olarak kullanıldığında, T. reesei C 30 xynll geninin iç kısmıyla tamamen aynı dizilime sahip 350 bp nested PCR ürünü elde edildi. 900 bp olan DNA kolayca yemden çoğaltılırken 800 bp çoğaltılamadı. Nükleik asit hibridizasyonuna ek olarak, R. oryzae ksilanaz geni izolasyonu için RT-PCR diğer bir strateji olarak düşünüldü. Etkili primer seti düzenlemek için N-terminal amino asit dizilimi planlandı. Bu amaçla, R oryzae ' dan ksilanazı üretimi, saflaştırılması, kısmi tanımlanması bu tezde yapıldı. Mw ve pl değerleri SDS-PAGE ile 22 kDa, DBF ile yaklaşık olarak 6-6.5 hesaplandı.
Özet (Çeviri)
ABSTRACT BIOCHEMICAL CHARACTERIZATION OF R ORYZAE XYLANASE and HETEROLOGOUS PROBE PREPARATION from T. REESEI Ersayın, Ayşegül M. S., Department of Biotechnology Supervisor Assoc. Prof. Dr. Ufuk Bakır Co-supervisor. Assoc.Prof. Dr. Sezai Türkel September 2000, 130 pages In this study, two xylanase genes of T. reesei QM9414 were isolated which will be used as hybridization probes for the isolation of xylanase gene from/?, oryzae ATCC 9363 by nucleic acid hybridization. Both of the xylanase genes of T. reesei QM9414 were isolated by PCR with one primer set. Two PCR products, 900 and 800 bp, were obtained and subjected to nested PCR. Nested PCR was performed by using a set of primers designed depending on conserved amino acid sequences of various xylanases. A 350 111bp nested PCR product was obtained only when 800 bp DNA was used as template, which's sequence was exactly the same with the inner part of T. reesei C 30 xynll gene. The 900 bp DNA was easily reamplified but 800 bp DNA could not be reamplified. In addition to nucleic acid hybridization, RT-PCR was determined as another strategy to isolate R. oryzae xylanase gene. In order to design an efficient primer set, N-terminal amino acid sequencing was planned. Therefore, xylanase production from R. oryzae, purification and partial characterization were performed within this thesis. Mw and pi values of the xylanase were determined as 22 kDa by SDS-PAGE and around 6-6.5 by IEF, respectively.
Benzer Tezler
- Partial purification and characterization of B-1,4-endoxylanase from rhizopus oryzae
Rhizopus oryzae küfünden ksilanaz enziminin kısmen saflaştırılması ve biyokimyasal karakterizasyonu
FERDA GÜVENÇ
Yüksek Lisans
İngilizce
2000
BiyoteknolojiOrta Doğu Teknik ÜniversitesiBiyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. TÜLİN GÜRAY
DOÇ. DR. UFUK BAKIR
- Evsel atıksularda biyolojik arıtma sonrasında kimyasal fosfor giderimi
Chemical phosphorus removal in domestic wastewaters after biological treatment
NURHAN ÇELİK
- Tung yağının 1,3 spesifik enzim ile hidroliz koşullarının incelenmesi
Investigation on enzymatic fat splitting conditions of tung oil with 1,3 spesific enzyme
HAKAN ATICI
- Daldırma yöntemiyle asetik asit üretimi için uygun bakterinin seçimi
Selection of suitable bacteria for submerge method aceti acid production
GÜLSÜM ELBAŞI
Yüksek Lisans
Türkçe
1997
Gıda MühendisliğiAnkara ÜniversitesiGıda Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. SEDAT DÖNMEZ