Geri Dön

Tiroid kanserli olgularda ilişkili genlerin yeni nesil dizileme yöntemi ile taranması: verilerin biyoinformatik analizi

Screening of associated geneswith new generation sequencing in patient swith thyroidcancer: bioinformatics analysis of data

PDF İndir

  1. Tez No: 809040
  2. Yazar: MERVE MAŞA
  3. Danışmanlar: DOÇ. DR. KUYAŞ HEKİMLER ÖZTÜRK
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Biyomühendislik, Bioengineering
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2023
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Süleyman Demirel Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Biyomühendislik Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.

Özet

Tiroid kanseri, endokrin kanser türleri içinde bilinen en yaygın kanser türlerindendir. Kalıtsal olarak incelendiğinde özellikle papiller tiroid kanseri türünün, gen ekspresyonu ve gen metilasyonu döngülerinde meydana gelen farklılıklar, vücut hücrelerine zarar veren somatik mutasyonların oluşması ve çeşitli genetik veya epigenetik faktörlerin ortaya çıkması ile aşamalı olarak oluşum gösterdiği gözlemlenmiştir. Tiroid kanserinde yeni nesil dizilemenin (YND) eşzamanlı yüksek verim avantajı bulunmakta ve aynı zamanda genetik değişiklikler ve tümör biyolojisi konusunda kapsamlı bir bilgi sağlamaktadır. Çalışmamızda tiroid kanseriyle ilişkisi olan genlerinde bulunan varyasyon, küçük insersiyon, SNP ve delesyonların taraması yapılarak, elde edilen sonuçların insan gen mutasyonu veritabanları yardımı ile anlamlandırılması hedeflenmiştir. Çalışmamıza papiller tiroid kanseri tanısı almış 24 hasta dahil edilmiştir. Literatürde tiroid kanseri ile ilişkilendirilmiş ALB, GNAS, POR, THRB, DIO1, IGSF1, SERPINA7 (+1 Güçlendirici), TPO (+1 Promoter), DIO2, IYD, SLC16A2, TRH, DIO3, NKX2-1, SLC26A4, TRHR, DUOX2 (+1 Promoter), NKX2-5, SLC5A5, TSHB, DUOXA2, PAX8 (+1 Promoter), TG, TSHR, FOXE1, PHEX, THRA, TTR genleri seçilerek amplikon tabanlı kit dizayn ettirilmiştir. Bu kit ile YND platformu Illumina MiSeq kullanılarak, tüm ekzon bölgeleri, ekzon-intron bağlantı noktaları dizilenmiştir. İncelenen genlerde tespit edilen varyantlar, biyoinformatik algoritmalar aracılığıyla analiz edilip her bir varyant için anlamlandırma yapılmıştır. Buna göre;61 missense, 84 sinonim, 64 splice-site, 91 intronik, 21 upstream, 1 stop-gained, 1 frame shift, 2 insersiyon, 2 5'-UTR, 3 3'-UTR, 2 inframe, 1 non-coding, 1 inframe delesyon varyantı tespit edilmiştir. Varyantların patojenisite sınıflandırmasına göre; 20 benign, 9 muhtemel benign, 8 VUS ve 2 muhtemel patojenik değişim gözlemlendi. Tüm dönüşümlerin gen bazında yüzdelik dağılımları; THRB %3, TSHR %3, TTR %3, ALB %11, DUOX2 %14, FOXE1 %8, GNAS %3, IGSF1 %8, IYD %3, PAX8 %3, PHEX %6, SERPINA7 %3, SLC5A5 %6, TG %26 olarak tespit edilmiştir.Çalışmamızda elde ettiğimiz germline değişimler gelecekte yapılacak çalışmalara yol gösterecektir. Verilerimiz tiroid kanserinin genetik patogenezinin anlaşılmasına katkıda bulunsa da, daha fazla genin dahil edildiği geniş kapsamlı çalışmalara ihtiyaç vardır. Özellikle tüm genom dizileme ve genom boyu ilişkilendirme çalışmaları fayda sağlayacaktır.

Özet (Çeviri)

Thyroid cancer is one of the most common types of endocrine cancer. When analyzed hereditarily, it has been observed that papillary thyroid cancer, in particular, develops progressively through differences in gene expression and gene methylation cycles, the occurrence of somatic mutations that damage body cells, and the emergence of various genetic or epigenetic factors. Next-generation sequencing (NGS) in thyroid cancer has the advantage of simultaneous high throughput and provides comprehensive information on genetic alterations and tumor biology. In our study, we aimed to screen for variations, small insertions, SNPs and deletions in genes associated with thyroid cancer and to interpret the results obtained with the help of human gene mutation databases. Our study included 24 patients diagnosed with papillary thyroid cancer. ALB, GNAS, POR, THRB, DIO1, IGSF1, SERPINA7 (+1 Enhancer), TPO (+1 Promoter), DIO2, IYD, SLC16A2, TRH, DIO3, NKX2-1, SLC26A4, TRHR, DUOX2 (+1 Promoter), NKX2-5, SLC5A5, TSHB, DUOXA2, PAX8 (+1 Promoter), TG, TSHR, FOXE1, PHEX, THRA, TTR genes were selected and amplicon-based kit was designed. With this kit, all exon regions and exon-intron junctions were sequenced using the YND platform Illumina MiSeq. The variants detected in the genes examined were analyzed by bioinformatics algorithms and interpretation was made for each variant. Accordingly, 61 missense, 84 synonymous, 64 splice-site, 91 intronic, 21 upstream, 1 stop-gained, 1 frame shift, 2 insertion, 2 5'-UTR, 3 3'-UTR, 2 inframe, 1 non-coding, 1 inframe deletion variants were identified. According to the pathogenicity classification of the variants; 20 benign, 9 probable benign, 8 VUS and 2 probable pathogenic changes were observed. Percentage distribution of all transformations on gene basis; THRB 3%, TSHR 3%, TTR 3%, ALB 11%, DUOX2 14%, FOXE1 8%, GNAS 3%, IGSF1 8%, IYD 3%, PAX8 3%, PHEX 6%, SERPINA7 3%, SLC5A5 6%, TG 26%. The germline alterations obtained in our study will guide future studies. Although our data contribute to the understanding of the genetic pathogenesis of thyroid cancer, large-scale studies including more genes are needed. Especially whole genome sequencing and genome-wide association studies will be beneficial.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    886232

    Yeni nesil dizileme yöntemiyle solid tümör örneklerinde kanserle ilişkili genlere ait patojenik varyantların belirlenmesi ve hastalıkla olan ilişkisinin araştırılması

    Identification of pathogenic variants in cancer-associated genes and investigation of their relationship with the disease in solid tumor samples using Next-Generation Sequencing(NGS) method

    CANSU ÖĞE

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2024

    GenetikKocaeli Üniversitesi

    Tıbbi Genetik ve Moleküler Biyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. NACİ ÇİNE

  2. Tez No

    818583

    Development of mirna biomarkers for the differentiation between gingivitis and periodontitis: A pilot study

    Gingivitis ve periodontitis ayrımı için mirna biyobelirteçlerinin geliştirilmesi: Pilot çalışma

    DHAFIR LATIEF FAYADH FAYADH

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2023

    BiyokimyaSüleyman Demirel Üniversitesi

    Kimya Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. MUSTAFA CALAPOĞLU

  3. Tez No

    194155

    Mesanenin değişici epitel hücreli karsinomlarında antimetastatik gen Nm23 ve HER-2/neu'nun klasik prognostik parametrelerle karşılaştırılması ve prognostik önemi

    Başlık çevirisi yok

    REMZİ ARSLAN

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2006

    PatolojiAtatürk Üniversitesi

    Patoloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ.DR. FAZLI ERDOĞAN

  4. Tez No

    840585

    Clock geni RS1801260 ve RS11932595 polimorfizmlerinin tiroid kanseri gelişimi ve prognozu üzerine etkisi

    Evaluation of clock gene RS1801260 and rs11932595 polymorphisms in terms of throid cancer development and prognosis

    BERKAY SOYSAL

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2023

    Endokrinoloji ve Metabolizma HastalıklarıAnkara Üniversitesi

    İç Hastalıkları Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. MUSTAFA ŞAHİN

  5. Tez No

    932503

    Yüksek/orta riskli differansiye tiroid kanserli olgularda yüksek doz adjuvan I-131 tedavi ve sonuçları: Tek merkez deneyimi

    High dose adjuvant I-131 treatment and results in cases with high/medium risk differentiated thyroid cancer: Single center experience

    BEYZA BEDİ ALPAY

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2025

    Radyoloji ve Nükleer TıpSağlık Bilimleri Üniversitesi

    Nükleer Tıp Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. ENGİN ALAGÖZ

Geri Dön