Testing of ompa signal peptide for bile salt hydrolase (BSH) recombinant protein secretion in bacterial expression system
Bakteriyel ekspresyon sisteminde safra tuzu hidrolaz (STH) rekombinant protein sekresyonu için ompa sinyal peptidinin test edilmesi
- Tez No: 723397
- Danışmanlar: PROF. DR. MEHMET ÖZTÜRK
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Biology
- Anahtar Kelimeler: Hidrolazlar, Membran proteinleri, Polipeptitler, Saflaştırma, Safra tuzları, Hydrolases, Membrane proteins, Polypeptides, Purification, Bile salts
- Yıl: 2022
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Bolu Abant İzzet Baysal Üniversitesi
- Enstitü: Lisansüstü Eğitim Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Sinyal peptit (SP) adı verilen spesifik hedefleme dizisi proteinleri, prokaryotik ve ökaryotik hücrelerin salgı yoluna yönlendirir. 25-30 kalıntıdan oluşan tipik bir sinyal peptidi, proteinlerin N amino-terminal bölgesinde bulunur ve protein translokasyonunda görev alır. Temel olarak SP'nin yapısı üç ana bölümden oluşur: pozitif yüklü alana sahip N bölgesi, hidrofobik bir çekirdek olan H bölgesi ve kesilme bölgesi olan C bölgesidir. Sinyal peptidazları, C-bölgesine bağlanarak proteini salgı yolunda serbest bırakan enzimlerdir. Escherichia coli'nin salgılanabilir rekombinant protein üretim yeteneği; üretim maliyetini ve sonraki işlem basamaklarını en aza indirdiği için biyoteknoloji endüstrisi için çok önemlidir. Bununla birlikte, rekombinant proteinlerin büyük ölçekli üretiminde inklüzyon cisimciklerinin oluşumu veya proteazlar yoluyla protein bozunması gibi çeşitli engellerle karşılaşılabilinmektedir. Bu yüksek lisans tez çalışmasında, OmpA SP'nin E. coli'de rekombinant safra tuzu hidrolaz (BSH) üretimi için bir pET ekspresyon sistemi üzerindeki salgı etkisinin araştırılması amaçlanmıştır. OmpA sinyal peptidinin salgılama verimliliğini göstermek için, bsh ve OmpA SP kodlayan genler pET-28b(+) plazmit DNA'sına klonlandı ve elde edilen pEDE3 klonunun E. coli BLR(DE3) hücrelerinde eksprese edilmiştir. Çalışmada, OmpA SP'nin salgılama etkisi direkt plaka yöntemi ile gözlemlenirken, BSH enzimlerinin ifade seviyeleri SDS-PAGE analizi ile tespit edilmiştir. Doğrudan plaka yöntem sonuçları da OmpA ve bsh geni içeren pEDE3/BLR(DE3) klonunun ortama BSH enzimi salgıladığını göstermiştir. Ancak, SDS-PAGE sonuçları ise 35-42 kDa boyutundaki çözünür BSH proteinlerinin poliakrilamid jel üzerinde görünür olmadığını göstermiştir. Çalışma sonucunda elde edilen bu veriler, OmpA SP içeren pEDE3 klonunun az miktarda da olsa aktif bir BSH proteini üretim kapasitesine sahip olduğunu göstermiştir.
Özet (Çeviri)
Proteins are allowed to enter the secretory pathway in both prokaryotic and eukaryotic organisms, only if they are accomplished with a specific signal destination which is called a signal peptide (SP). A typical signal peptide consisting of 25-30 residues is located at the N amino-terminal site of proteins and has the task of protein translocation. Mainly the structure of SP has three main parts: the first one is N-region that has the positive-charged domain, the second one is the H-region which is a hydrophobic core, and the third domain is the C-region that is the cleavage site. Signal peptidases are enzymes that bind to the C-site and release the protein in the secretory pathway. The secreted recombinant protein production ability of Escherichia coli is crucial to the biotechnology industry as it minimizes the production cost and downstream processing. However, the large-scale production of recombinant proteins has various obstructions, among which proteolytic degradation and inclusion body formation via proteases are the dominant ones. This dissertation work aims to investigate the secretory effect of the OmpA SP on a pET-based expression system for the production of recombinant bile salt hydrolase (BSH) in E. coli. To demonstrate that the secretory effect of the OmpA signal peptide, the bsh encoding genes and OmpA SP coding gene were cloned into pET-28b(+) plasmid DNA and obtained pEDE3 construct was overexpressed in E. coli BLR(DE3) cells. While the secretory effect of the OmpA SP was observed by the direct plate assay method, the expression levels of the BSH enzyme was detected by sodium dodecyl sulfate polyacrylamide gel electrophoresis (SDS-PAGE) analysis. Direct plate assay results indicated that pEDE3/BLR(DE3) clones containing OmpA SP and bsh gene secreted BSH enzyme into the medium. However, SDS-PAGE results showed that soluble BSH proteins with 35-42 kDa in size were not visible on a polyacrylamide gel. These results demonstrated that the pEDE3 construct containing OmpA SP had the capacity to produce a releasable active BSH protein, albeit a small amount.
Benzer Tezler
- Klinik örneklerden izole edilen Acinetobacter baumannii izolatlarında plazmid aracılı kinolon direncinin ve biyofilm ilişkili genlerin belirlenmesi
Determination of plasmid-mediated quinolone resistance and biofilm-associated genes in Acinetobacter baumannii isolates from clinical samples
GÖZDE ÇELEBİ
Yüksek Lisans
Türkçe
2026
Moleküler TıpAmasya ÜniversitesiMoleküler Tıp Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ CEREN BAŞKAN
- The effect of surface roughness on mechanical behavior of commercially pure titanium implants produced by selective laser melting
Seçici lazer ergitme yöntemi ile üretilmiş ticari saflıktaki titanyum implantların yüzey pürüzlülüklerinin mekanik davranışa etkisi
SEREN ŞENOL
Yüksek Lisans
İngilizce
2018
Metalurji Mühendisliğiİstanbul Teknik ÜniversitesiMetalurji ve Malzeme Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. HÜSEYİN ÇİMENOĞLU
- Synthesis of poly(imide) siloxane block copolymer, structural characterization and comparison of irradiation effect in radiation shielding properties for flexible sheet and pelletized form
Poli(imid) siloksan blok kopolimerin sentezi, yapısal karakterizasyonu ve ışınlama etkisinin esnek levha ve peletleştirilmiş formlarında radyasyon zırhlama özelliklerinin karşılaştırılması
TÜRKAN DOĞAN
Doktora
İngilizce
2020
Bilim ve Teknolojiİstanbul Teknik ÜniversitesiEnerji Bilimi ve Teknolojileri Ana Bilim Dalı
PROF. DR. NİLGÜN BAYDOĞAN
- Investigation of mechanical properties of small caliber fibrous vascular grafts
Küçük çaplı fibröz vasküler greftlerin mekanik özelliklerinin incelenmesi
SUZAN ÖZDEMİR
Yüksek Lisans
İngilizce
2023
Tekstil ve Tekstil Mühendisliğiİstanbul Teknik ÜniversitesiTekstil Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ İPEK YALÇIN ENİŞ
- Advancing creep performance and oxidation resistance of inconel 939 alloy fabricated by selective laser melting
Seçici lazer ergitme yöntemi ile üretilen ınconel 939 alaşımının sürünme performansı ve oksidasyon direncinin geliştirilmesi
FATİH GÜLER
Doktora
İngilizce
2025
Metalurji Mühendisliğiİstanbul Teknik ÜniversitesiMetalurji ve Malzeme Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ÖZGÜL KELEŞ
DR. HÜSEYİN AYDIN