DNA spesifik probların kullanımı ile yapılan seks kromozom anomalilerinin araştırılması
Detection of structural sex chromosome aberrations by DNA specific probes
- Tez No: 69930
- Danışmanlar: PROF. DR. SEHER BAŞARAN
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Tıbbi Biyoloji, Medical Biology
- Anahtar Kelimeler: Cinsiyet kromozom anomalileri, Cinsiyet kromozomları, DNA probları, Floresan boyalar, Kromozomlar, Sex chromosome abnormalities, Sex chromosomes, DNA probes, Fluorescent dyes, Chromosomes
- Yıl: 1998
- Dil: Türkçe
- Üniversite: İstanbul Üniversitesi
- Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Tıbbi Genetik Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
V. ÖZET Moleküler tekniklerle elde edilen belli DNA dizilerinin fluoresanlı maddelerle işaretlenerek kromozomlarla hibridizasyona sokulması esasına dayanan FISH tekniği, sitogenetik ile moleküler biyoloji arasında bir köprü oluşturmuştur. İnterfazda aneuploidilerin ve X'e bağlı hastalıklarda cinsiyetin hızlı tanınmasında, metafaz kromozomlarında ise, rutin bantlama yöntemlerinin yetersiz kaldığı durumlarda son derece faydalı ve güçlü bir yöntem olarak uygulanmakta, problann ve tekniklerin çeşitlenmesiyle klinik kullanım alam genişlemektedir. Bu çalışmada, çeşitli problann kullanımıyla FISH tekniği ile ilgili deneyimlerimizin artırılması ve bu tekniğin de novo yapısal anomalilerin aydınlatılmasındaki etkinliğinin araştırılması planlandı. Bu amaçla teknik, biyolojik özellikleri nedeniyle olası yapısal kromozom anomali çeşitlerinin tümünün görülebilir olması ve moleküler açıdan daha iyi incelenmiş olmalarına bağlı olarak ticari kullanıma sunulmuş prop çeşidinin çok oluşu nedenleriyle ilk aşamada X ve Y kromozomlarının de novo yapısal anomalilerinde uygulandı. Lichter ve Pinkel'in geliştirdiği FISH protokolü laboratuar koşullarına göre modifiye edildi ve Oncor ve Cytocell firmalarına ait işaretli hazır satellit, kozmid ve painting problar, çeşitli endikasyonlarla kromozom analizi yapılan ve X veya Y kromozomunda yapısal anomali saptanan 38 olguda kullanıldı. 199Bu çalışma kapsamında sentromerik DXZ1, Kallmann kozmid ve X painting probları kullanılarak 13 olguda görülmüş olan halka kromozomların X kromozomu kökenli olduğu saptandı. Dört olguda klasik bantlama yöntemleri ile saptanan X/otozom translokasyonu X kromozomuna ve ilgili otozom kromozoma özgü painting ve kozmid problar kullanılarak tanı doğrulandı. Bu çalışmada, multiprobların kullanımı ile dengesiz X/7 translokasyonu ve yine dengesiz olarak oluşan Y/9 translokasyonu taşıyan olgularda çok kısa sürüde tanı koyulmuş olması bu tekniğe yeni bir boyut kazandırmıştır. De novo yapısal kromozom anomalilerinde bu yöntem ile çok kısa sürede sonuca gidilebileceği görülmüştür. X p delesyonu olan 3 olguda ve X q delesyonu saptanan 5 olgudan 3'ünde FISH tekniği ile GTG bant analiz sonuçları doğrulandı. İki olguda ise, GTG analizlerinden farklı sonuçlar elde edildi. Bunlardan birisinde,X kromozomunun 9. kromozoma ait segmlent de içerdiği ( dengesiz X/9 translokasyonu), diğerinde ise X kromozomunda inversiyon - delesyon saptandı. Bu iki bulgunun da klasik bantlama yöntemleri ile tanınması olası değildi. Üç olguda X kromozomunun q kolunda görülen uzamaların 2 olguda izodisentrik kromozom Xq ve bir olguda Xq duplikasyonu, bir olgudaki X p kolu uzamasının ise, izodisentrik Xp olduğu belirlendi. 200İki olguda klasik bantlama yöntemleri ile 45,X'li hücrelerle birlikte görülen marker kromozomların Y kökenli izodisentrik kromozomlar olduğu belirlendi ve olgular mixed gonadal disgenezi tanısı aldı. Y kromozomunda inversiyon düşünülen 2 olgu ve Yp delesyonundan kuşkulanılan 2 olguda FISH uygulamaları ile bunların polimorfik bulgular olduğu saptandı. Bu çalışma, diagnostik amaçlı çalışan bütün sitogenetik laboratuarlarında klasik yöntemlerin yanısıra FISH tekniğinin de sitogenetik tanıda rutin olarak kullanılması gerektiğini göstermiştir. 'C YUKSOW, ın.u 201
Özet (Çeviri)
VI. SUMMARY Fluorescent in situ hybridization ( FISH) procedure relies on the complementarity between the 2 strands of the DNA double helix. Directly or indirectly labelled probe DNA molecules are denaturated and hybridized to denatureted nuclear target DNA so that unique sequences, chromosomal subregions or entire genomes are specifically highlighted in metaphase or interphase cells. Application of the FISH techniques to clinical diagnostik laboratories was made possible by the increasing availibility of numerous chromosome specific probes and FISH became an important addition to conventional cytogenetics because it similtaneously provides both molecular and cytogenetic results and bridges the gap between cytogenetic and molecular genetics. FISH has shown to be extremely useful in the analysis of metaphase chromosomes when conventional cytogenetic techniques remained insufficent in the determination of the marker and de novo structural abnormalities. In this study, FISH with centromeric, cosmid and painting probes from Oncor Inc. and Cytocell was applied to confirm and clarify GTG-banded interpretions of thirty-eight cases with X and Y de novo structural abnormalities. The ring chromosomes detected in 13 patients were found to be of X chromosomal origin by in situ hybridization with centromeric DXZ1, Kallmann with DXZ1 control region and X painting probes. 202In four cases, FISH using the X painting probe confirmed the presence of a balanced X-autosome translocation and the definite breakpoints were identified by application of cosmid probes. Two unbalanced X-autosome translocations involving chromosomes 7;X and 9;Y were detected by the hybridization of Multiprobe Chromoprobe to a single microscobe slide per patient which allowed the simultaneus analysis chromosomes. In six cases, FISH confirmed the presence of a deletion at Xp and Xq arms. However, two other cases which were interpretated as a having an Xq deletion according to GTG banding, were identified as an X-autosome translocation and an inversion-deletion. The cytogenetic analysis showed an Xq+ karyotype in three of our cases which were further evaluated by FISH and identified as an isodicentric Xq (n=2) and a duplication (n=l). In two cases, mosaic for 45,X/46,X,+mar cell lines, the origin of the marker chromosomes was identified as Y and these patients were diagnosed as having“mixed gonadal dysgenesis”. FISH studies demonstrated the presence of a polymorphism in four cases suspected with an inversion and a deletion on Yp arm. The present studies illustrates the need for the incorporation of FISH into the standard protocols of all diagnostic cytogenetic laboratories as a routine 203procedure. It is predicted that FISH will soon become a complementary routine procedure as commonplace as banding is today. 204
Benzer Tezler
- Dedection of aminoglycoside 3'-phosphotransferases by using Dna and antibodd probes
Aminoglikozit 3'-fosfotransferazların DNA ve antikor propları ile tanısı
ARMAĞAN KOÇER SAĞIROĞLU
- Normal ve translokasyon taşıyıcısı erkeklerin spermiumlarında FISH ile kromozom analizi
FISH analysis in the sperm chromosomes of normal and translocation carrier males
BEYHAN DURAK
Doktora
Türkçe
1998
Tıbbi BiyolojiEskişehir Osmangazi ÜniversitesiTıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. NURETTİN BAŞARAN
- Amnion hücre izolasyonu ve interfaz floresan in situ hibridizasyon tekniğinin uygulanması
Isolation of amnioncytes and application of interphase fluorescence in situ hybridization
MEHMET ALİKAŞİFOĞLU
- Detection of monochloroacetate degrading genotypes of pseudomonas SP.Using PCR/DNA probe assays
Pseudomonas Sp'nin monokloroasetat yıkımından sorumlu genotiplerinin PCR/DNA PROB yöntemleri kullanılarak tanınması
EBRU CABA
Yüksek Lisans
İngilizce
1996
BiyolojiOrta Doğu Teknik ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. SEMRA KOCABIYIK
- PCR metodu ile aseptik menenjitli çocuklarda HSV tip 1 ve HSV tip 2`nin insidanslarının tespiti
The Detection of incidence of HSV type 1 and HSV type 2 by PCR method in children with aseptic menengitis
FÜGEN YARKIN