Dedection of aminoglycoside 3'-phosphotransferases by using Dna and antibodd probes
Aminoglikozit 3'-fosfotransferazların DNA ve antikor propları ile tanısı
- Tez No: 38555
- Danışmanlar: DOÇ.DR. SEMRA KOCABIYIK
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Biology
- Anahtar Kelimeler: DNA probu, antikor probu, Aminoglikozit 3'- fosfotransferaz, Aminoglikozit dirençliliği, Southern Blot, Western Blot, Aminoglikozitler, DNA, Fosfotransferazlar, DNA probe, antibody probe, Aminoglycoside 3'- Phosphotransferase, Aminoglycoside Resistance, Southern Blot and Western Blot. Science, Aminoglycosides, DNA, Phosphotransferases
- Yıl: 1995
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
öz ÂMİNOGLİKOZİT 3'-FOSFOTRANSFERAZLARIN DNA VE ANTİKOR PROPLARI İLE TANISI Sağıroğlu Koçer, Armağan Yüksek Lisans Tezi, Biyoloji Anabilim Dalı Tez Yöneticisi: Doç.Dr. Semra Kocabıyık Ocak, 1995, 74 sayfa Gram-negatif basillerde 3'-aminoglikozit fosfotransferaz aktivitesini kodlayan genleri teşhis etmek için üç tane DNA probu geliştirildi. Problar, APH(3') II geninin üç farklı restriksiyon fregmentleri olarak hazırlandılar. Bu parçalar, radyoaktif olmayan digoxigenin ile işaretlenmiş 'deoxyuridine-triphosphate'ların bağlanmasıyla işaretlendiler. Problar hedeflenen nükleik asitlerle birleştikten sonra, immunoassay ile, enzim bağlanmış antikorlar kullanılarak tanındılar. Her üç prob da sadece, APH(3') II geni içeren ve genetik olarak tanımlanmış olan kontrol suşların DNAsı ile hibridize olurken, farklı APH(3') geni içeren suşlarla hibridize olmadılar. Hacettepe Üniversitesi hastalarından elde edilen kanamisine dirençli bazı Enterobacteriaceae ve Pseudomonas suşlan bu proplar kullanılarak Southern Blot tekniği, ile incelendiler ve bunlardan birisinin APH(3') II geni içerdiği gösterildi. Kullanılan her probun APH(3') II genine oldukça spesifik olduğu ve, kompleks aminoglikozit dirençlilik profiline sahip olan klinik VIsuşlarda APH(3') II enziminin teşhisinde, enzimatik testlerden daha duyarlı oldukları ispatlandı. Öte yandan, kontrol ve klinik suşlardan elde edilen hücre lizatları, Western Blot tekniği ile incelendiler. Bu deneylerde, Fc- biotinlenmiş tavşan poliklonal anti-APH(3') n antikoru kullanıldı. Fakat DNA probu ile kıyaslandığında antikor probunun daha az spesifik olduğu gürüldü, çünkü farklı APH(3') aktivitesi gösteren kontrol suşları aynı immunoblot sinyalleri verdiler. Ayrıca APH(3') II proteinine karşılık gelen bu sinyallere, APH(3') II DNA probuyla teşhis edilemeyen klinik suşlarda da rastlandı. Sonuç olarak, bu çalışmada geliştirilen APH(3') II genine özel DNA problarının, genetik ve enzimatik metodlarla tanımlanmış olan bakteri suşlarının son derece duyarlı, spesifik, ve doğru olarak teşhis ettikleri gösterildi. Antikor prob (daha az spesifik olmasına rağmen) ile birlikte DNA prob, APH(3') dirençlilik determinantı içerdiği düşünülen klinik suşlarm teşhisinde, enzimatik metodlara alternatif oluşturmaktadırlar.
Özet (Çeviri)
ABSTRACT DETECTION OF AMINOGLYCOSIDE 3'- PHOSPHOTRANSFERASES BY USING DNA AND ANTIBODY PROBES Sağıroğlu Koçer, Armağan M.S. in Biology Supervisor: Assoc.Porf.Dr. Semra Kocabıyık January, 1995, 74 page Three DNA probes were developed to screen for genes encoding aminoglycoside 3'-phosphotransferase activity in gram- negative bacilli. Probes were prepared from cloned APH(3') II gene as three different restriction fragments. These fragments were non- radioactively labeled by incorporation of digoxigenin- labeled deoxyuridine-triphosphate. DIG-labeled DNA probes were detected after hybridizations to target nucleic acids, by enzyme-linked immunoassay using an antibody conjugate. All three probes hybridized only with DNA from control strains harboring genetically defined APH(3') II gene, and did not hybridize with DNA from organisms exhibiting other APH(3') activities. Analysis of a number of kanamycin-resistant Enterobacteriaceae and Pseudomonas spp. isolated from patients at Hacettepe University mHospital by Southern Blot Hybridization, using these probes successfully demonstrated that one of the isolates contained APH(3') II gene. Each probe proved to be highly specific for APH(3') II gene and was more sensitive than enzymologic techniques for detection of APH(3') II enzyme in clinical isolates with complex aminoglycoside resistance phenotypes. Cleared lysates of the control bacteria and the clinical isolates were also analyzed by Western Blotting technique. In these experiments an Fc-biotinylated rabbit polyclonal anti-APH(3') II antibody was used. The antibody probe was less specific as compared to DNA probes, since immunoblot signals of all the control bacteria exhibiting various APH(3') activities were very similar. Moreover, identical signals at the position corresponding to APH(3') II protein was observed in hospital isolates which could not be detected by APH(3!) II DNA probes. In conclusion, DNA probes for APH(3') II structural genes developed in this study proved remarkably sensitive and specific, correctly identifying the genetically and enzymatically defined bacterial strains. Together with antibody probe technique (although comparatively less specific), DNA probe technique provides an alternative to the enzymatic methods for testing organisms suspected of containing APH(3') resistance determinants. IV
Benzer Tezler
- Aminoglikozid nefrotoksisitesinin erken tanısında idrar beta 2-mikroglobulin değerlerindeki artışın diagnostik önemi
The Diagnostic value of increased levels of beta 2-microglobulin in early diagnosis of aminoglycosides-induced nephrotoxicity
MAHMUT ŞAHİN
- Enterekokların identifikasyon yöntemleri antibiyotik duyarlılıkları ve beta laktamaz aktivitelerinin değerlendirilmesi
Başlık çevirisi yok
YEŞİM ÖZTÜRK
Yüksek Lisans
Türkçe
1997
Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik MikrobiyolojiGataMikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
- Enterik bakterilerde plazmide bağlı antibiyotik direncinin araştırılması
Detection of plasmid originated antibiotic resistance in enterobacteriaceae
ŞEBNEM NUR YILMAZ
Yüksek Lisans
Türkçe
1999
MikrobiyolojiKaradeniz Teknik ÜniversitesiMikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ALİ OSMAN KILIÇ
- Yenidoğan döneminde aminoglikozid nefrotoksisitesinin erken tanısında üriner beta-2-mikroglobulin değerlerinin önemi
Başlık çevirisi yok
N.FARUK SUNGUR
- Balgam ve plevral sıvı örneklerinde Mycobacterium Tuberculosis`in polimeraz zincir reaksiyonu (PCR) ile saptanması
Dedection of mycobacterium tuberculosis with polymerase chain reaction (PCR) in sputum and pleural fluid samples
MERAL ÇETİN
Yüksek Lisans
Türkçe
1995
Tıbbi Biyolojiİstanbul ÜniversitesiTıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
PROF.DR. GÖNÜL KANIGÜR SULTUYBEK