Detection of monochloroacetate degrading genotypes of pseudomonas SP.Using PCR/DNA probe assays
Pseudomonas Sp'nin monokloroasetat yıkımından sorumlu genotiplerinin PCR/DNA PROB yöntemleri kullanılarak tanınması
- Tez No: 56891
- Danışmanlar: PROF. DR. SEMRA KOCABIYIK
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Biology
- Anahtar Kelimeler: PCR, DNA probları, dehalogenaz, hidrokarbon, Monokloroaset yıkımı. vi, Monokloroasetat, Pseudomonas, Suşlar, PCR, DNA probları, dehalogenaz, hidrokarbon, Monokloroaset yıkımı. vi, Monocloroacetate, Pseudomonas, Strains
- Yıl: 1996
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
ÖZ PSEUDOMONAS SP.'NİN MONOKLOROASETAT YIKIMINDAN SORUMLU GENOTİPLERİNİN PCR/DNA PROB YÖNTEMLERİ KULLANILARAK TANINMASI Caba, Ebru Yüsek Lisans, Biyoloji Bölümü Tez Yöneticisi: Prof. Dr. Semra Kocabıyık Aralık 1996, 71 sayfa Bu çalışmada, Monokloroasetat (MCA), tek karbon kaynağı olarak kullanarak, seçici zenginleştirme tekniği ile topraktan MCA parçalama özelliğine sahip 61 doğal Pseudomonas sp. susu isole edilmiştir. Bu suşlar, MCA'dan CI“ iyonlarını uzaklaştırma potansiyelleri dikkate alınarak, 3 grupta sınıflandırılmışlardır: zayıf parçalıyıcılar (CI”çıkışı 0-15 ppm arasında), orta dereceli parçalıyıcılar (CI“ çıkışı 16-30 ppm arasındakiler), ve güçlü parçalıyıcılar (CI”çıkışı 31-45 ppm arasındakiler). Suşların MCA yıkımından sorumlu genotipleri, gen prob yöntemi ile belirlenmiştir. Bu amaçladigoksigenin deoksiuridintrifosfat (Dig-dUTP) ile işaretlenmiş olan iki farklı gen prob (dehCI and dehCII)“Southern Blot”hibridizasyon yönteminde kullanılmışlardır. Sinyal veren blotların (toplam 24), büyük bir kısmı (18 tanesi) yalnız dehCI DNA probu ile hibridize olurken, 6 susun blotları yalnız dehCII probu ile hibridize olmuştur. Bu sonuçlar, DNA hibrizasyon yönteminin çok spesifik olduğunu ve topraktaki MCA parçalıyıcı Pseudomonas sp. suşlarının metabolik fonksiyonları ve/veya genotipleri açısından çeşitlilik gösterdiklerini ortaya koymaktadır. MCA - yıkımından sorumlu Pseudomonas genotiplerinin tanınması için DNA prob hibridizasyon yöntemine alternatif olarak Polimeraz Zincir Reaksiyonu (PCR) kullanılmıştır. On tane susun DNA'sından 1.5 kb büküklüğünde tek bir DNA fragman çoğaltılmış olup, 3 susun DNA'sından ise 0.564 ve 0.891 kb büyüklüğünde iki amplikon çoğaltılmıştır. Bir tane susun DNA'sından ise 0.3 kb'lik bir amplikon çoğaltılmıştır. MCA parçalıyabilen 47 susun PCR ile tanınması mümkün olmamıştır. Bu sonuçlar kullanılan dejenere primer setinin MCA - yıkım kapasitesine sahip farklı genotiplerin tanınmasında etkin olmadığını göstermiştir. MCA yıkımı ile ilgili dirençlilik markerler ve plazmit DNA'sı arasında bir bağlantı bulunamamıştır.
Özet (Çeviri)
ÖZ PSEUDOMONAS SP.'NİN MONOKLOROASETAT YIKIMINDAN SORUMLU GENOTİPLERİNİN PCR/DNA PROB YÖNTEMLERİ KULLANILARAK TANINMASI Caba, Ebru Yüsek Lisans, Biyoloji Bölümü Tez Yöneticisi: Prof. Dr. Semra Kocabıyık Aralık 1996, 71 sayfa Bu çalışmada, Monokloroasetat (MCA), tek karbon kaynağı olarak kullanarak, seçici zenginleştirme tekniği ile topraktan MCA parçalama özelliğine sahip 61 doğal Pseudomonas sp. susu isole edilmiştir. Bu suşlar, MCA'dan CI“ iyonlarını uzaklaştırma potansiyelleri dikkate alınarak, 3 grupta sınıflandırılmışlardır: zayıf parçalıyıcılar (CI”çıkışı 0-15 ppm arasında), orta dereceli parçalıyıcılar (CI“ çıkışı 16-30 ppm arasındakiler), ve güçlü parçalıyıcılar (CI”çıkışı 31-45 ppm arasındakiler). Suşların MCA yıkımından sorumlu genotipleri, gen prob yöntemi ile belirlenmiştir. Bu amaçladigoksigenin deoksiuridintrifosfat (Dig-dUTP) ile işaretlenmiş olan iki farklı gen prob (dehCI and dehCII)“Southern Blot”hibridizasyon yönteminde kullanılmışlardır. Sinyal veren blotların (toplam 24), büyük bir kısmı (18 tanesi) yalnız dehCI DNA probu ile hibridize olurken, 6 susun blotları yalnız dehCII probu ile hibridize olmuştur. Bu sonuçlar, DNA hibrizasyon yönteminin çok spesifik olduğunu ve topraktaki MCA parçalıyıcı Pseudomonas sp. suşlarının metabolik fonksiyonları ve/veya genotipleri açısından çeşitlilik gösterdiklerini ortaya koymaktadır. MCA - yıkımından sorumlu Pseudomonas genotiplerinin tanınması için DNA prob hibridizasyon yöntemine alternatif olarak Polimeraz Zincir Reaksiyonu (PCR) kullanılmıştır. On tane susun DNA'sından 1.5 kb büküklüğünde tek bir DNA fragman çoğaltılmış olup, 3 susun DNA'sından ise 0.564 ve 0.891 kb büyüklüğünde iki amplikon çoğaltılmıştır. Bir tane susun DNA'sından ise 0.3 kb'lik bir amplikon çoğaltılmıştır. MCA parçalıyabilen 47 susun PCR ile tanınması mümkün olmamıştır. Bu sonuçlar kullanılan dejenere primer setinin MCA - yıkım kapasitesine sahip farklı genotiplerin tanınmasında etkin olmadığını göstermiştir. MCA yıkımı ile ilgili dirençlilik markerler ve plazmit DNA'sı arasında bir bağlantı bulunamamıştır.
Benzer Tezler
- Detection of deletion mutations in duchenne muscular dystrophy patients by DNA analysis
Başlık çevirisi yok
ESRA İŞÇEN
- Detection of mutagens in filtrates of airborne particulates from Ankara by the salmonella/microsomes mutagenicity assay
Başlık çevirisi yok
REŞİDE YURTTAŞ
Yüksek Lisans
İngilizce
1990
BiyolojiOrta Doğu Teknik ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. HASAN BAĞCI
- Seyitömer bitümlü şist ve linyit örneklerinde ve piroliz kalıntılarındaki PAH'ların belirlenmesi
Detection of pah in pyrolysis residue and raw Seyitömer oil shale and lignite
DERYA DİLEK
- Bazı Türk ve yabancı kaynaklı sigaralarda PAH'ların tanımlanması
Detection of PAH in Turkish and foreign cigarettes
IŞIK ÇEPNİ
- Mandalarda çeşitli yöntemlerle kızgınlığın saptanması
Detection of heat in buffaloes by different methods
MELİH AKSOY
