Characterization of plasmids from multi drug resistant Salmonella infantis isolates
Çoklu ilaç dirençli Salmonella infantislerin plazmidlerinin karakterizasyonu
- Tez No: 507227
- Danışmanlar: DOÇ. DR. YEŞİM SOYER
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Gıda Mühendisliği, Food Engineering
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2018
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Gıda Mühendisliği Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Gıda kaynaklı Salmonella infeksiyonu insan sağlığı ve gıda ekonomisi için dünya çapındaki bir sorundur. Salmonella patojenitesi, patojenik organizmanın yapışma ve istilasına yardımcı olan virülansı içeren farklı faktörlere dayamaktadır. Antimikrobiyallere direnclilik, salmonellosis tedavi yöntemlerine karşı zorluk çıkartmaktadır. Plazmidler küçük, dairesel, konjugasyon yoluyla aktarılabilen, kendi kendine çoğalabilen DNA parçacıklarıdır ve Salmonella türlerindeki ilaç dirençliliğiyle ilişkilendirilmektedirler. Plazmidler uyuşmazlık (Inc) gruplarına göre sınıflandırılmaktadırlar çünkü aynı Inc grubuna ait iki plasmid hücre bölünmesi sırasında bir bakteri hücresinde bulunamazlar. Bu çalışma Salmonella Infantis plazmidlerindeki ilaç dirençliliğinden sorumlu genlerin belirlenmesi ve karakterize edilmesini amaçlamaktadır. Bu amaçla 70 coklu ilaç direncliliğe sahip Salmonella Infantis izolatı plasmid varlığı tepiti için incelenmiştr. Çoklu ilaç dirençliliğine sahip 70 Salmonella Infantis içinden 8 tanesinde boyutları 40 ile 47 arasında değişen 8 adet plasmid gözlenmiş, plasmid karakterizasyonu için, antimiktobiyel dirençlilik geni taraması, plasmid Multi Lokus Sekans Tiplendirme ve tüm genom sekanslamaları yapılmıştır. Plazmidlerdeki yüksek miktarda antimikrobiyal direnç genleri, konjügasyonun, izolatlar arasında antimikrobiyal direncin ana yolunun olabileceğini belirginleştirmiştir. Multi lokus sekans tiplendirme (pMLST) repI, ardA, trbA, sogS, pilL, smr0018, smr0199, FII, FIA, FIB, FIC, repN, traJ, korA genlerini içermektedir. 14 pMLST geni arasından çalışmamızda varlığı tespit edilen 8 plazmid izolatında IncII grubuna ait sadece 3 farklı gen (ardA, pilL, sogS) bulundu. Laboratuvar sonuçlarımızı doğrulamak için tespit edilen 5 plazmid izolatı tüm genom analiziyle diziletilmiştir. İlginç bir şekilde, 5 plazmid izolatında tüm genom dizilemesi sonucu, 131 kb gibi büyük plazmidlerin varlığı gözlemlenmiştir. Bu karşıtlık düşük kopya sayısından ötürü daha büyük plazmidlerin izole edilmesinin zorluklarından kaynaklandığı tahmin edilmektedir. Bu çalışmanın sonuçları, Salmonella izolatları ile çoklu ilaç direnci kazanmanın moleküler yollarının yanı sıra, kanatlı örneklerinde bulunan en yaygın serotipin (Salmonella Infantis) plasmid moleküler dağılımının daha iyi anlaşılmasını sağlayacaktır. Büyük pencereden bakıldığında bu çalışma insanlardaki salmonellosis infeksiyonlarını kontrol etme ve tedavi yöntemlerinde kullanılabilecek detaylı bir bilgi sağlayacaktır.
Özet (Çeviri)
Foodborne Salmonella infection is a worldwide challenge to human health and food economy. Salmonella pathogenicity depends on different factors involved in virulence that help the pathogenic organism in adhesion and invasion mechanisms. Resistance to antimicrobials is a challenge for treatment strategies of salmonellosis. Plasmids, small, circular, self-replicating DNA elements, often capable of transfer via conjugation, are frequently associated with drug resistance by Salmonella strains. Plasmids are classified by incompatibility (Inc) groups, which are named as such, because two members of the same Inc group cannot be stably maintained in a bacterium during cell division. Current study aims to identify and characterize genes responsible for drug resistance associated with Salmonella plasmids. For this purpose, plasmid purification was performed to 70 multidrug resistant (MDR) Salmonella Infantis isolates collection. Eight plasmid presences were observed with the size between 40-47 kb in 8 isolate out of 70 MDR Salmonella Infantis. To characterize plasmids, antimicrobial resistance gene screening, Multi Locus Sequence Typing (pMLST), and whole genome sequencing were performed. High number of antimicrobial resistance genes in the plasmids showed that the conjugation might be the major way of transmission of antimicrobial resistance among the isolates. pMLST scheme included repI, ardA, trbA, sogS, pilL, smr0018, smr0199, FII, FIA, FIB, FIC, repN, traJ, korA genes. Among 14 pMLST genes, only 3 different genes (ardA, pill, sogS) belonging to the InclI group, were found in 8 plasmids. To confirm wet lab results, 5 representative plasmids were whole genome sequenced. Interestingly, the result of whole genome sequencing of 5 plasmid isolates showed the evidence of bigger plasmids, such as 131 kb. This conflict might be due to the difficulties of isolating larger plasmids with low copy numbers. The results of this study provides a better understanding of molecular distribution of plasmids in the recently emerged serotype, Infantis, found in poultry samples, as well as how molecular paths of gaining multidrug resistance by Salmonella isolates. In a big picture this study provides a detailed information that can be used in human salmonellosis infection control and therapeutic strategies.
Benzer Tezler
- Effect of membrane fluidity on binding of 125I-Insulin to sheep liver membrane receptors
Başlık çevirisi yok
HÜSEYİN AVNİ ÖKTEM
- Growth and characterization of thermol SİO2 thin films
Başlık çevirisi yok
MERAL ÇELİK
Yüksek Lisans
İngilizce
1987
Fizik ve Fizik MühendisliğiOrta Doğu Teknik ÜniversitesiDOÇ. DR. BAYRAM KATIRCIOĞLU
- A Study on compost production possibilities from solid waste of the city of Bursa
Başlık çevirisi yok
RİFAT GÖKSU
Yüksek Lisans
İngilizce
1987
Çevre MühendisliğiOrta Doğu Teknik ÜniversitesiÇevre Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. SELÇUK SOYUPAK
- Ankara koşullarında yetiştirilen yabancı kökenli bazı üzüm çeşitlerinin ampelografik özelliklerinin belirlenmesi üzerinde araştırmalar
Description of the ampelographic characters of some introduced grape varieties grown in Ankara conditions
İBRAHİM DEMİR
