Hücre soylarını oluşturmada kullanılan plazmid profilinin belirlenmesi
Determination of plasmid profile used in cell line immortalization
- Tez No: 336789
- Danışmanlar: DOÇ. DR. DURAN ÜSTEK
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Genetik, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Plazmid DNA, immortalizasyon, yeni nesil dizileme, integrasyon, hücre soyu, DNA, Genotip, Hücreler, Plazmitler, Plasmid DNA, immortalization, next generation sequencing, integration, cell line, DNA, Genotype, Cells, Plasmids
- Yıl: 2012
- Dil: Türkçe
- Üniversite: İstanbul Üniversitesi
- Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Arıkan, M. Hücre Soylarını Oluşturmada Kullanılan Plazmid Profilinin Belirlenmesi.İstanbul Üniversitesi Sağlık Bilimleri Enstitüsü, Genetik ABD. Yüksek Lisans Tezi.İstanbul. 2012.Amaç. Kontrollü deneysel modellerin oluşturulmasında hücre soyları in vitro çalışmalariçin önemli materyallerdir. Spesifik genotipik özelliklere sahip hücre soylarınınoluşturulması için kullanılan en yaygın yol DNA virüsleri veya antijenleridir.İmmortalizasyon işleminde kullanılan vektör DNA dizileri, genomik DNA'ya entegreolur. Bu çalışmada, söz konusu vektörlere ait DNA parçalarının binlerce pasaj sonrasıdurumları, K562 ve 293T hücre soylarında sorgulanmıştır.Yöntem. K562 ve 293T hücre soylarındaki entegre plazmid DNA dizileri, pLVTHMlentiviral vektörüne özgü örtüşen problar ile hedefli dizi yakalama yöntemi (sequencecapture array) kullanılarak genomik DNA'dan ayrılmıştır. Daha sonra, alınan DNAparçaları yeni nesil dizileme teknolojisi kullanılarak dizilenmiştir. Dizileme sonuçlarıbiyoinformatik metotlarla analiz edilmiştir.Bulgular. Dizileme sonucu immortalizasyonda kullanılan DNA vektör dizileri ileeşleşen 22980 DNA dizisi elde edilmiştir. Bu dizilerin iki hücre soyunda benzer şekildeneomisin direnç geni, SV40 T antijeni gibi temel DNA vektör bileşenleri ile eşleştiğitespit edilmiştir. Ayrıca, SV-40'ın iki hücre soyunda da 3p24.3 kromozomalbölgesindeki TBC1D5 genine entegre olduğu belirlenmiştir.Sonuç. K562 ve 293T hücre soyları için immortalizasyonda kullanılan vektör dizileribelirlenmiş ve SV-40 T antijenin bu hücrelerdeki integrasyon bölgesi tespit edilmiştir.Farklı hücre soylarında standart plazmidlerin kullanıldığı ve SV40 plasmidlerinin aynıbölgede istikrarlı hale geldiği tespit edilmiştir. Bu durumda plazmidlerin, genomaintegrasyon tercihinin konak hücrenin karakteristik özellikleri ve genomun topografikyapısı da rol alabilir.
Özet (Çeviri)
Arıkan, M. Determination of plasmid profile used in cell line immortalization. IstanbulUniversity, Institute of Health Science, Genetics Department. MSc. Thesis. Istanbul.2006.Aim. One of the ways to create cell lines is infecting the cells with DNA tumor viruses.The DNA vector sequences that used for immortalization process are found to beintegrated in genomic DNA. At this study, the conditions of these DNA segments afterthousands of passages in K562 and 293T cell lines were investigated.Methods. The integrated plasmid DNA sequences in K562 and 293T cell lines werecaptured with overlapping probes covering pLVTHM lentiviral vector sequence usingsequence capture array. Then, the captured fragments were sequenced using nextgeneration sequencing technology and results were analyzed with bioinformaticmethods.Results. In the K562 and 293T cells, 22980 fragments matching viral DNA sequencesused for immortalization of the cell line were obtained. It has been determined that thesesequences similarly match with basic DNA vector elements, such as Neomycinresistance gene and SV40 Large T Antigen, in both two cell lines. Also, SV-40 wasfound to be integrated in TBC1D5 gene which is located at 3p24.3 chromosomal regionin both cell lines.Conclusions. Here, the profile of the vectors used in immortalization of the K562 and293T cell lines and the integration site of the SV-40 at these cell lines were determined.It was found that certain plasmids are used for immortalization of different cell linesand SV40 has stabilized in the same genomic site. It can be said that genomicintegration preferences of the plasmids depend on not only cell characteristics but alsogenomic structure of the host cells.
Benzer Tezler
- Sisplatin dirençli calu1 ve H030 küçük hücreli dışı akciğer kanseri hücre serilerinde thapsigarginin er stresine ve sisplatin direncine etkisi
Effect of Thapsigargin on ER stress and cisplatin resistance in cisplatin-resistant Calu1 and H2030 non-small cell lung cancer cell lines
SEMAHAT ÇELİKTEN
- Genetic profile of metronidazole and nalidixic acid in its human users by two different sensitive assays
Başlık çevirisi yok
GAZALLA MOHAMED BİN HOSİN
- A high-order finite-volume solver for supersonic flows
Ses üstü akışlar için yüksek mertebe bir sonlu hacim çözücüsü
GREGORIO GERARDO SPINELLI
Doktora
İngilizce
2022
Havacılık ve Uzay Mühendisliğiİstanbul Teknik ÜniversitesiUçak ve Uzay Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. BAYRAM ÇELİK
- Multi-Task U-Net Surrogate for Aerodynamic and Aeroacoustic Source Field Prediction of Airfoils
Kanat Profillerinin Aerodinamik ve Aeroakustik Kaynak Alanı Tahmini için Çoklu Görev U-Net Vekil Modeli
YUSUF AKTAŞ
Yüksek Lisans
İngilizce
2026
Uçak Mühendisliğiİstanbul Teknik ÜniversitesiUçak ve Uzay Mühendisliği Ana Bilim Dalı (disiplinlerarası)
DOÇ. DR. BAHA ZAFER
- Bağırsak hasar modellerinde kemik iliği mezenkimal kök hücre ve bağırsak mezenkimal kök hücrelerin rejeneratif ve immün modülatuvar etkilerinin karşılaştırılması
Comparison of regenerative and immune modulatory effecets of bone marrow and intestinal mesenchymal stem cells i intestinal damage models
BURCU PERVİN
Doktora
İngilizce
2025
BiyolojiHacettepe ÜniversitesiKök Hücre Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. FATİMA AERTS KAYA
