The development of molecular genetic tools for detection of Salmonella pathogen
Salmonella patojeninin belirlenmesi için moleküler genetik metotların geliştirilmesi
- Tez No: 313693
- Danışmanlar: PROF. DR. G. CANDAN GÜRAKAN, DOÇ. DR. DURAN ÜSTEK
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Biyoteknoloji, Biotechnology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2012
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Geleneksel mikrobiyolojik metotlar Salmonella belirleniminde standart olarak kabul edilmesine rağmen emek yoğun ve zaman alıcıdır. Bu yüzden, gıda endüstrisi ve halk sağlığı için hassas ve hızlı metotların bulunmasına ihtiyaç vardır. Hızlı ve güvenilir bir cihaz olarak Real-Time PCR, moleküler belirleme ve araştırma alanlarında en yaygın kullanılan metotlardan biridir. Bu çalışmanın amacı ilk kez ucuz, üretimi kolay, kullanışlı ve standardize plazmid pozitif kontrole dayalı Real-Time PCR tekniğini kullanarak hızlı, hassas ve kantitatif Salmonella belirleme metodu geliştirmektir. Bunu başarmak için, en fazla kullanılan Salmonella spesifik hedef bölgeleri `invA ve ttrRSBC' plazmidlere klonlanarak referans molekülleri olarak iki plazmid dizayn edildi. Plazmidler için standart eğriler oluşturuldu ve tekrarlanabilirlik, PCR verimlilik, amplifikasyon verimlilik değerleri hesaplandı. Geliştirilen metodun uygulanabilirliğini göstermek için, 105-100 seviyesinde (standart petri sayımı ile zenginleştirme öncesinde yaklaşık olarak belirlendi) S. Typhimurium ATCC 14028 kültürleri tespit edilmeye ve konsantrasyonları belirlenmeye çalışıldı, ayrıca geleneksel kültür metoduyla kıyaslandı. Buna ek olarak, 105 kob/ml seviyesinden izole edilen DNA'nın seri dilüsyonu ile geliştirilen tekniğin tespit sınırı belirlendi. Sonuçlar, hem invA hemde ttrRSBC hedefleri için, plazmid temelli Salmonella belirleme metodunun mükemmel tekrarlanabilirliği, hassasiyeti (invA hedefi için düşük konsantrasyonlar hariç), tespit sınırı, PCR ve amplifikasyon verimliliği ile kantitatif değerlendirmeye imkân veren çok daha hızlı belirleme kabiliyetini (ISO 6579:2004 geleneksel kültür metoduna kıyasla) ortaya koymuştur. S. Typhimurium ATCC 14028 kültürleri ile geliştirilen metodun belirleme ve kantitatif yeterliliği ayrıca 15 farklı Salmonella türü ile temsili bir gıda olarak süt kullanılarak test edilmiştir. Bu sonuçlar da geliştirilen metodun çok daha hızlı (ISO 6579:2004 geleneksel kültür metoduna kıyasla) ve kantitatif belirleme kabiliyetini göstermiştir. Dolayısıyla, geliştirilen metot, hızlı ve kantitatif Salmonella belirlenimi için gıda endüstrisinde büyük bir kullanım potansiyeline sahiptir.
Özet (Çeviri)
Although traditional microbiological methods are accepted standard for Salmonella detection, they are labor intensive and time consuming. Therefore, for food industry and public health, finding sensitive and rapid methods is required. As a rapid and reliable tool, Real-Time PCR is one of the most common methods in molecular detection and research area. The aim of the current study is to develop rapid, sensitive and quantitative Salmonella detection method using Real-Time PCR technique based on inexpensive, easy to produce, convenient and standardized plasmid based positive control for the first time. To achieve this, two plasmids were constructed as reference molecules by cloning two most commonly used Salmonella specific target regions `invA and ttrRSBC? into them. Standard curves were constructed for the plasmids and reproducibility, PCR efficiency, amplification efficiency values were calculated. To illustrate the applicability of the developed method, enriched (as used commonly for Salmonella detection with Real-Time PCR) 105 to 100 CFU/ml level (estimated by standard plate counts before enrichment) S. Typhimurium ATCC 14028 cultures were tried to detect and quantify, also compared with traditional culture method. In addition, detection limits of the developed technique were determined by serial dilution of DNA extracted from 105 CFU/ml level. The results revealed much faster detection ability of the developed plasmid based Salmonella detection method (in comparison to traditional culture method, ISO 6579:2004) allowing quantitative evaluation with perfect reproducibility, sensitivity (except for lower concentrations for invA target), detection limit, PCR efficiency, amplification efficiency for both invA and ttrRSBC targets. The detection and quantification ability of the method developed by using S. Typhimurium ATCC 14028 cultures were tested also with 15 Salmonella species using milk as a representative food. The results also revealed much faster (in comparison to traditional culture method, ISO 6579:2004) quantitative detection ability of the developed method. Thus, the developed method has great potential to be used in food industry for rapid and quantitative Salmonella detection.
Benzer Tezler
- Molecular characterization of tomato spotted wilt virus (Orthotospovirus tomatomaculae) and development of resistant tomato (Solanum lycopersicum L.) lines using RNAi technology
Domates lekeli solgunluk virüsü (Orthotospovirus tomatomaculae)'nün moleküler karakterizasyonu ve RNAi teknolojisi aracılığıyla dayanıklı domates (Solanum lycopersicum L.) hatlarının geliştirilmesi
QURAT UL AIN SAJID
Doktora
İngilizce
2024
ZiraatNiğde Ömer Halisdemir ÜniversitesiBitkisel Üretim ve Teknolojileri Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. EMİNUR ELÇİ
- Tek nükleotit polimorfizm temelli dizinleme (SNP Array) yöntemiyle değerlendirilen klinik örneklerin heterozigotluk kaybı olan bölgelerinin retrospektif olarak değerlendirilmesi
Retrospective evaluation of regions with loss of heterozygosity in clinical samples evaluated by the single nucleotide polymorphism array (SNP Array)
MERT POLAT
- Development of a recombinase polymerase amplification-based point-of-care detection system for mpox
Mpox için rekombinaz polimeraz amplifikasyonuna dayalı bakım-noktası tespit sisteminin geliştirilmesi
MEHMET CEM GÜNDÜZ
Yüksek Lisans
İngilizce
2025
BiyomühendislikKoç ÜniversitesiBiyomedikal Mühendisliği Ana Bilim Dalı (disiplinlerarası)
DOÇ. DR. SAVAŞ TAŞOĞLU
DOÇ. DR. SEVDE ALTUNTAŞ
- Over kanseri tespiti için dolaşımdaki tümör DNA'sı ile metilasyon panelinin geliştirilmesi
Development of methylation panel with circulating tumor DNA for ovarian cancer detection
TUĞÇE ŞENTÜRK KIRMIZITAŞ
Doktora
Türkçe
2024
Onkolojiİstanbul ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. TUBA GÜNEL
- Imidazolinon grubu herbisitlere tolerant olabilecek nohut (Cicer arietinum L.) hatlarının moleküler markörler ile tespiti ve karakterizasyonu
Detection and characterization of tolerant chickpea (Cicer arietinum L.) lines to imidazolinone herbicides with molecular markers
ENDER ŞAHİN ÇOLAK