Development of a recombinase polymerase amplification-based point-of-care detection system for mpox
Mpox için rekombinaz polimeraz amplifikasyonuna dayalı bakım-noktası tespit sisteminin geliştirilmesi
- Tez No: 1004342
- Danışmanlar: DOÇ. DR. SAVAŞ TAŞOĞLU, DOÇ. DR. SEVDE ALTUNTAŞ
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyomühendislik, Biyoteknoloji, Bioengineering, Biotechnology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2025
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Koç Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyomedikal Mühendisliği Ana Bilim Dalı (disiplinlerarası)
- Bilim Dalı: Biyomedikal Bilimler ve Mühendislik Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Mpox virüsü (MPXV), Poxviridae familyasının Orthopoxvirus cinsinden bir zoonotik virüstür ve Mpox hastalığının etken ajanıdır. 2025 yılının başından bu yana, bu hastalık toplam 24.672 doğrulanmış vaka ve 82 ölümden sorumludur ve 75 ülkede görülmektedir. MPXV, büyük bir pandemi riski taşıyan bir virüs olarak kabul edilmektedir ve Dünya Sağlık Örgütü (WHO) tarafından Uluslararası Önemi Haiz Sağlık Acil Durumu (PHEIC) olarak tanımlanmıştır. Salgın bölgelerinin etkili bir şekilde yerel olarak izlenmesi ve gözetimi, patojeni hızlı ve doğru bir şekilde tespit edebilen taşınabilir tanı araçları gerektirir. Eşzamanlı enfeksiyon eğilimi ve bireyler arasında semptomların yüksek varyansı, hastalığın temel yüzeysel muayenelerle teşhis edilmesini zorlaştırmaktadır. Bu nedenle, moleküler tanı araçları geleneksel tanı yöntemlerine karşı popüler ve doğru bir alternatif sunmaktadır. PCR, moleküler tespit alanında altın standart olarak öne çıkmaktadır. Ancak, PCR testi yapmak için gerekli bileşenler ve çevresel koşullar, özel laboratuvar ekipmanlarının ve steril bir çalışma ortamının varlığını gerektirmektedir. RPA, bakım noktası (PoC) uygulamalarında popüler olan alternatif bir moleküler amplifikasyon ve tespit aracıdır. PCR'ye benzer şekilde, RPA sadece iki primer kullanır, benzer numunelerle çalışır ve karşılaştırılabilir hassasiyet ve özgüllüğe sahiptir.Buna paralel olarak, 2,92167 x 10^4 kopya düzeyinde hedef genetik materyali tespit edebilen RPA tabanlı bir moleküler tespit sistemi sunulmaktadır. Sistem, reaksiyonu çalıştırabilen ve akıllı telefon kamerası kullanarak sinyal tespiti için gerekli tüm bileşenleri sağlayan taşınabilir bir PoC cihazına entegre edilmiştir.Platform, Mpox için hızlı, taşınabilir ve erişilebilir bir tanı çözümü sunarak, kaynakların sınırlı olduğu ortamlarda salgın gözetiminin iyileştirilmesini ve zamanında klinik kararların alınmasını desteklemektedir.
Özet (Çeviri)
Mpox virus (MPXV) is a zoonotic virus from the genus Orthopoxvirus of the Poxviridae family and is the causative agent of Mpox disease. Since the beginning of 2025, the disease was responsible for a total of 24,672 confirmed cases and 82 fatalities and is present in 75 countries. MPXV is regarded as a virus with major pandemic risk and has been designated by the World Health Organization (WHO) as a Health Emergency of International Concern (PHEIC). Effective local monitoring and surveillance of epidemic sites require portable diagnostic tools capable of rapid and accurate detection of the pathogen. The tendency of co-infection, as well as the high variance in symptoms between individuals, makes the disease hard to diagnose by basic superficial examinations. For this reason, molecular diagnostic tools present a popular and accurate alternative to traditional diagnostic methods. PCR stands out as the gold standard in molecular detection. However, the components and the environmental conditions needed to conduct a PCR test necessitate the presence of specialized lab equipment and a sterile working environment. RPA is an alternative molecular amplification and detection tool that is popular within point-of-care (PoC) applications. Similar to PCR, RPA uses only two primers, works with similar samples, and has comparable sensitivity and specificity. In line with this, we present an RPA-based molecular detection system, capable of detecting target genetic material at 2.92167 x 104 copies. The system was integrated into a portable, PoC device capable of running the reaction and providing all necessary components for signal detection using a smartphone camera. Together, the platform provides a rapid, portable, and accessible diagnostic solution for Mpox, supporting improved outbreak surveillance and timely clinical decision-making in resource-limited settings.
Benzer Tezler
- Droplet Microfluidics for DNA-Based Assays
DNA Bazlı Tahliller için Damlacık Mikroakışkanları
YUNUS ASLAN
Doktora
İngilizce
2024
BiyomühendislikThe Unıversıty Of GlasgowBiyomedikal Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. JONATHAN COOPER
- Reaksiyon mühendisliği prensipleriyle rekombinant insan büyüme hormonu üretimi biyoproses geliştirilmesi
Bioprocess development for recombinant human growth hormone production by reaction engineering principles
BİRGÜL ŞENTÜRK
Yüksek Lisans
Türkçe
2006
Kimya MühendisliğiAnkara ÜniversitesiKimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. TUNÇER ÖZDAMAR
- Theileria annulata'nın tanısında serolojik (indirekt ELISA) ve moleküler (PZR, çoklu PZR ve lamp) yöntemlerin geliştirilmesi
Development of serological (indirect ELISA) and molecular (PCR, multiplex PCR and LAMP) techniques for the detection of Theileria annulata
HÜSEYİN BİLGİN BİLGİÇ
Doktora
Türkçe
2010
ParazitolojiAdnan Menderes ÜniversitesiParazitoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. TÜLİN KARAGENÇ
- Dışkı örneklerinden izole edilen Cryptosporidium RNA'sının tespiti için hızlı tanı testinin geliştirilmesi
Development of rapid diagnostic test to detect cryptosporidium rna isolated from stool samples
AYGÜL SADİQOVA
- Enfeksiyon tanısında cihaz bağımsız amplifikasyon yöntemi geliştirme ve değerlendirilmesi
Development and evaluation of a device-independent amplification method for infection diagnosis
HASAN SAĞCAN
Doktora
Türkçe
2024
Mikrobiyolojiİstanbul Medipol ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. AHMET ZEKİ ŞENGİL