Amino asit ve peptidlerin oksiradikallerle tepkimeleri sonucu oluşan amino asit ve peptid radikallerinin yapılarının hesapsal yöntemlerle incelenmesi
Investigation of reactions of amino acid and peptide radicals with oxyradicals by computational methods
- Tez No: 304833
- Danışmanlar: DOÇ. DR. CENK SELÇUKİ
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoteknoloji, Biotechnology
- Anahtar Kelimeler: Alanin, Glisin, OH radikali, Molekül Modelleme, Yoğunluk Fonksiyoneli Teorisi, Alanine, Glycine, OH Radical, Molecular Modeling, Density Functional Theory
- Yıl: 2011
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Ege Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Bu tezde enzim ve proteinleri oluşturan amino asitlerin OH radikali ile girebilecekleri tepkimelerin ve elde edilen sonuçların klasik mekanik ve kuantum mekanik yöntemlerle incelenmesi amaçlanmıştır. Bunun için a) eklenme tepkimeleri ve b) koparma tepkimeleri olmak üzere iki ana tepkime türü incelenmiştir.İncelenecek amino asitler olarak Glisin ve Alanin seçilmiştir. Konformasyonel analiz ve tüm moleküller için geometri optimizasyonları ile frekans analizi yapılmıştır. Yoğunluk Fonksiyoneli Teorisi (Density Functional Theory, DFT) kullanılarak B3LYP/6-31++G** seviyesinde hesapsal sonuçlar elde edilmiş ve çalışmadaki her amino asidin tüm konformasyonları için reaksiyon mekanizmaları belirlenmiştir.
Özet (Çeviri)
This thesis aims to investigate the reactions of amino acids that build up enzymes and proteins with OH radical by using reactions for classical mechanical and quantum mechanical methods. Therefore, OH addition to C? and H abstraction reactions have been chosen as model systems.Glycine and Alanine have been chosen. Conformational analysis has been carried out for glycine and alanine. Afterwards, the geometries of all conformations have been fully optimized and frequency analysis has been carried out for characterizing stationery points at B3LYP level of theory implementing the 6-31++G** basis set by using Gaussian09 series of programs. Reaction mechanisms of both amino acids have been determined for all conformations.
Benzer Tezler
- Fırat nehrinde yaşayan Arabibarbus grypus (Heckel, 1843) ve Cyprinus carpio (Linnaeus,1758) türünde amino asit profilinin araştırılması
Investigation of the aminoacide profile in Arabibarbus grypus (Heckel, 1843) and Cyprinus carpio (Linnaues, 1758) living in the Firat river
ABDÜLKADİR PALALI
Yüksek Lisans
Türkçe
2019
Su ÜrünleriHarran ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ARİF PARMAKSIZ
DOÇ. DR. İSMAİL KOYUNCU
- Geleneksel Urfa peynirinde yer alan laktik asit bakterilerinin izolasyonu, moleküler karakterizasyonu ve starter kültür olarak kullanım olanakları
Isolation, molecular charaterization of lactic acid bacteria in traditional Urfa cheese and possible use as a starter culture
HÜSEYİN AVNİ KIRMACI
Doktora
Türkçe
2010
Gıda MühendisliğiHarran ÜniversitesiGıda Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. H. BARBAROS ÖZER
- Encapsulation and release of amino acids in double emulsions
Amino asitlerin çoklu emülsiyonlarda enkapsülasyonu ve salımı
ESRA KOCAMAN
Doktora
İngilizce
2021
Gıda Mühendisliğiİstanbul Teknik ÜniversitesiGıda Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ASLI CAN KARAÇA
PROF. DR. PAUL VAN DER MEEREN
- Hedeflendirilmiş ve antibakteriyel nanosistemlerin üretimi ve biyolojik aktivitesinin değerlendirilmesi
Production of targeted and antibacterial nanosystems and evaluation of their biological activity
İREM ÇOKSU
Yüksek Lisans
Türkçe
2022
BiyomühendislikYıldız Teknik ÜniversitesiBiyomühendislik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. SERAP DERMAN
- Fetal sığır serum asetilkolinesterazının tetramerik yapısını organize eden poliprolin peptidlerin kütle spektrometre ile analizi
Determination of polyproline tetramer organizing peptides in fetal bovine serum acetylcholinesterase by mass spectrometry
KEVSER BİBEROĞLU
Doktora
Türkçe
2014
BiyokimyaHacettepe ÜniversitesiBiyokimya Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ÖZDEN TACAL
PROF. DR. Oksana Lockridge