Genetic differentiation of liquidambar Orientalis mill. varieties with respect to matK region of chloroplast genome
Kloroplast genomundaki matK gen bölgesine göre liquidambar Orientalis mill. varyetelerinin genetik farklılaşması
- Tez No: 201734
- Danışmanlar: PROF. DR. ZEKİ KAYA
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Botanik, Genetik, Biology, Botany, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Liquidambar orientalis, matK gene, cpDNA, Liquidambar orientalis, matK gene, cpDNA
- Yıl: 2007
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Dünya üzerinde 4 ana türle temsil edilen Liquidambar L. cinsinin bir türü de güneybatı anadoluda özellikle Muğla ili dolaylarında doğal olarak yayılıs gösteren Türk sığlası yada Anadolu sığlası (Liquidambar orientalis Mill.)'dır. Türk sığlası Türkiye için relikt-endemik bir türdür. ?ki varyetesiyle bilinen türün sınırlı bir bölgede yayılıs göstermesi (var. integriloba Fiori and var. orientalis) gen kaynaklarına olan tehditleri arttırmaktadır. Bu da türün genetik çesitliliğinin çalısılmasıyla iyi bir koruma stratejisinin gelistirilmesinin ve gen kaynaklarının idaresinin önemini ortaya koymaktadır. Bu nedenle, türün 18 farklı toplumu örneklendi ve kloroplast DNA (cpDNA)' sında bulunan matK bölgesinin dizi analizi yapılarak türün bu bölge için genetik yapılasması belirlendi. Türk sığla toplumlarının matK DNA dizi verileri iki asamada değerlendirildi: varyeteler seviyesi ve coğrafik bölgeler seviyesi. Ayrıca, matK gen bölgesi iki kısımda incelenerek hangi kısmın daha fazla çesitlilik gösterdiği belirlendi. Tüm veri setleri MEGA 3.1 ve Arlequin 2.000 bilgisayar programlarıyla değerlendirildi. vii Moleküler çesitlilik analizi, Fethiye-Günlükbası bölgesinde bulunan toplumun fazla miktarda polimorfik bölgeye sahip olduğunu göstermektedir. Bu toplum aynı zamanda genetik açıdan diğer toplumlardan en farklı olan toplumdur (ortalama genetik mesafe 0.0038). Çalısılan tüm varyeteler arasında, aynı zamanda Fethiye- Günlükbası toplumunu da içine alan varyete integriloba, varyete içi ortalama genetik mesafe olarak en yüksek değere sahiptir (0.0016). Coğrafik bölgeler arasında, Fethiye-Köyceğiz-Aydın bölgesini içeren Muğla-1, Fethiye-Günlükbası toplumunda olduğu gibi 0.0015 değeriyle en yüksek coğrafik bölge içi ortalama genetik mesafe değerini göstermektedir. Moleküler varyans sonuçlarına göre, varyeteler ve coğrafik bölgeler arasında önemli bir farklılık olmadığı, fakat Türk sığlası toplumları içinde yüksek oranda varyasyon bulunduğu saptanmıstır (~86%). Varyeteler arasındaki Fst değerlerine göre en yüksek genetik farklılasmanın varyete integriloba ile bilinmeyen grup arasında olduğu belirlendi. Ayrıca, bu çalısmada elde edilen sonuçlar, Türk sığla toplumlarının (L. orientalis) genetik olarak Amerika'daki akrabasına (L. styraciflua), Çin'deki akrabalarına (L. acalycina H.T Chang and L. formosana Hance) oranla daha yakın olduğunu göstermektedir. Yapılan tüm analiz sonuçlarına göre, 10 Türk sığlası toplumu, koruma kapsamına alınması bakımından önemli bulunmustur. Ayrıca, çalısılan 10 toplumdan 6'sının varyete integriloba'ya ait olduğu ve bu 10 toplumun 8'inin Muğla bölgesinde bulunduğu saptanmıstır. Özellikle, Fethiye-Günlükbası, Marmaris-Çetibeli ve Muğla-Kıyra toplumları gelecekte, insitu, exsitu veya her iki koruma programı kapsamında dikkate alınması gerekmektedir.
Özet (Çeviri)
Liquidambar L. genus is represented with mainly 4 species in the world and one of these species, Turkish sweet gum (Liquidambar orientalis Mill.) which is a relictendemic species is naturally found in only southwestern Turkey, mainly in Muğla Province. The limited distribution of species with two disputed varieties (var. integriloba Fiori and var. orientalis) and increased anthropogenic threats to its genetic resources signify the importance of studying genetic diversity in the species to have better conservation and management programs. For this purpose, 18 different populations were sampled throughout the species range and matK region of chloroplast DNA (cpDNA) was sequenced to assess the genetic structure of the species. Turkish Liquidambar orientalis populations were evaluated at two categories: variety level and geographic level. Also, two sectors of matK region were examined to assess which part of the region was more variable. All molecular analysis was conducted in this study by using MEGA version 3.1 and Arlequin 2.000 softwares. v Moleculer diversity analysis indicated that the population located in Fethiye- Günlükbası district has the highest number of polymorphic sites. This population is also genetically the most distant from the others (average genetic distance 0.0038). Among the studied varieties, the average genetic distance within var. integriloba (0.0016) which also includes population Fethiye-Günlükbası was the greatest. Among the geographic regions, Muğla-1 including Fethiye-Köyceğiz-Aydın district as well as population Fethiye-Günlükbası showed the highest average genetic distances within the region with a value of 0.0015. According to the molecular variance results, among varieties and among geographic regions, there was no significant differentiation, but great amount of total variation was found (~86%) within Turkish sweet gum populations. With respect to the Fst values among varieties, the highest genetic differentiation was observed between var. orientalis and unknown group (0.040). Furthermore, based on the results of phylogenetic analysis, Turkish populations of L. orientalis have genetically closer to USA relative (L. styraciflua L.) than Chinese relatives (L. acalycina H.T Chang and L. formosana Hance). In conclusion, 10 Turkish sweet gum populations were found to be important for conservation issues. Furthermore, eight of these located in Muğla province and sixth of them belong to var. integriloba. Especially Fethiye-Günlükbası, MarmarisÇetibeli and Muğla-Kıyra populations should be included in either insitu or exsitu or in both conservation programs in the future.
Benzer Tezler
- Genetic identity of Anatolian Sheepherd Dog (ASD) population using microsatellites
Anadolu Çoban Köpeği popülasyonunun genetik özgünlüğünün mikrosatellitlerle araştırılması
EVREN KOBAN
Yüksek Lisans
İngilizce
2001
BiyolojiOrta Doğu Teknik ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. İNCİ TOGAN
- Genetic structure analysis of honeybee populations based on microsatellites
Balarısı toplumlarının genetik yapılarının mikrosatelitler kullanılarak incelenmesi
ÇAĞRI BODUR
Doktora
İngilizce
2005
BiyolojiOrta Doğu Teknik ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF.DR. AYKUT KENCE
- Seasonality of zooplankton in the Southern Black Sea and genetics of Calanus euxinus (Copepoda)
Güney Karadeniz'de zooplanktonunun mevsimselliği ve Kopepot Calanus euxinus'un genetiği
EBRU ÜNAL
Yüksek Lisans
İngilizce
2002
Su ÜrünleriOrta Doğu Teknik ÜniversitesiSu Ürünleri Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. AHMET KIDEYŞ
- The Pattern of genetic variation of pinus brutia ten populations from southern Turkey determined by nuclear SSR markers
Nükleer SSR genetik belirteçleriyle Türkiye'nin güneyindeki, pinus brutia ten populasyonlarında genetik çeşitliliğin belirlenmesi
ELHAN S. ERSÖZ ÖZEL
Yüksek Lisans
İngilizce
2001
BiyolojiOrta Doğu Teknik ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ZEKİ KAYA
DOÇ. DR. SERTAÇ ÖNDE
- Denizli ve Gerze tavuk populasyonlarındaki genetik çeşitliliğin bazı mikrosatelit markörler kullanılarak belirlenmesi
Determination of genetic variation by using some microsatellite markers in Denizli and Gerze poultry populations
MUHAMMET KAYA
