Genetic identity of Anatolian Sheepherd Dog (ASD) population using microsatellites
Anadolu Çoban Köpeği popülasyonunun genetik özgünlüğünün mikrosatellitlerle araştırılması
- Tez No: 116233
- Danışmanlar: PROF. DR. İNCİ TOGAN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Biology
- Anahtar Kelimeler: Anadolu çoban köpeği, sokak köpeği, köpek, mikrosatelit, genetik farklılık vııı, Genetik yapı, Köpekler, Mikrosatelitler, Anatolian Shepherd Dog, feral dog, canine, microsatellite, genetic differentiation, Genetic structure, Dogs, Microsatellites
- Yıl: 2001
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
öz ANADOLU ÇOBAN KÖPEĞİ POPÜLAS YÖNÜNÜN' GENETİK ÖZGÜNLÜĞÜNÜN MÎKROSATELİTLERLE ARAŞTIRILMASI KOB AN, Evren Yüksek Lisans, Biyoloji Bölümü Tez Yöneticisi: Prof. Dr. İnci TOGAN Eylül 2001, 109 sayfa Anadolu Çoban Köpeği (AÇK) güçlü yapısı, sadakati ve zor koşullara olan dayanıklılığı sebebiyle, Anadolu'da sürülere bekçilik etmesi için en çok tercih edilen köpek olmuştur. Bu özellikleri onu, Amerika'da, Avustralya'da, bazı Avrupa ve Afrika ülkelerinde de en iyi sürü bekçilerinden biri yapmaktadır. AÇK adı altında toplanan başlıca 3 tip köpek vardır; Kangal, Akbaş ve Kars köpeği. Fakat, Uluslararası Sinoloji Federasyonu (Federation Cynologique Internationale) tarafından yayınlanan tür standartları bu üç grubun sergilediği farklılıkları dikkate almamaktadır. Bu çalışmada, AÇK'nın (n=29, 24 Kangal ve 5 Akbaş) orta Anadolu sokak köpeklerinden (n=51) genetik farklılıklarını bulmak amacıyla 100 mikrosatelit lokusu incelenmiştir. vıAğız içi yanak mukozasından alman doku örneklerinden elde edilen DNA üzerindeki seçilen lokuslar florasan işaretli primerler kullanılarak, polimeraz zincir reaksiyonu (PCR) metoduyla yükseltgenmiş ve PCR ürünleri % 6Tık poliakrilamid jellere yüklenerek ABI 377 yan-otomatik DNA analizöründe koşturulmuştur. Veriler GenescanT ve GenotyperT programlan kullanılarak toplanmıştır. Verilerin istatiksel analizi için Genetex 4.0 programından yararlanılmıştır. Populasyon içi genetik çeşitlilik, averaj heterozigotluk ve ortalama alel sayılan ile ölçülmüştür. Populasyonlar alellerin frekansı ve dağılımı açısından farklılık göstermiştir. Populasyon içi ve populasyonlar arası yapıyı ve bireyler arası varyasyonu gözlemlemek için Wright'in F parametreleri, Faktöryel Eleman Analizi (Factorial Component Analysis) yapılmış. Ayrıca Da genetik uzaklığı ile alel paylaşım uzaklığı matriksleri kullanılarak komşu birleştirme (Neighbor-joining) metodu ile çizilen filogenetik ağaçlar kullanılmıştr. Sokak köpeklerinde 330, Kangal ve Akbaş'ta ise sırasıyla 51 ve 5 populasyona özgü alel gözlenmiştir. Gözlemlenen bu yüksek alel sayısı, köpeklerdeki erken evciltme merkezlerinden birinin bu bölgede yada bölgeye yakın bir yerde bulunduğuna işaret etmekte olabilir. vııBireylerin mevcut verilere göre yapılan simülasyonlar sonucu hangi populasyonlara ait olabilecekleri analiz edildiğinde en yüksek alel sayısına sahip 10 lokusun yeterli bilgiyi sağladığı görülmüştür. Bu çalışmanın sonuçlan AÇK'nın çalışılan sokak köpeği popülasyonundan farklı olduğu ve ayrıca AÇK olarak adlandırılan Kangal ve Akbaş popülasyonlarının da birbirinden önemli derecede farklılaştıklarım (Fst=0-094, P<0.00) göstermektedir. Kangal popülasyonunun genetik uzaklık açısından sokak köpeklerine yada bu köpeklerin bölgesel gen havuzuna daha yakın olduğu tesbit edilmiştir.
Özet (Çeviri)
ABSTRACT GENETIC IDENTITY OF ANATOLIAN SHEPHERD DOG (ASD) POPULATION USING MICROSATELLITES KOB AN, Evren MSc, Department of Biology Supervisor: Prof. Dr. İnci TOGAN September 2001, 109 pages Anatolian Shepherd Dog (ASD) has been the most preferred dog in Anatolia as a guard dog of livestock due to their strength, courage and loyalty. They are very strong and can stand to extreme heat and cold which also make them one of the top livestock guard dogs in the US, Australia, and in some European and African countries. There are mainly three subgroups in ASD; namely Kangal, Akbash and Kars Dog; however the Breed Standard for ASD establised by Federation Cynologique Internationale does not consider the differences between these three populations. In this study, 100 canine microsatellite loci were employed to examine the genetic differentiation of ASD (n=29, 24 Kangal and 5 Akbash) from the central Anatolian feral dogs (n=51). IllDNAs were isolated from the buccal swab samples and 100 microsatellite loci were amplified by polymerase chain reaction (PCR) using fluorescently labelled primers. PCR products were run on 6% polyacrylamide gels in an ABI 377 semi-automated DNA analyzer. Data were collected using the softwares GenescanT and GenolyperT Statistical analysis of the data was performed using the program Genetix 4.0. Genetic variation within-populations was estimated by unbiased average heterozygosity values and the number of observed alleles. The populations differed in the frequency and distribution of alleles across loci. Wright's F-statistics, Factorial Correspondence Analysis and Neighbor-joining trees based on DA distances and allele sharing distance between individuals were used to analyze within and among population structure and within individuals variation. Ferals exhibited 330 whereas Kangal and Akbash dogs exhibited 51 and 5 private alleles respectively. Such high mean number of alleles in ferals may indicate that one of the early domestication sites of dogs were in or around the region where the samples collected. Assignment tests revealed that 10 loci with highest allelic diversity were nearly enough to have almost the same results with those of 100 loci. IVThe results indicated that ASD is different from the feral dogs studied and within ASD, Kangal and Akbash populations are also differentiated (Fst^O.094, P<0.001) from each other. Kangal was the closest population to the feral dogs or to their regional gene pool.
Benzer Tezler
- Polygonum cognatum Meissn. (madımak) tohumlarının çimlenme biyolojisi ve klonlar arasındaki genetik çeşitliliğin belirlenmesi
Determination of germination biology of madimak (Polygonum cognatum Meissn.) seeds and genetic variation among clones
MESUT ÖZKURT
Yüksek Lisans
Türkçe
2008
ZiraatGaziosmanpaşa ÜniversitesiBitki Koruma Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. HÜSEYİN ÖNEN
- Orta Anadolu süne, Eurygaster maura (Heteroptera:Scutellaridae) popülasyonlarındaki esteraz ve süperoksit dismutaz enzimlerinin elektroforetik analizi
Electrophoretic analysis of esterase and superoxide dismutase enzymes of the wheat bug, maura (Heteroptera:Scutellaridae) populations in the Central Anatolia
SEMA TUNA
- The genetic diversity of the Galanthus L. species in Turkey
Türkiye?deki Galanthus L. türlerinin genetik çeşitliliği
NIVART TAŞÇI
Yüksek Lisans
İngilizce
2008
BiyolojiBoğaziçi ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. NEŞ'E BİLGİN
- Batı Anadolu bölgesi domates üretim alanlarında görülen stolbur hastalığının yaygınlığının belirlenmesi, tanılanması ve taşınma yolları üzerinde çalışmalar.
The investigations on the transmission, identification and epidemi of tomato stolbur disease which was shown tomato areas on western anatolia.
NİLAY ÖZDEMİR
- Isolation and characterization of rust resistance marker DNAs of wheat
Buğdayda pas hastalığına karşı direnç markör DNAlarının isolasyonu ve tanımlanması
SEVGİ SALMAN
Yüksek Lisans
İngilizce
2000
BiyolojiBoğaziçi ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. MÜGE TÜRET SAYAR