Expression and analysis of endo beta?1,4-mannanase of Aspergillus fumigatus in heterologous hosts
Aspergillus fumigatus endo beta-1,4-mannanazının heterolog ev sahibi organizmalarda ekspresyonu ve analizi
- Tez No: 177594
- Danışmanlar: PROF. DR. UFUK BAKIR, PROF. DR. ZÜMRÜT BEGÜM ÖGEL
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Biyoteknoloji, Genetik, Biotechnology, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Arabidopsis thaliana, Arabidopsis thaliana
- Yıl: 2007
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Aspergillus fumigatus IMI 385708 (daha önce Thermomyces lanuginosus IMI 158749 olarak bilinen) küfünün hücre dışı endo-1,4-mannanaz (EC 3.2.1.78) geni klonlanmış ve Aspergillus sojae (ATCC 11906) ve Pichia pastoris GS115 `e aktarılmıştır. Her iki ekspresyon sisteminde de yüksek oranda üretim sağlanmıştır. Arabidopsis thaliana `da büyük ölçekli heterolog mannanaz üretimi girişimleri başarılı olamamıştır. İfade düzeyleri karşılaştırıldığında hücre dışı mannanaz aktivitelerine göre A. sojae P. pastoris'den daha iyi bir sistem olduğu görülmüştür. %1 glikoz içeren YpSs ortamında üç günlük inkübasyon sonunda mannanaz üretimi A. sojae (AsT1)'de 204 U/ml'ye ulaşmıştır. P. Pastoris (PpT1)'de ise metanol ile uyarıldıktan 10 saat sonra en yüksek mannanaz aktivitesi değerine ulaşmıştır (61 U/ml). Ekspres edilen enzimler saflaştırılmış ve incelenmiştir. Buna göre her iki enzimin spesifik aktivitesi 349 U/mg protein, AsT1' de optimum pH ve sıcaklık yaklaşık 4,5 ve 45 oC ve PpT1 'de ise 5,2-5,6 ve 60 oC olarak bulunmuştur. Hidrolitik aktivite gösteren P291 - P368 amino asitleri arası içermeyen kırılmış bir mannanaz formu (MAN-S) izole ve karakterize edilmiştir. MAN-S enzimi yaklaşık 6,5-8,0 aralığında pH ile 60 oC 'de sıcaklık optimumuna sahiptir. Keçi boynuzu sakızının mannanaz ile inkübasyonda glikoliz tarafından katalizlenen uzun veya nadir prebiyotik oligosakkarit üretimini olanak veren transglikozilasyon reaksiyonları gözlemlenmiştir. Değişik karbon kaynakları üzerindeki hidrolitik aktivite ürünleri PACE ve MALDI-TOF ile analizi yapılmıştır. Buna göre hekzamannoz ve daha küçük oligosakkaritler karakterize edilmiştir.
Özet (Çeviri)
Extracellular endo-1,4-mannanase (EC 3.2.1.78) gene of Aspergillus fumigatus IMI 385708 (formerly known as Thermomyces lanuginosus IMI 158749) was cloned and transformed into Aspergillus sojae (ATCC 11906) and Pichia pastoris GS115. High level of expression was achieved in both expression systems. Attempts to produce heterologous mannanase in Arabidopsis thaliana, suitable for large scale production, were not successful. Comparison of the expression levels of heterologous mannanase reveals that A. sojae is a better expression system than P. pastoris with respect to extracellular mannanase activity. The production of mannanase in A. sojae (AsT1) after 3 days of incubation reached 204 U/ml in YpSs containing 1 % glucose. In P. pastoris (PpT1), highest production was observed after 10 hrs of induction with methanol (61 U/ml). Expressed enzymes were purified and analyzed. Both enzymes have specific activity c. 349 U/mg protein with pH and temperature optimum of c. 4.5 and c. 60 oC for mannanases from AsT1 and c. 5.2-5.6 and c. 45 oC for mannanases from PpT1. A truncated form of mannanase (MAN-S) deleted at amino acids from P291 to P368, which still displayed hydrolytic activity was also isolated and characterized. MAN-S has pH and temperature optimum of c. 6.5-8.0 and c. 60 oC. During incubation of the mannanase on locust bean gum, transglycosylation reactions, in which longer or rare prebiotic oligosaccharides could be produced catalyzed by glycolysis, was detected. The products of hydrolytic activity of the enzyme on various carbohydrates were analyzed by PACE and MALDI-TOF. Accordingly, hexamannose and smaller oligosaccharides were characterized.
Benzer Tezler
- Optimization of mannanase production from recombinant Aspergillus sojae and analysis of Galactomannan hydrolysis
Rekombinant Aspergillus sojae de mannanaz üretiminin optimizasyonu ve Galaktomannan hidroliz analizi
BENGÜ ÖZTÜRK
Yüksek Lisans
İngilizce
2008
Gıda MühendisliğiOrta Doğu Teknik ÜniversitesiGıda Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. UFUK BAKIR
PROF. DR. ZÜMRÜT BEGÜM ÖGEL
- Kollajenaz perfüzyonu ile izole edilmiş primer hepatositlerde farklı koşullarda gen ekspresyonunun incelenmesi
Isolation of primary hepatocytes by collagenase perfusion and analysis of gene expression under different conditions
ZELAL ADIGÜZEL
Yüksek Lisans
Türkçe
2004
Tıbbi BiyolojiMarmara ÜniversitesiTıbbi Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
DOÇ.DR. KEMAL BAYSAL
PROF.DR. BEYAZIT ÇIRAKOĞLU
- Analysis of p73 gene in hepatocellular carcinoma
Karaciğer kanserinde p73 geninin analizi
NECATİ FINDIKLI
Yüksek Lisans
İngilizce
1998
Biyolojiİhsan Doğramacı Bilkent ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MEHMET ÖZTÜRK
- Çağdaş Kosova Türk edebiyatından İskender Muzbeg ve eserleri üzerine bir çalışma
An investigate in Modern Turkish literature of Kosovo and analysis of İskender Muzbeg's vestigate
ELSEV BRİNA
Yüksek Lisans
Türkçe
2006
Türk Dili ve EdebiyatıGazi ÜniversitesiTürk Dili ve Edebiyatı Ana Bilim Dalı
PROF.DR. ALEMDAR YALÇIN