Analysis of p73 gene in hepatocellular carcinoma
Karaciğer kanserinde p73 geninin analizi
- Tez No: 79354
- Danışmanlar: PROF. DR. MEHMET ÖZTÜRK
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Biology
- Anahtar Kelimeler: Genler, Karaciğer neoplazmları, Genes, Liver neoplasms
- Yıl: 1998
- Dil: İngilizce
- Üniversite: İhsan Doğramacı Bilkent Üniversitesi
- Enstitü: Mühendislik ve Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
ÖZET KARACİĞER KANSERİNDE p73 GENİNİN ANALİZİ Necati Fındıklı Moleküler Biyoloji ve Genetik Yüksek Lisans Tez Yöneticisi: Prof. Dr. Mehmet Öztürk Ağustos 1998 Hepatoselüler karsinom (HCC) dünyada sekizinci en yaygın kanserdir. Epidemiyolojik olarak araştırılmış risk faktörleri arasında hepatit B virüsü (%80'den fazla), hepatit C virüsü ve afiatoksinler başta gelmektedir. Hepatoselüler karsinogenezin moleküler mekanizmaları çok iyi bilinmemektedir. Bu tümörlerde sıkça rolü olduğu saptanan tek gen p53 tümör baskılayıcı genidir. Ancak, bu genin mutasyonu ya da inaktivasyonu HCC'lerin yaklaşık %30'unda gözlenmiştir. Hepatoselüler karsinogenezin tam olarak anlaşılabilmesi için diğer genlerin de incelenmesi gerekmektedir. p73 yakın zamanda p53-homoloğu bir gen olarak bulunmuştur. Bu çalışmada, bu genin hepatoselüler karsinomdaki olası rolü araştırılmıştır. p73 geninin HCC'deki yapısı ve ifadesi, olası değişimler açısından incelenmiştir. Önce p73'ün alternatif olarak ifade edilen iki transkriptini (p73a ve p73|3) ayni zamanda incelemek için yeni bir yöntem geliştirilmiştir. RT-PCR'a dayanan bu teknik, p73 transkriptlerinin miktarını kabaca belirleyebilmektedir. Böylece HCC tümörlerden ve normal karaciğerden türetilmiş 8 hücre hattında p73a'nm ifade edildiği gözlenmiştir. Buna karşılık p73p sadece 5 farklılaşmış hücre hattında görüldü. Farklılığını yitirmiş 3 hücre hattında ise p73|3 bulunamadı. Bu hücrelenin farklılaşma durumları RT-PCR tekniği ile albumin ve alfa-fetoprotein transkriptleri incelenerek test edildi. Bu transkriptler 5 farklılaşmış hücrenin 3 'ünde görüldü ancak 3 farklılığım yitirmiş hücre hattında görülmedi. Daha sonra, 25 HCC örneği p73 geninin seçilmiş ekzonlarmdaki olası mütasyonlan belirlemek amacıyla non-radyoaktif heterodupleks testi, radyoaktif SSCP analizi, restriksiyon enzim analizi ve DNA dizi analizi yöntemleri ile tarandı. p53 geninin en çok mütasyona uğradığı bilinen ekzonlarma benzerlik gösteren p73 eksonlarmda mutasyon bulunmadı. Bu gözlemlerden yola çıkarak, p73 geninin HCC de mütasyona uğramadığı, ama hepatoselüler farklılaşmada kritik bir rol oynayabileceği sonucunu çıkardık. p73p sadece farklılaşmış hücrelerde görüldüğünden, bu form karaciğere-özgün genlerin RNA ifadesinin düzenlenmesinde rol oynayabilir. Bu hipotezin ek çalışmalarla doğrulanması gerekmektedir.
Özet (Çeviri)
ABSTRACT ANALYSIS OF p73 GENE IN HEPATOCELLULAR CARCINOMA Necati Fındıklı M.S. in Molecular Biology and Genetics Supervisor: Prof. Dr. Mehmet Öztûrk August 1998 Hepatocellular carcinoma (HCC) is the eighth most frequent cancer worldwide. Epidemiologically-studied risk factors include hepatitis B virus (greater than 80%), hepatitis C virus and aflatoxins. Molecular mechanisms of hepatocarcinogenesis are poorly understood. The only gene known to be consistently involved in these tumors is the p53 tumor suppressor gene. However, this gene was found to be mutated or inactivated in about 30% of HCC. There is a need to study additional genes in order to fully understand hepatocellular carcinogenesis. p73 has been identified recently as a p53-homolog gene. In this study, we analyzed the possible involvement of this gene in HCC. We investigated both the expression and structure of p73 gene in HCC for possible alterations. We first developed a novel method to analyze the expression of alternatively spliced transcripts of p73 (p73a and p73|3) simultaneously. This technique, based on RT-PCR, allows the analysis of p73 transcripts semi-quantitatively. We found that p73a was expressed ubiquituously in 8 cell lines derived from normal liver or HCC tumors. Interestingly, p73|3 was present only in 5 differentiated but not in 3 undifferentiated cell lines. The differentiation status of these cell lines were tested by the analysis of albumin and a-fetoprotein transcripts by RT-PCR. These transcripts were present in 3/5 differentiated but not in 3 undifferentiated cell lines. Next, we screened 25 HCC samples for possible mutations of p73 gene at selected exons with non-radioactive heteroduplex test, radioactive SSCP analysis, restriction enzyme analysis and DNA sequencing. No alterations were found in exons homologous to those of p53 known to harbor mutational hotspots.From these observations, we conclude that p73 gene is not mutated in HCC, but it may play a critical role in hepatocellular differentiation. As p73p was found in differentiated cell lines, this form may be involved in transcriptional regulation of liver-specific genes. Additional studues are needed to confirm this hypothesis.
Benzer Tezler
- Güneş enerjisi ile çalışan R21-DMF li soğurmalı soğutma çevrimin analizi ve bazı tersinmezliklerin çevrimin performansı üzerindeki etkilerinin incelenmesi
Analysis of R21-DMF solar powered absorpption refrigeration system and effect of someirreversbilities on the Performance of the cycle
SEYİT ARİF TÜR
Yüksek Lisans
Türkçe
1987
Makine MühendisliğiGazi ÜniversitesiMakine Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ERCAN ATAER
- Analysis of coupled striplines using spectral domain method
Başlık çevirisi yok
ALİ YAZICI
Yüksek Lisans
İngilizce
1987
Elektrik ve Elektronik MühendisliğiOrta Doğu Teknik ÜniversitesiPROF. DR. NEVZAT YILDIRIM
- Analysis of stresses in the in situ wedge shear test samples by the finite element method
Başlık çevirisi yok
RÜŞTÜ KÖSEOĞLU
- Analysis of plane and space trusses with optimization and graphic techniques
Başlık çevirisi yok
GÖKALP SAMİ KIRGIZ
- Analysis of lateral-torsional coupled buildings with base isolation
Başlık çevirisi yok
İRFAN CAN KILIÇ
Yüksek Lisans
İngilizce
1988
İnşaat MühendisliğiOrta Doğu Teknik ÜniversitesiYRD. DOÇ. DR. HALUK SUCUOĞLU