Genetic analysis of smad 4 gene in TGF-B sprolling pothway in human liver cancer
TGF-B sinyal yolunda yer alan Smad 4 geninin insan karaciğer kanserinde genetik analizi
- Tez No: 79355
- Danışmanlar: DR. M. CENGİZ YAKICIER
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Biology
- Anahtar Kelimeler: Hepatosellüler karsinoma, TGF-3, Mutasyon, Smad4, Hücre hattı, SSCP, PCR. IV, Genetik analiz, Genler, Karaciğer neoplazmları, HCC, TGF-p, Mutation, Smad4, Cell line, SSCP, PCR m, Genetic analysis, Genes, Liver neoplasms
- Yıl: 1998
- Dil: İngilizce
- Üniversite: İhsan Doğramacı Bilkent Üniversitesi
- Enstitü: Mühendislik ve Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
ÖZET TGF-P SİNYAL YOLUNDA YER ALAN SMAD4 GENİNİN İNSAN KARACİĞER KANSERİNDE GENETİK ANALİZİ Meliha Burcu Irmak Moleküler Biyoloji ve Genetik Bölümü Yüksek Lisans Tez Yöneticisi: Dr. M. Cengiz Yakıcıer Temmuz, 1998 Hepatosellüler karsinoma, hepatositlerin kontrolsüz çoğalması sonucu, değişik genetik bozuklukların birikmesiyle oluşan çok basamaklı bir hastalıktır. Hepatosellüler karsinomaya yol açan moleküler olaylar henüz bilinmemektedir. Bu güne kadar, ne belli bir onkogenin, ne de tümör baskılayıcı genin, HCC'ye neden olduğu gösterilememiştir. HCC vakalarında p53, pl6, BRCA2, M6P/IGFIIR, Rb, PRLTS, ve Tg737 genlerinde gösterilen mutasyonlarm dışında gen bozuklukları hala bilinmemektedir. TGF-3, hepatosit çoğalmasını önleyici çok güçlü bir moleküldür. Hepatosellüler karsinoma ve siroz sırasında TGF-3 seviyesinde artma gözlenmiştir, buna rağmen hepatositler çoğalmaya devam etmiştir. Bu sebeple, karaciğer kanserlerinde TGF-3 sinyal yolunda bir bozukluk olabileceği düşünülebilir. TGF-3 sinyal yolunda yer alan genlerin arasında bulunan, ortak aracı, Smad4 geninin çeşitl kanser tiplerinde mute olduğu bulunmuştur. Biz de, hepatosit çoğalmasını engelleyici bir faktör olan TGF-3 'nm sinyal yolunda yer alan Smad4 geninin mutasyon analizini yapmaya karar verdik. 35 HCC vakası için, SSCP analizi ile Smad4 geninin mutasyonlarm çok yoğun olduğu MH2 bölgesine denk gelen, kodlayan bölgeler 8, 9 10, ve 11 ile MH1 bölgesine denk gelen kodlayan bölge 2'nin mutasyonlan tarandı. 3 tanesi kodlayan bölge 8, 1 tanesi kodlayan bölge 9 ve sonuncusu da kodlayan bölge 10'da olmak üzere, 35 HCC vakasinda 5 tane (14%) değişiklik göründü. Test edilen örneklerde büyük delesyonlara rastlanmadı, ama görülen değişiklikler büyük bir ihtimalle tek baz değişiklikleridir. Bununla birlikte, HCC hücre hatları olan, HepG2, Hep3B, Huh7, FOCUS, Mahlavu, ve PLC/PRF/5 mutasyonlan ve PLC/PRF/5 hariç diğer hücre hatları mRNA transkripsiyonu için kontrol edildi. Hücre hatlarının N- ve C- uçlannda büyük delesyon ve değişikliklere rastlanmadı, ve Hep3B dışında bütün hücre hatlarının mRNA yazılımı gösterildi. Elde ettiğimiz sonuçlar Smad4 geninin en azından bazı HCC vakalarının gelişiminde rol oynayabileceğini düşündürmektedir.
Özet (Çeviri)
ABSTRACT GENETIC ANALYSIS OF SMAD4 GENE IN TGF-0 SIGNALLING PATHWAY IN HUMAN LIVER CANCER Meliha Burcu Irmak M.S. in Molecular Biology and Genetics Advisor: Dr. M. Cengiz Yakıcıer July, 1998 HCC is a multistep genetic disease in which many genomic changes occur as a result of uncontrolled proliferation of hepatocytes. Molecular events leading to HCC is still unclear. Until now, neither an oncogene nor a tumor suppressor gene has been shown to be prefentially altered in HCC. Genetic alterations other than p53, pi 6, BRCA2 (Breast Carcinoma Associated Protein), M6P/IGFHR (Mannose 6 Phosphate/ Insulin Like Growth Factor II Receptor), Rb (Retinoblastoma), PRLTS (Platelet Derived Growth Factor Receptor-P-Like Tumor Suppressor Gene), and Tg737 (Candidate polycyctic kidney disease gene) genes remain unknown. TGF-P is a strong inhibitor of hepatocyte proliferation. In HCC and cirrhosis increased levels of TGF-P is observed, so this shows that the presence of high levels of TGF-P does not avoid hepatocyte proliferation. Thus, there may be a disruption in the signalling pathway of TGF-p. The common mediator Smad4 gene, which is among the genes located in TGF-P signalling pathway, is found to be mutated in many cancer types. We decided to do the mutational analysis of Smad4 gene, which is located in the signalling pathway of the hepatocyte antiproliferative factor, TGF-p. Exons 8, 9, 10, and 1 1 which are in MH2 region, and exon 2 which is in MH1 region of Smad4 is mutationally analysed by SSCP for 35 HCC cases. In the 35 HCC tumors, 5 alterations were observed (14%), 3 of them being in exon 8, one of them being in exon 9a, and the last one being in exon 10 of Smad4 gene. In the samples we tested, no big deletions were observed, but the alterations observed are probably single base changes. Also HCC cell lines namely, HepG2, Hep3B, Huh-7, FOCUS, Mahlavu, and PLC/PRF/5 were checked for their mutations and cell lines other then PLC/PRF/5 were analysed for their mRNA transcription. There were no big deletions or alterations in N- and C- terminals of the cell lines and we have shown mRNA transcription for all cell lines except Hep3B in which PCR has revealed very weak amplification. Our results suggest that Smad4 might be involved in at least a part of primary HCC tumor development.
Benzer Tezler
- Genetic analysis of Smad 2 gene in hepatocellular carcinoma
Smad 2 geninin hepatoselüler karsinomlarda genetik analizi
ALPER ROMANO
Yüksek Lisans
İngilizce
1998
Biyolojiİhsan Doğramacı Bilkent ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
DR. CENGİZ YAKICIER
- Japon bıldırcınlarında (coturnix coturnix japonica) büyüme eğrilerinin genetik analizi
Genetic analysis of growth curve parameters in Japanese quail (coturnix coturnix japonica)
KESKİN İSMAİL
- Van Tarım Meslek Lisesi işletmesinde yetiştirilen esmer sığırlarında genetik analizler
Başlık çevirisi yok
ALİ KAYGISIZ
- Bazı Türk ekmeklik buğday çeşitlerinin melezlerinde gliadin bant patternlerinin genetik analizi
Başlık çevirisi yok
SİBEL KESKİN
- Çukurova bölgesinde yetiştirilen Çukurova 1518 (gossypium hirsutum L.) ve doğal renkli pamuk (gossypium hirsutum L.) çeşitlerinin F1, F2, BCP1 ve BCP2 döl kuşakları ile lif renginin genetik analizi ve bu döl kuşak...
A Research on the genetic analysis of the fibre colour and the agricultural and technological characterics of two cotton cultivars Çukurova 1518 (gossypium hirsutum L.) and their generations of F1, F2, BCP1 and...
SEVAL SOFUOĞLU
