Geri Dön

SMP is a rat orthologue of salt-inducible kinase 2

SMP: Tuz-indüklenebilir kinaz 2'nin sıçan ortoloğu

  1. Tez No: 170449
  2. Yazar: AVNİ UYSAL
  3. Danışmanlar: PROF.DR. KUYAŞ BUĞRA
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Biyoloji, Biology
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2005
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Boğaziçi Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.

Özet

ÖZET SMP: TUZ-İNDÜKLENEBİLIR KİNAZ 2'NİN SIÇAN ORTOLUĞU Bu çalışmada, sıçan retina cDNA bankasından fibroblast büyüme faktörü reseptörü 2'nin sitoplazmik bölgesinin yem olarak kullanıldığı maya ikili-hibrid taramasıyla izole edilen kısmi bir klonun tüm SMP proteinini kodlayan cDNAsmın klonlanması ve karakterizasyonu amaçlanmıştır. Databaz analizi, orijinal SMP dizisinin sıçan genomundaki tahmini bir serin/treonin kinaz geninin 3 'terminalindeki bir bölge ile yüzde 99 örtüştüğünü göstermektedir. Bu varsayılan genin mRNA dizisi fare tuz-indüklenebilir kinaz 2 (SIK2) mRNAsı ile yüzde 90'dan fazla benzerlik göstermektedir. Bu yüzden SMP transkriptinin 5' ucuna doğru ilerlemek amacıyla retina RNAsı kullanılarak, çakışan RT- PZR fragmanları oluşturmak için bu databaz girdilerinin özdeş bölgeleri kullanılmıştır. Bu fragmanların analizi, SMP'nin SIK2'nin sıçan ortoloğu olduğunu ve 16 ekzondan oluşan en az 100 kilobazlık bir gen tarafından kodlandığım göstermektedir. 16. ekzon içindeki alternatif kırpılma boylan 6392, 6489 ve 7000 baz çifti olan 3' ucunda farklılık gösteren 3 transkript oluşturmaktadır. Translasyonun 3 transkript için de ilk ATG'den başladığını, fakat en kısa transkriptin C-ucunda fazladan 12 aa içeren protein kodlarken diğer ikisinin aynı proteini kodladığım öne sürmekteyiz. Oluşan proteinde bir serin/treonin kinaz bölgesi ve bir ubiquitin-ilisik bölge bulunmaktadır. Ayrıca, SH2-, SH3-bağlanma bölgeleri ile bazı serin, treonin ve tirosin fosforlarıma motifleri gözlemlenmektedir. SIK2'nin cAMPye bağlı olarak CREB-bağlantılı gen transkripsiyonunda ve insülin sinyal yolağında fonksiyonu olduğu gösterilmiş ve insülin dirençliliğini indükleyebileceği önerilmiştir. İnsülin dirençliliği tip2 diyabetin bir göstergesidir ve retina çerçevesinde dejenerasyon ve görme kaybma yol açar. Bu sebepten, SIK2 üzerinde yapılacak ileri çalışmalar, genel olarak insülinin merkezi sinir sistemindeki nörotropik rolü yanında retinanın fizyolojisini ve patofizyolojisini anlamamıza katkıda bulunacaktır.

Özet (Çeviri)

IV ABSTRACT SMP IS A RAT ORTHOLOGUE OF SALT-INDUCIBLE KINASE 2 This work aimed at cloning and characterization of cDNA encoding full length SMP, of which a partial clone had been isolated from a retinal cDNA library by yeast two hybrid screening using cytoplasmic domain of FGFR2. Database analysis indicated that original SMP sequence showed over 99 per cent homology to a 3 ' region of LOC3 1 5649, a putative serine/threonine kinase gene in rat genome. The predicted mRNA sequence of this putative gene had over 90 per cent similarity to mouse salt-inducible kinase 2 (SIK2) mRNA (AB067780). Thus the identical regions between these database entries were exploited to generate overlapping RT-PCR fragments on retinal RNA templates to crawl towards the 5' end of SMP transcripts. Analysis of these fragments revealed that SMP is the rat orthologue of SIK2, and it is encoded by at least a 100 kb gene consisting of 16 exons. Alternative splicing within the 16th exon generates 3 transcripts with sizes 6392, 6489, 7000 base pairs, the major difference between the three is in their 3'-UTRs. We propose the translation starts at the first ATG for all three, but the shortest transcript encodes a protein that has an additional 12 amino acids at the C-terminal, the other two generate identical proteins. The cognate protein has a serine/threonine kinase domain, an ubiquitin- associated domain, and putative SH2-binding site, SH3-binding sites, as well as putative serine, threonine and tyrosine phosphorylation sites. Since the original SMP clone sequence is found in 3'UTR of SMP transcript, SMP interaction with FGFR2 is artifactual. SIK2 is shown to function in CREB-dependent gene transcription in a cAMP dependent manner and insulin signal pathways and implicated in induction of insulin resistance. Insulin resistance is a hallmark of type2 diabetes, in the retinal context leads to degeneration and vision loss. Therefore, further investigations of SIK2 would contribute to the understanding the physiology and the pathophysiology of retina as well as the neurotophic roles of insulin in the CNS in general.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    83714

    Programming SMP cluters: Node-level object groups and their use in a framework for NBody applications

    Bakışımlı çoklu-işlemci öbeklerini programlamak: Düğüm seviyesinde dallı nesneler ve sıradüzensel çoklu-etkileşim yöntemleri için tasarlanan bir çatı

    İLKER CENGİZ

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    1999

    Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrolİhsan Doğramacı Bilkent Üniversitesi

    Bilgisayar Yazılımı Ana Bilim Dalı

    YRD. DOÇ. DR. ATTİLA GÜRSOY

  2. Tez No

    14173

    DC/DC çevirici yardımıyla doğru akım motor hız kontrolü

    DC motor speed control by using DC/DC converter

    HALUK TAŞAN

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    1990

    Elektrik ve Elektronik Mühendisliğiİstanbul Teknik Üniversitesi

    PROF.DR. NEJAT TUNCAY

  3. Tez No

    223706

    Soya ürünlerindeki fonksiyonel bileşenlerin karakterizasyonu ve soya ekmeği özelliklerine etkilerinin incelenmesi

    Characterization of functional components in soy products and evaluation of their effects on soy bread properties

    DİLARA NİLÜFER

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2007

    Gıda Mühendisliğiİstanbul Teknik Üniversitesi

    Gıda Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    PROF.DR. DİLEK BOYACIOĞLU

  4. Tez No

    139412

    Identification of a putative serine/threonine kinase implicated in FGF signal transduction and its compatibility with an FGF pathway simulation model

    FGF sinyal yolağında yer aldığı düşünülen yeni bir serin/treonine kinaz proteininin tanımlanması ve bunun FGF sinyal yolağı simülasyon modeli ile uyumluluğu

    FERRUH ÖZCAN

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2003

    BiyolojiBoğaziçi Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. BUĞRA KUYAŞ

  5. Tez No

    66736

    Lineer olmayan yalpa hareketinin sistematik duyarlılık analizi

    Systematic sensibility analysis of the nonlinear roll motion

    ZAFER ATAR

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    1997

    Gemi Mühendisliğiİstanbul Teknik Üniversitesi

    Gemi İnşaatı ve Gemi Makineleri Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. ALİM YILDIZ

Geri Dön