Packing regularities in folded proteins
Katlanmış proteinlerde rezidü yerleşme düzeni
- Tez No: 112163
- Danışmanlar: DOÇ.DR. TÜRKAN HALİLOĞLU, PROF.DR. İVET BAHAR
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Kimya Mühendisliği, Chemical Engineering
- Anahtar Kelimeler: Kafesler, Kalıntılar, Katlanmış proteinler, Proteinler, Lattices, Residues, Folded proteins, Proteins
- Yıl: 2001
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Boğaziçi Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
ÖZET KATLANMIŞ PROTEİNLERDE REZİDÜ YERLEŞME DÜZENİ Latis modeller proteinlerin konformasyon uzayını azaltma amacıyla sıklıkla kullanılır. Protein yapıları çeşitli latislere latisin koordinasyon sayısı arttıkça artan bir doğrulukta örülebilir. Proteinlerin modellenmesi amacı ile çeşitli latis geometrileri uygun olduğu halde, katlanmış yapılardaki rezidülerin belirli bir yerleşme düzenim seçip seçmediği konusunda henüz bir bilgi bulunmamaktadır. Bu tezde, rezidülerin proteinlere özgü düzenli bir yerleşme eğilimi olduğu ortaya çıkarılmıştır. Bu sonuç Protein Bilgi Bankası'ndan alınan protein yapılarındaki rezidü topluluklarının optimal olarak üst üste çakıştırılmasıyla elde edilmiştir. Bu düzen, proteinlerin üçüncül yapılarının düşük çözünürlüklü uzayda (rezidü başına tek bir nokta) incelenmesi ile anlaşılmaktadır. Buna göre rezidüler tamamlanmamış ve deformasyona uğramış yüzey merkezli kübik bir yerleşmeyi tercih etmektedir. Yüzey merkezli kübik yerleşme aynı büyüklükteki kürelerin en yoğun yerleşmesidir. Bu çalışmada bulunan yerleşme düzeni, proteinlerin molekül içi yoğunluğunu arttırma eğiliminden kaynaklanmaktadır ve rezidü tipine göre küçük farklılıklar göstermektedir. Hem çözücüye temas eden, hem de tamamen proteinin içine gömülmüş olan rezidülerin - en uç örnekler - komşulukları da bu proteinlere özgü genel yerleşme düzenine yakın benzerlik göstermektedir. Rezidüler arasındaki farklılık, doldurulan (ya da çözücü için boş bırakılan) koordinasyon merkezlerinin sayılan şeklindedir. Çözücüye temas eden yüzey rezidüleri için bile aynı yerleşme düzeni geçerlidir. Sonuç olarak rezidülerin çevresindeki çözücüye ayrılan hacim ihmal edildiği takdirde, proteinin yüzeyi dahil olmak üzere tüm bölgelerinde aynı oranda muntazam ve yoğun bir yerleşme düzeni bulunduğu anlaşılmıştır.
Özet (Çeviri)
IV ABSTRACT PACKING REGULARITIES IN FOLDED PROTEINS Using lattice models of proteins is a common method to reduce conformational space. Protein structures can be satisfactorily threaded onto several such lattices, the accuracy of the fit increasing with the coordination number of the lattice. Despite the suitability of various lattice geometries, the optimal packing geometry of residues in folded structures, or the generic preference for regular packing, if any, remains unclear. In this thesis, a degree of intrinsic regularity in residue packing is revealed upon optimal superimposition of clusters of residues from Protein Data Bank structures. This regularity can be identified as an incomplete distorted face-centered cubic packing, i.e. the closest packing of identical spheres, emerging when the tertiary structure is observed at a coarse grained (single-site-per-residue) scale. It is apparently favored by the drive for maximizing packing density, and shows little variation with specific amino acid type. Both the extreme cases of solvent-exposed and completely buried residue neighborhoods approximate this generic packing, their only difference being in the number (and not the type) of coordination sites that are occupied (or left void for solvent occupancy). Interestingly, these sites are not staggered even for the solvent-exposed residues on the surface and it is concluded that all residues, even those at the protein surface are densely packed. The packing density is approximately uniform when the volume of solvent surrounding the residues is excluded.
Benzer Tezler
- İnşaat sigortaları
Başlık çevirisi yok
NURTEN YAZAN
Yüksek Lisans
Türkçe
1998
SigortacılıkMarmara ÜniversitesiSigortacılık Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ÖMÜR BABAOĞLU
- Packing and entrainer effects on supercritical carbon dioxide fractionation of origanum oil
Kekik yağının kritik üstü karbon dioksit ortamında ayrıştırılmasında dolgu maddesi ve yardımcı çözücünün etkileri
HALİM KUBAT
Yüksek Lisans
İngilizce
1999
Kimya MühendisliğiBoğaziçi ÜniversitesiKimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ÖNER HORTAÇSU
- Paketleme malzemeleri, ilkeleri ve paketleme makinelerinin prensipleri
Packing materials, packing principles and the principles of packing machines
DÜNDAR BAŞARIR
Yüksek Lisans
Türkçe
2000
Makine MühendisliğiEskişehir Osmangazi ÜniversitesiMakine Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. BİLAL PAR
- Splenektomi gerektiren dalak yaralanmalarında“Perisplenic Packing”yönteminin uygulanması
Perisplenic Packing method is performing in trauma cases where splenectomy is indicated
TURGAY KARATAŞ
- Lung packing manevrasının soluk tutma süresine ve akciğere etkisinin araştırılması
Başlık çevirisi yok
EVİN KOÇ
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2003
Deniz ve Sualtı Hekimliğiİstanbul ÜniversitesiDeniz ve Sualtı Hekimliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ŞAMİL AKTAŞ