Geri Dön

Gene regulatory networks in pediatric cancers using multi-omics data

Çoklu omik veri kullanılarak pediatrik kanserde gen düzenleyici ağlar

PDF İndir

  1. Tez No: 989181
  2. Yazar: ARMAGHAN MORADI
  3. Danışmanlar: DOÇ. DR. BESTE TURANLI
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Biyomühendislik, Bioengineering
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2026
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Marmara Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Biyomühendislik Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.

Özet

Pediatrik kanserler, birikmiş çevresel maruziyetten ziyade gelişimsel displaziden (gelişimsel bozukluklardan) kaynaklanmaları nedeniyle biyolojik olarak yetişkin malignitelerinden ayrışmaktadır. Tedavilerdeki gelişmelere rağmen, yüksek riskli ve dirençli vakalar, güçlü biyobelirteçlerin ve yeni tedavi hedeflerinin tanımlanmasını gerektiren önemli bir klinik sorun olarak kabul edilmektedir. Bu tez, multi-omik verilerin kombinasyonunu kullanarak ve Gen Düzenleyici Ağlar (GDA) inşa ederek beş temel pediatrik malignitenin (Nöroblastom, Osteosarkom, Retinoblastom, Akut Lenfoblastik Lösemi [ALL] ve Akut Myeloid Lösemi [AML]) karmaşık moleküler yapılarına odaklanmaktadır. Ağ topolojisi ve Jaccard benzerlik haritalaması gibi sistem biyolojisi teknikleri kullanılarak, bu farklı kanserlerin düzenleyici mimarisi bu çalışmada açıklanmaktadır. Sonuçlar, her bir malignitenin —özellikle hematolojik ve solid tümörler kıyaslandığında— genler düzeyinde minimal örtüşme ile kendine özgü bir transkripsiyonel program sergilemesine rağmen, ortak onkojenik yolaklarda birleştiğini göstermektedir. Ayrıca, yeni miRNA aracılı yolaklar gibi bazı spesifik düzenleyici etkileşimler, potansiyel tanısal hedefler olarak tanımlanmıştır. Bu sonuçlar, pediatrik kanserlerde dokular arası benzerlik derecesinin analiz düzeyine bağlı olduğunu ve farklı gen ekspresyon profillerinin ortak işlevsel temaları desteklediğini göstermektedir. Nihayetinde bu çalışma, pediatrik kanserlerin ağ temelinde kapsamlı bir karakterizasyonunu sunmakta ve bu kanserlerin gelişimsel kökeni ile hassas tıp potansiyeline dair yeni içgörüler sağlamaktadır.

Özet (Çeviri)

Pediatric cancers are unique biologically from adult malignancies in that they are caused more by developmental dysplasia rather than accumulated environmental exposure. Despite improvement in treatments, high-risk and refractory cases are considered an important clinical problem that requires the identification of powerful biomarkers and targets for new therapies. This thesis focuses on the intricate molecular terrains of five key pediatric malignancies: Neuroblastoma, Osteosarcoma, Retinoblastoma, Acute Lymphoblastic Leukemia (ALL) and Acute Myeloid Leukemia (AML) using the combination of multi-omics data and building Gene Regulatory Networks (GRNs). By using systems biology techniques such as network topology and Jaccard similarity mapping, the regulatory architecture of these different cancers is explained in this study. The results show that although each malignancy shows a very particular transcriptional architecture with minimal overlap on genes, especially transforming hematological and solid tumors, they converge on common oncogenic pathways. Furthermore, some specific regulatory interactions such as novel miRNA-mediated pathways were identified as potential diagnostic targets. These results indicate that the extent of cross tissue similarity in pediatric cancer is dependent on the degree of analysis, in which different gene expression profiles support common themes of function. Ultimately this work gives a good characterization of pediatric cancers on a network basis, and provides new insights into the developmental origin and potential for precision medicine for these cancers.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    1013672

    Cancer subtyping and multi-omics analysis of common precursor B Acute Lymphoblastic Leukemias

    B hücreli (Common Precursor B) akut lenfoblastik lösemilerin kanser alt tiplemesi ve çoklu omic analizi

    BARAN ALKAN

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2026

    Biyoistatistikİstanbul Medeniyet Üniversitesi

    Biyoistatistik ve Tıp Bilişimi Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. ELİF KUBAT ÖKTEM

    PROF. DR. HANDAN ANKARALI

  2. Tez No

    919032

    Biological Network Modeling of Pediatric Retinoblastoma for Early Diagnosis and Drug Repurposing

    Pediatrik retinoblastomanın erken tanısı için biyolojik ağ modellemesi ve ilaç yeniden konumlandırma

    SENA ÖZYİĞİT

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2025

    BiyomühendislikMarmara Üniversitesi

    Biyomühendislik Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. BESTE TURANLI

  3. Tez No

    414058

    Coherent organization in gene regulatory networks

    Gen düzenleme ağlarında uyumlu örgütlenme

    NEŞE ARAL

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2015

    BiyofizikKoç Üniversitesi

    Fizik Ana Bilim Dalı

    YRD. DOÇ. DR. ALKAN KABAKÇIOĞLU

  4. Tez No

    305123

    Modern mathematical methods in modeling and dynamics of regulatory systems of gene-environment networks

    Gen-ortam ağlarının düzenleyici sistemlerinin dinamikleri ve modellemesinde modern matematiksel yöntemler

    ÖZLEM DEFTERLİ

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2011

    MatematikOrta Doğu Teknik Üniversitesi

    Matematik Bölümü

    DOÇ. DR. SONGÜL KAYA MERDAN

    PROF. DR. GERHARD WİLHELM WEBER

  5. Tez No

    379870

    Analysis of motifs in microRNA-transcription factor gene regulatory networks

    MikroRNA-transkripsiyon faktörü gen regülasyon ağlarında motif analizi

    BİLGE SÜRÜN

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2014

    İstatistikOrta Doğu Teknik Üniversitesi

    Biyoenformatik Ana Bilim Dalı

    YRD. DOÇ. DR. AYBAR CAN ACAR

    DOÇ. DR. VİLDA PURUTÇUOĞLU GAZİ

Geri Dön