(Z)-2-metoksi-4-(((3-substitüe-5-okso-1,5-dihidro-4H-1,2,4-triazol-4-il)imino)metil)fenil furan-2-karboksilat bileşiklerinin moleküler docking ve admet çalışmaları
Molecular docking and admet investigations of (Z)-2-methoxy-4-(((3-substituted-5-oxo-1,5-dihydro-4H-1,2,4-triazol-4-yl)imino)methyl)phenyl furan-2-carboxylate compounds
- Tez No: 983726
- Danışmanlar: DOÇ. DR. MURAT BEYTUR
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Kimya, Chemistry
- Anahtar Kelimeler: Moleküler kenetleme, Schiff bazları, Molecular docking, Schiff bases
- Yıl: 2025
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Kafkas Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Kimya Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Organik Kimya Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Moleküler doking hesaplamaları ile biyolojik aktivite etkinliği hakkında bilgiler edinilebilir. Bu yöntem, ligandın hedef proteinin aktif bölgesine en uygun biçimde yerleşimini ve buna karşılık gelen bağlanma enerjisini hesaplamayı hedefler. Ayrıca, ADME/T (Emilim, Dağılım, Metabolizma, Atılım ve Toksisite) yöntemiyle potansiyel ilaç adaylarının insan vücudu üzerindeki olası farmakolojik etkilerini ve biyolojik tepkimelerini öngörülebilir. Teorik olarak hesaplanan biyolojik parametreler sayesinde, moleküllerin farklı organ ve dokular üzerindeki etkileri değerlendirilebilir. Yüksek lisans tez çalışmasında, 3-metoksi-4-hidroksi benzaldehidin trietilamin varlığında furan-2-karbonil klorür ile reaksiyonu sonucu 2-metoksi-4-formilfenil furan-2-karboksilat (2) bileşiği elde edilmiştir. Aldehid substituentli ester bileşiğinin literatürde kayıtlı 9 farklı 1,2,4-triazol türevi (1) ile reaksiyonundan elde edilen 9 adet farklı 2-etoksi-4-((3-substitüe-5-okso-1,5-dihidro-4H-1,2,4-triazol-4-il)-iminometil)fenil furan-2-karboksilat (3) bileşiklerinin ADMET ve moleküler docking parametreleri incelenmiştir. 1,2,4-triazol türevli furan-2-karboksilat bileşiklerinin (3a-i) ADMET analizinde SwissADME yazılım veritabanı kullanılarak absorpsiyon, dağılım, metabolizma ve atılım verileri in silico olarak hesaplanmıştır. Son olarak, Asetilkolinesteraz (AChE) ve Bütirilkolinesteraz (BChE) enzimleri ile Schiff bazı türevli bileşiklerin (3a-i) bağlanma mekanizmasını gösteren moleküler docking çalışmaları yapılmıştır. Moleküler docking işlemini gerçekleştirebilmek için AutoDock yazılımı kullanılmıştır. Bileşiklerin docking işleminin gerçekleştirileceği hedef reseptör olarak seçilen enzimler Protein Veri Bankası (PDB) web sitesinden [http://www.rcsb.org/pdb] pdb formatında elde edilmiştir. Discovery studio programı yardımıyla sonuçların analizleri gerçekleştirildi. Grid sandığı ve xyz koordinatları incelenen tüm enzimlerin aktif bölgesini kapsayacak şekilde uygulanmış ve ardından dosya kayıt edilerek docking işlemi tamamlanmıştır.
Özet (Çeviri)
Molecular docking calculations can provide information on biological activity efficiency. This method aims to calculate the optimal placement of the ligand in the active site of the target protein and the corresponding binding energy. Additionally, possible drug candidates' pharmacological effects and biological reactions in the human body can be predicted using the ADME/T (Absorption, Distribution, Metabolism, Excretion, and Toxicity) technique. The impact of molecules on various organs and tissues can be assessed because of biological parameters that have been computed theoretically. In the master's thesis study, 2-methoxy-4-formylphenyl furan-2-carboxylate (2) compound was obtained by the reaction of 3-methoxy-4-hydroxy benzaldehyde with furan-2-carbonyl chloride in the presence of triethylamine. ADMET and molecular docking parameters of 9 different 2-ethoxy-4-((3-substituted-5-oxo-1,5-dihydro-4H-1,2,4-triazol-4-yl)-iminomethyl)phenyl furan-2-carboxylate (3) compounds obtained from the reaction of the aldehyde substituted ester compound with 9 different 1,2,4-triazole derivatives (1) recorded in the literature were investigated. The SwissADME software database was used to compute absorption, distribution, metabolism, and excretion data in silico for the ADMET analysis of furan-2-carboxylate molecules (3a–i) generated from 1,2,4-triazole. The binding mechanism of Schiff base-derived compounds (3a–i) with the enzymes acetylcholinesterase (AChE) and butyrylcholinesterase (BChE) was finally demonstrated by molecular docking experiments. AutoDock software was used to perform the molecular docking process. The enzymes selected as target receptors for docking were obtained in pdb format from the Protein Data Bank (PDB) website [http://www.rcsb.org/pdb]. The Discovery Studio software was used to examine the results. After covering the active sites of every enzyme under study with the grid and XYZ coordinates, the docking process was finished by saving the file.
Benzer Tezler
- Yeni imidazolyum türü n-heterosiklik karbenlerin sentezleri ve heck reaksiyonu ile bazı heterohalkalı bileşiklerin türevlendirilmelerindeki uygulamaları
Synthesis of new imidazolium type n-heterocyclic carbenes and their applications in the derivatization of some heterocyclic compounds by the heck reaction
MELİHA ÇETİN
- 4-Amino-3,5-dimetilpirazolden türeyen sübstitüe üre, tiyoüre ve hidrazonların sentezi ve biyolojik aktivitelerinin incelenmesi
Synthesis of substituted urea, thiourea and hydrazones from 4-amine-3,5-dimethylpyrazole and studying the biological activities
BEDİA KAYMAKÇIOĞLU
Doktora
Türkçe
2001
Eczacılık ve FarmakolojiMarmara ÜniversitesiFarmasötik Kimya Ana Bilim Dalı
PROF.DR. SEVİM ROLLAS
- Synthesis and biological activity studies of some novel indole ring-linked thiazolidone hybrid molecules
Yeni bazı indol ve tiyazolidine halkalarını birlikte taşıyan moleküllerin sentezi ve biyolojik aktivite
ABDULRAHMAN ABBA
Doktora
İngilizce
2024
Eczacılık ve FarmakolojiYeditepe ÜniversitesiFarmasötik Kimya Ana Bilim Dalı
Prof. Dr. HÜLYA AKGÜN
- Bodipy ve aza-bodipy bileşiklerinin iki foton soğurma, floresans ve ultra hızlı spektroskopik özelliklerinin incelenmesi
Two photon absorption, fluorescence and ultrafast spectroscopic properties of bodipy and aza-bodipy components
SEZEN TEKİN
Doktora
Türkçe
2013
Fizik ve Fizik MühendisliğiAnkara ÜniversitesiFizik Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. HALİME GÜL YAĞLIOĞLU