Asit reseptörleri/kolorektal kanser bağlantısının virtual screening yöntemiyle belirlenen yamogenin ve asit stimülasyonu aksında Otopetrin-1 proteini üzerinden in vitro ve in silico değerlendirilmesi
In vitro and in silico evaluation of yamogenin and acid stimulation axis via Otopetrin-1 in the acid receptors–colorectal cancer linkage identified by virtual screening
- Tez No: 983548
- Danışmanlar: PROF. DR. ECE ŞİMŞEK
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Beslenme ve Diyetetik, Nutrition and Dietetics
- Anahtar Kelimeler: Antikanser, Anticancer
- Yıl: 2025
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Akdeniz Üniversitesi
- Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Beslenme ve Diyetetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Amaç: Tezin amacı, sanal tarama yöntemiyle belirlenen, bir steoridal saponin olan yamogeninin kolorektal kanser hücrelerinin proliferasyon ve migrasyon kapasitelerini Otopetrin proteinleri üzerinden regüle edip etmediğinin belirlenmesidir. Bir diğer amacı da ortam asiditesinin yamogeninin Otopetrin-1 proteini üzerindeki potansiyel etkisini aydınlatmaktır. Yöntem: Yamogenin'in tek başına ve laktik asitle uyarılmasıyla Caco-2 hücreleri üzerindeki etkileri in vitro olarak incelenmiştir. Proliferasyon, migrasyon ve OTOP1 protein düzeyleri sırasıyla MTT, yara oluşumu ve ELISA testleriyle değerlendirilmiştir. Ayrıca yamogenin'in Otopetrin protein ailesiyle etkileşimi moleküler doking yöntemiyle analiz edilmiştir. Bulgular: Yamogenin'in Caco-2 hücreleri üzerindeki antiproliferatif etkisi düşük dozlarda dahi görülmüştür asidik ortam ise bu etkinliği arttırmıştır. Düşük doz laktik asitle stimüle edilen hücrelerde proliferasyonda artış gözlenirken yüksek doz laktik asit sitotoksik etki göstermiştir. Migrasyon analizlerinde, yamogenin ve yüksek doz laktik asitin Caco-2 hücre göçünü inhibe ettiği gözlenmiştir. OTOP1 proteinin ekspresyonu proliferasyon düzeyleri ile ters ilişkili bulunmuştur. Moleküler doking sonuçları da bu bulguları destelemiştir. Yamogenin'in tüm Otopetrin proteinlerine yüksek affinite ile bağlanmış en yüksek bağlanma affinitesini Otopetrin2'nin merkezi cebinde sağlamıştır. Sonuç: Elde edilen bulgular, yamogenin'in asidik mikroçevre koşullarında Caco-2 hücrelerinde antiproliferatif ve antimetastatik etki gösterdiğini ortaya koymuştur. Asidik ortamın, yamogenin'in hücre canlılığını azaltıcı etkisini güçlendirdiği ve hücre migrasyonunu baskıladığı belirlenmiştir. Otopetrin1 proteininin kolorektal kanser hücrelerinde ekspresyonu ilk defa bu çalışma ile gösterilmiştir. Ayrıca, yamogeninin laktik asit stimülasyonu sonrası Otopetrin1 proteini ile güçlü bir etkileşim gösterdiği kanıtlanmıştır. Bu sonuçlar, Otopetrin1'in KRK tedavisinde hedef bir protein olabileceğini göstermektedir.
Özet (Çeviri)
Objective: The aim of this thesis is to investigate whether yamogenin, a steroidal saponin identified through virtual screening, regulates the proliferation and migration capacities of colorectal cancer cells via Otopetrin proteins. Another objective is to elucidate the potential effect of environmental acidity on yamogenin's interaction with the Otopetrin-1 protein. Method: The effects of yamogenin, both alone and in combination with lactic acid stimulation, were examined in vitro on Caco-2 cells. Proliferation, migration, and OTOP1 protein levels were evaluated using MTT, wound-healing, and ELISA assays, respectively. Additionally, the interaction between yamogenin and the Otopetrin protein family was analyzed using molecular doking methods. Results: The antiproliferative effect of yamogenin on Caco-2 cells was observed even at low concentrations, and acidic conditions further enhanced this effect. Low-dose lactic acid stimulation increased proliferation, whereas high-dose lactic acid exhibited cytotoxic effects. Migration analysis revealed that both yamogenin and high-dose lactic acid inhibited Caco-2 cell migration. The expression of the OTOP1 protein was found to be inversely correlated with proliferation levels. Molecular doking results supported these findings, showing that yamogenin binds to all Otopetrin proteins with high affinity, with the highest binding affinity observed in the central pocket of Otopetrin-2. Conclusion: The findings demonstrate that yamogenin exhibits antiproliferative and antimetastatic effects on Caco-2 cells under acidic microenvironmental conditions. The acidic environment enhanced the cytotoxic effects of yamogenin and suppressed cell migration. The expression of the Otopetrin-1 protein in colorectal cancer cells was demonstrated for the first time in this study. Furthermore, it was confirmed that yamogenin interacts strongly with the Otopetrin-1 protein following lactic acid stimulation. These results suggest that Otopetrin-1 may serve as a potential target protein in colorectal cancer therapy.
Benzer Tezler
- Folat-glukarik asit konjugatının sentezi, 99mTc ile işaretlenmesi ve biyodağılımı
Synthesis of folate-glucaric acid conjugate, labeling with 99mtc and biodistribution
MEHMET ONURSAL
Yüksek Lisans
Türkçe
2011
KimyaEge ÜniversitesiNükleer Bilimler Ana Bilim Dalı
PROF. DR. FATMA YURT LAMBRECHT
- Serviks kanseri hücre hattında 2z-(1,2- dihidro-6- metoksi-2-okso- 1-pentil-3h- indol 3- yliden) hidrazid benzoik asit (MDA77)' in KLK-6 ve KLK-8 proteinleri düzeyi üzerine etkisi
Effect of 2z-(1,2-dihydro-6-methoxy-2-oxo-1-pentyl-3h-indol-3-ylidene) hydrazide benzoic acid (MDA77) on KLK-6 and KLK-8 protein levels in cervical cancer cell line
ABOUYE KHAMIS AMZINA
Yüksek Lisans
Türkçe
2025
Tıbbi BiyolojiAnkara Yıldırım Beyazıt ÜniversitesiKanser Biyolojisi Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ENDER ŞİMŞEK
- Targeting circulating breast cancer stem cells via mTOR and WNT inhibitors after bone metastasis
Sirküle meme kanseri kök hücrelerinin kemik metastazı sonrası mTOR ve WNT inhibitörleri ile hedeflenmesi̇
ÖZLEM ALTUNDAĞ ERDOĞAN
Doktora
İngilizce
2025
BiyokimyaHacettepe ÜniversitesiKök Hücre Ana Bilim Dalı
PROF. DR. BETÜL ÇELEBİ SALTIK
- Kolon kanserinde probiyotik bakterilerin etkisinin immün sistem açısından araştırılması
Investigation the effect of probiotic bacteria in colon cancer in terms of immune system
SAFAA ALTVEŞ
Doktora
Türkçe
2022
Tıbbi BiyolojiNecmettin Erbakan ÜniversitesiTıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. HASİBE VURAL
- Primer ve metastatik insan kolon kanseri hücre hatlarındaα-laktalbumin ve sulindac'ın mitokondriyal apoptotik yolaküzerinden etkisinin immünohistokimya ve elektronmikroskobik yöntemlerle değerlendirilmesi
Evaluation of effects of α-lactalbumin and sulindac on primaryand metastatic human colon cancer cell lines via mitochondrialapoptotic pathway by immunohistochemistry and electronmicroscopy assays
IŞIL AYDEMİR
Yüksek Lisans
Türkçe
2009
Histoloji ve EmbriyolojiManisa Celal Bayar ÜniversitesiHistoloji ve Embriyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. HAFİZE SEDA VATANSEVER