Development of systems to produce antibodies to target tumor-stroma crosstalk
Tümör-stroma etkileşimini hedef alan antikorlar üretmek için sistemlerin geliştirilmesi
- Tez No: 977353
- Danışmanlar: PROF. DR. DEVRİM GÖZÜAÇIK, DR. YUNUS AKKOÇ
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Moleküler Tıp, Genetik, Biology, Molecular Medicine, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2025
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Koç Üniversitesi
- Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Tıbbi Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Kanser hücreleri, tümör mikroçevrelerini (TME) adaptasyonlarını kolaylaştıracak şekilde programlayabilir ve böylece kanser sağ kalımını, ilerlemesini ve metastazını etkileyebilir. Bu bağlamda, stroma bileşenlerini ve çeşitli kanser türlerindeki rollerini açıklamak ve tanı, tedavi ve takipteki potansiyel uygulamalarını araştırmak çok önemlidir. Daha önce, kanser kaynaklı salgılanan faktörlerin, sitokinlerin, stromal otofajiyi ve kanser-stroma sinyalleşmesini düzenleyerek tümör kaderini değiştirdiğini gösterilmiştir. Bu tez, tümör mikroçevresindeki sitokinleri hedef alan antikor bazlı ilaçlar üretmek için sistemler geliştirmeyi amaçlamaktadır. Bunu başarmak için, rekombinant sitokinler üretmek için sistemler geliştirdik ve bir fare tek zincirli değişken fragman (scFv) kütüphanesi oluşturduk. Bunları elde etmek için öncelikle sitokinlerin cDNA'sını pGEX4T2 ve pGEX4T1-3xFLAG dahil olmak üzere farklı IPTG ile indüklenebilir, lac-promotör içeren vektörlere klonladık. Pozitif klonlarımızı doğruladık ve BL21 E. coli hücreleri kullanarak rekombinant GST ve GST-FLAG etiketli sitokinler üretmek için protokolleri daha da optimize ettik. İkinci bölümde, protokolleri optimize etmeye ve faj görüntüleme teknolojisiyle rekombinant scFv antikorları oluşturmaya odaklanıldı. Bu nedenle, öncelikle antikor değişken hafif (VL) ve değişken ağır (VH) zincirlerinin dizilerini belirledik. Çeşitli bir scFv antikor kütüphanesi oluşturmak için, VL ve VH fragmanları üretmek üzere en az 36 oligo tasarladık. Fragmanlar, SOE-PCR (örtüşme uzatma yoluyla ekleme) ile daha da birleştirildi ve rekombinant sitokinlere karşı daha ileri faj görüntüleme çalışmaları için pCANTAB-5E faj görüntüleme plazmidine klonlandı. Genel olarak, rekombinant sitokinler ve rekombinant scFv antikorları üretmek için sistemler oluşturduk. Bu çalışma, tümör stromasında spesifik sitokinleri hedef alan yeni, spesifik ve ilaç potansiyeline sahip antikorların keşfine yol açabilir ve potansiyel olarak yeni bir kanser tedavisi olarak kullanılabilir.
Özet (Çeviri)
Cancer cells can program their tumor microenvironment (TME) in a manner that facilitates their adaptation, thereby influencing cancer survival, progression, and metastasis. In this context, it is crucial to elucidate the stroma components and their roles in various cancer types, as well as to investigate their potential applications in diagnosis, treatment, and follow-up. Previously, we demonstrated that cancer-derived secreted factors, cytokines, alter tumor fate through regulating stromal autophagy, cancer-stroma signaling. This thesis aims to develop systems for producing antibody-based drugs that target cytokines in the tumor microenvironment. To achieve this, we developed systems to produce recombinant cytokines and established a mouse single-chain variable fragment (scFv) library. To obtain these, we first cloned cDNA of cytokines into different IPTG-inducible, lac-promoter-containing vectors, including pGEX4T2 and pGEX4T1-3xFLAG. We validated our positive clones and further optimized the protocols to produce recombinant GST- and GST-FLAG-tagged cytokines using BL21 E. coli cells. In the second part, we focus on optimizing protocols and establishing recombinant scFv antibodies through phage display technology. Hence, we first determined the sequences of the antibody variable light (VL) and variable heavy (VH) chains. To establish a diverse scFv antibody library, we designed at least 36 oligos to produce VL and VH fragments. Fragments were further combined by SOE-PCR (splicing by overlap extension) and cloned into the pCANTAB-5E phage display plasmid for further phage display studies against recombinant cytokines. Overall, we established systems for producing recombinant cytokines and recombinant scFv antibodies. This study could lead to the discovery of new, specific, and drug-potential antibodies that target specific cytokines in the tumor stroma context, potentially serving as a new cancer therapeutic.
Benzer Tezler
- Development and structural determination of antiangiogenic recombinant antibody structures for cancer treatment
Kanser tedavisine yönelik antianjiogenik rekombinant antikor yapılarının geliştirilmesi ve yapısal tayini
MELİS DENİZCİ ÖNCÜ
Doktora
İngilizce
2022
Biyomühendislikİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı (disiplinlerarası)
PROF. DR. GİZEM DİNLER DOĞANAY
DR. AYLİN ÖZDEMİR BAHADIR
- Immunomodulatory effects of novel immune costimulator SA-4-1BBL in NNK-induced lung cancer preclinical model
İmmün kostimülatör SA-4-1BBL'nin NNK ile indüklenmiş akciğer kanseri preklinik modelindeki immünomodülatör etkileri
AYŞE ECE GÜLEN
Doktora
İngilizce
2024
OnkolojiHacettepe ÜniversitesiTemel Onkoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. HANDE CANPINAR
- Mide adenokarsinom'unda; yeni serum anti-tümör antikor paneli & hastalığın klinik belirteçleri ve tümör histopatolojisi ile ilişkisi
In stomach adenocarcinoma; new serum anti-tumor antibody panel & relationship with clinical markers of disease and tumor histopathology
İSMAİL GÖMCELİ
Tıpta Yan Dal Uzmanlık
Türkçe
2011
OnkolojiSağlık BakanlığıGastroentoroloji Cerrahisi Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ERDAL BİROL BOSTANCI
- Expression profiling of Helicobacter-activated regulatory B cells
Helicobacter-aktive regülatör B hücrelerinde gen ifadesinin belirlenmesi
SAWSAN S.A. SAID
Doktora
İngilizce
2018
Allerji ve İmmünolojiİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı (disiplinlerarası)
DOÇ. DR. AYÇA SAYI YAZGAN
- Rekombinant ROR1 tirozin kinaz antijeninin üretilmesi
Production of recombinant ROR1 tyrosine kinase antigen
MERVE SAMUR
Yüksek Lisans
Türkçe
2022
BiyoteknolojiAnkara ÜniversitesiBiyoteknoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ARZU ATALAY