Folded proteins are adaptive structures
Katlanmış proteinler akıllı yapılardır
- Tez No: 95425
- Danışmanlar: PROF. ALİ RANA ATILGAN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: İnşaat Mühendisliği, Civil Engineering
- Anahtar Kelimeler: Akıllı binalar, Kararlılık, Katlanmış proteinler, Intelligent buildings, Stability, Folded proteins
- Yıl: 2000
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Boğaziçi Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: İnşaat Mühendisliği Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
FOLDED PROTEINS ARE ADAPTIVE STRUCTURES OZET Akıllı mühendislik yapıları üzerine geliştirilmiş bulunan kuram katlanmış proteinlere uyarlanmıştır. Lokal sıkışma geometrisine dayalı düşük uzaylı bir yapısal kontrol modeli, işlev-kararlılık ilişkisini kurmak üzere kullanılmıştır. Yoğun şekilde sıkışmış bölgelerin esnek kısımların denetiminde aldığı rolün anlaşılması için, yöntem iki boyutlu kafes çalışmaları ile test edilmiş ve daha sonra protein yapılarına uygulanmıştır. En kararlı bölgelerce desteklenen üçüncül bağlarda birlik halde devreye sokulan hareketlenmelerin, biyolojik aktiviteden sorumlu bölgelerin hareketlerini denetlediği görülmüştür. Bovine pancreatic trypsin inhibitörünün aktif ilmek bölgesinin, kısmen, yüksek yoğunlukta sıkışmış ve düşük sıcaklık dalgalanması ortalaması gösteren kısımlarca denetlendiği belirlenmiştir. Barnase'in mutasyona duyarlı aktif konumları, birleşik bir kontrol mekanizması ile, iki büyük çekirdek bölgesiyle ve kararlılığa katkıda bulunan rezidülerle ilişkilendirilmiştir. Cytochrome c proteinine bağlı demir grubunun hareketlerinin, akıllı yapılar modeline uygun olarak, katlanmanın değişik basamaklarında rol aldıkları deneysel verilerle belirlenmiş bulunan ve bu familya içerisinde evrim sırasında korunan rezidüler tarafından kontrol edildiği gösterilmiştir. tC YÜKSEKÖĞRETİM KUROUl DOKÜMANTASYON MERKEZİ
Özet (Çeviri)
IV FOLDED PROTEINS ARE ADAPTIVE STRUCTURES ABSTRACT The theory of adaptive engineering structures is adapted to native proteins. An integrated low-resolution structural control model based on local packing geometry is utilized to establish function-stability relationships. The method is tested with two-dimensional parametric studies for understanding the role of densely-packed regions in the control of flexible parts and then applied to three protein structures. Cooperative insertion of fluctuations at tertiary contacts that are sustained by the most stable regions of the native structure moderates the motion of groups that are responsible for biological activity. The active loop of bovine pancreatic trypsin inhibitor is partially controlled by a network of residues with high packing density and low mean thermal fluctuations. Mutation sensitive binding positions in barnase are related to the two major cores and stabilizing residues with a united control mechanism. The motion of the heme iron of cytochrome c is shown to be controlled by adaptively located residues that are observed in experiments to play an essential role at different stages of folding, and are conserved within the family of sequences.
Benzer Tezler
- Equilibrum dynamics of folded proteins
Katlanmış proteinlerin denge dinamikleri
MELİK CUMHUR DEMİREL
Yüksek Lisans
İngilizce
1998
İnşaat MühendisliğiBoğaziçi Üniversitesiİnşaat Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ALİ RANA ATILGAN
- Normal ve anormal koşullarda G protein ekspresyonunun düzenlenmesi
The regulation of G protein expression in normal and abnormal conditions
TAMMAM SİPAHİ
- Çörekotu (Nigella sativa l.) lipaz enziminin stabilizasyonuna şekerlerin etkisi
Başlık çevirisi yok
AYSUN AKIN
Yüksek Lisans
Türkçe
1998
Kimya Mühendisliğiİstanbul Teknik ÜniversitesiKimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. GÜLDEM ÜSTÜN
- Enzim izalasyonu ve katalitik etkisinin incelenmesi
Isolation and characterization of notive lipase
NURSEL ÇERÇİOĞLU
- Isırgan tohumu lipazının enzimatik hidroliz yönteminde kullanılabilirliğinin incelenmesi
Başlık çevirisi yok
NİLGÜN TOKMAN