Equilibrum dynamics of folded proteins
Katlanmış proteinlerin denge dinamikleri
- Tez No: 76454
- Danışmanlar: PROF. DR. ALİ RANA ATILGAN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: İnşaat Mühendisliği, Civil Engineering
- Anahtar Kelimeler: Amino asitler, Gauss modeli, Proteinler, Amino acids, Gaussian model, Proteins
- Yıl: 1998
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Boğaziçi Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: İnşaat Mühendisliği Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
ÖZET Proteinlerin denge dinamikleri elastik ağ yapısına sahip Gaussian bir model kabul edilerek çalışılmıştır. Bu ağ yapısı amino asitlerin Ca atomlarının birbirine bağlanması ile oluşturulmuştur. Katlanmış protein içindeki / ve j C" atomları arasındaki dalgalanma hareketinin Gaussian bir dağılıma uyduğu kabul edilmiştir. Dalgalanma hareketin bu modeldeki nedeni quadratik yapıdaki bir iç enerjiye dayandırılmıştır. Bu model katlanmış yapı içindeki devinimleri yüksek rezidülerin bulumasında kullanılmıştır. Devinimleri yüksek rezidüler denge konumda iken en yüksek frekansta dalgalanmaya katkıda bulunan rezidüler olarak tanımlanmıştır. Teori bir çok proteine uygulanmıştır: chymotrypsin inhibitor 2, cytochrome c, C2 proteinleri ve CheY. Katlanma sürecinde önemli olarak belirtilen ve üçüncül yapının stabil kalmasında kritik önemi olduğu bilinen rezidüler doğru olarak belirlenmiştir.
Özet (Çeviri)
IV ABSTRACT Equilibrium dynamics of proteins is studied using a Gaussian model in which the protein is viewed as an elastic network based on local residue packing densities and contact topology. The network is formed by joining the C" atoms of the amino acids. The fluctuations between the ith and jth Ca atoms in the folded protein are assumed to obey a Gaussian distribution. The fluctuations are described by this model based on an internal Hamiltonian that has a quadratic form. The model is used for identifying the kinetically hot residues in folded structures. The kinetically hot residues are identified as the ones that participate in the highest frequency fluctuations at the equilibrium configuration. The theory is applied to a series of proteins: chymotrypsin inhibitor 2, cytochrome c, related C2 proteins and CheY. Most of the residues previously pointed out to underlie the folding process of these proteins, and to be critically important for the stabilization of the tertiary fold, are correctly identified.
Benzer Tezler
- Katlanmış plaklar için sonlu eleman formülasyonu
Finite element method formulation for folded plates
NİHAT ERATLI (UZCAN)
- Asenkron makinanın hız kontrolü için PID kontrolör tasarımı
The design of pid controller for an induction machine speed control
OKAN TEKMAN
Yüksek Lisans
Türkçe
1997
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrolİstanbul Teknik ÜniversitesiKontrol ve Bilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. SALMAN KURTULAN
- Zayıf birinci derece faz geçişlerinde faz ayrılmasının incelenmesi
Investigation of phase separation in first-order phase transition
HANDAN ARKIN
Yüksek Lisans
Türkçe
2000
Fizik ve Fizik MühendisliğiHacettepe ÜniversitesiFizik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. TARIK ÇELİK
- Dynamics of structured populations and an optimal harvesting model
Yapılandırılmış popülasyonların dinamiği ve bir optimal ürün alma modeli
CELİL EKİCİ
Yüksek Lisans
İngilizce
1995
MatematikOrta Doğu Teknik ÜniversitesiPROF.DR. OKTAY ÇELEBİ
Y.DOÇ.DR. BİLLUR KAYMAKÇALAN