Molecular subtyping in colon cancer through consensus clustering of multi-omics data
Çoklu omik verilerinin konsensus kümelemesi aracılığıyla kolon kanserinin moleküler alt tiplemesi
- Tez No: 919519
- Danışmanlar: PROF. DR. KAZIM YALÇIN ARGA
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Moleküler Tıp, Biyoistatistik, Onkoloji, Molecular Medicine, Biostatistics, Oncology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2025
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Marmara Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyomühendislik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Biyomühendislik Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Kolon kanseri, dünya çapında kansere bağlı ölümlerin en yaygın nedenlerinden biridir ve en yaygın histolojik alt tiplerinden biri kolon adenokarsinomudur. Kolon kanseri hastaları, hastalığın çok çeşitli heterojen yapısından dolayı mevcut tedavi stratejilerinden yeterince yararlanamamaktadır. Kanserin moleküler alt tiplendirilmesi, kanserin heterojenliği hakkında derinlemesine bilgi sağlayabilir ve en uygun hedefe yönelik tedavi stratejilerinin seçimine katkıda bulunabilir. Bu çalışmanın temel amacı, çoklu omik verilere ve bütünleştirici kümeleme algoritmalarına dayalı konsensüs kümeleri oluşturarak kolon kanserinin kapsamlı moleküler karakterizasyon analizini gerçekleştirmektir. Ayrıca hastalar sistematik olarak sınıflandırılarak spesifik moleküler özellikleri belirlenerek hassas onkoloji uygulamalarının önü açıldı. Bu tez çalışmasında kolon adenokarsinomu, R paketi“MOVICS”kullanılarak multi-omik verilere ve 10 bütünleştirici kümeleme algoritmasına dayalı konsensüs kümeleri oluşturularak sistematik olarak sınıflandırılmış ve tanımlanan alt tipler çeşitli açılardan incelenerek kişiye özel tedavi seçenekleri değerlendirilmiştir. Sağlam bir kümeleme çıktısı elde etmek için doğrulama kohortunda eş zamanlı olarak alt tipleme analizleri de yapıldı ve her iki analizin sonuçları tutarlılık ve tekrarlanabilirlik açısından değerlendirildi. Sonuç olarak COAD'ın yüksek hassasiyetle tespit edilen 2, 3 ve 4 alt kümesi ayrı ayrı değerlendirildi. Her üç değerlendirme sonucunda alt tiplerin mRNA, lncRNA, miRNA, metilasyon ve mutasyon açısından farklılık gösterdiği belirlendi. Özellikle APC mutasyonu her üç değerlendirmede de en sık mutasyona uğrayan gendi. Evreye bağlı farklılıklar sadece 4 alt tipleme çalışmasında görüldü. Her üç değerlendirme sonucunda 5-fluorouracil, cisplatin, paclitaxel, SN-38, rapamycin ve imatinib ilaç tedavilerine istatistiksel olarak anlamlı yanıt olduğu belirlendi. Ayrıca validasyon analizleri ile analizlerin doğruluğu teyit edilmiştir.
Özet (Çeviri)
Colon cancer is one of the most common causes of cancer-related deaths worldwide, and one of the most common histological subtypes is adenocarcinoma of the colon. Colon cancer patients cannot benefit sufficiently from current treatment strategies due to the great diversity and heterogeneity of the disease. Molecular subtyping of cancer can provide profound information about the heterogeneity of the cancer and contribute to the selection of the most appropriate targeted treatment strategies. The main objective of this thesis study was to perform a comprehensive molecular characterization analysis of colon cancer by creating consensus clusters based on multi omics data and integrative clustering. In addition, patients were systematically classified, their specific molecular characteristics were determined and the way for precision oncology applications has been paved. In this thesis study, adenocarcinoma of the colon was systematically classified by creating consensus clusters based on multi-omics data and 10 integrative clustering algorithms using the R package“MOVICS”, and personalized treatment options were evaluated by examining the defined subtypes with respect to various parameters. In order to obtain a robust clustering output, subtyping analyses were also performed simultaneously in the validation cohort and the results of both analyses were evaluated for consistency and reproducibility. In conclusion, 2, 3 and 4 subsets of COAD, which were detected with high sensitivity, were evaluated separately. As a result of all three evaluations, it was determined that the subtypes differed in terms of mRNA, lncRNA, miRNA, methylation and mutation. In particular, APC mutation was the most frequently mutated gene in all three evaluations. Differences depending on stage were seen only in 4 subtyping studies. As a result of all three evaluations, it was determined that there was a statistically significant response to 5-fluorouracil, cisplatin, paclitaxel, SN-38, rapamycin and imatinib drug treatments. In addition, the accuracy of the analyzes was confirmed by validation analyses.
Benzer Tezler
- Surveillance study of Salmonella in fresh peppers (Capsicum annuum L.) and inactivation by high hydrostatic pressure treatment
Taze biberlerde (Capsicum annuum L.) Salmonella araştırılması ve yüksek hidrostatik basınç ile inaktivasyonu
ÖZLEM GÖZDE POLAT KILIÇ
Yüksek Lisans
İngilizce
2014
Gıda MühendisliğiOrta Doğu Teknik ÜniversitesiGıda Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. HAMİ ALPAS
YRD. DOÇ. DR. YEŞİM SOYER
- Klinik örneklerden izole edilen staphylococcus aureus ve koagülaz negatif stafilokoklarda dezenfektan/antiseptikler ve antibiyotik direncinin moleküler mekanizmalarının tespiti ve suşlar arasındaki filogenetik ve klonal ilişkinin SPA gen sekans tipleme ve pulse field gel electrophoresis yöntemleri ile araştırılması
Detection of molecular mechanisms of disinfectant/antiseptic and antibiotic resistance in staphylococcus aureus and coagulase negative staphylococci which were isolated from clinical samples and determining the phylogenetic and clonal relationship by using SPA gene sequence typing and pulse field gel electrophoresis method
HAMDULLAH SUPHİ BAYRAKTAR
Doktora
Türkçe
2019
MikrobiyolojiÇukurova ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. FATİH KÖKSAL
PROF. DR. NİZAMİ DURAN
- İnvaziv meme karsinomlarında immünohistokimyasal yöntemle moleküler subtiplendirme ve prognostik değerlendirme
Molecular subtyping by immunohistochemical staining and progostic evaluation in invasive breast carcinomas
ASUMAN KİLİTCİ
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2014
PatolojiAbant İzzet Baysal ÜniversitesiPatoloji Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. GÜLZADE ÖZYALVAÇLI
- Ürotelyal karsinomda moleküler subtiplendirilme ve EGFR (Epidermal büyüme faktörü reseptörü) ekspresyonunun araştırılması
Molecular subtyping and investigation of EGFR (epidermal growth factor receptor) expression in urothelial carcinoma
YUSUF ÖNDER ÖZSAĞIR
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2022
ÜrolojiRecep Tayyip Erdoğan ÜniversitesiÜroloji Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ EYÜP DİL
- Üst üriner sistem ürotelyal kanserlerinde moleküler subtiplendirmenin prognoza etkisi
Effect of molecular subtyping on prognosis in upperurinary system urothelial cancers
MUAMMER BABAYİĞİT
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2022
ÜrolojiAnkara ÜniversitesiÜroloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ÇAĞATAY MEHMET GÖĞÜŞ