Identification and characterization of an intronic transcript for TLE1
TLE1 genine ait intronik bir transkriptin tanımlanması ve karakterize edilmesi
- Tez No: 897433
- Danışmanlar: PROF. DR. AYŞE ELİF ERSON BENSAN, DR. ÖĞR. ÜYESİ EZGİ KARACA EREK
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Biology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2024
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Labımızdaki yapılan önceki bir çalışmada, Östrojen (E2) ile düzenlenen yeni izoformları tanımlamak için yüksek çıktılı Nanopore dizileme teknolojisini (Oxford Nanopore Technologies, ONT) kullandık. ONT dizileme kullanımının avantajı, alternatif izoformların tespit edilmesini sağladı. Bu izoformlardan biri de intronik olarak poliadenile edilmiş TLE1 (Transducin-like enhancer protein 1) izoformudur. TLE1, farklı bağlamlarda transkripsiyonel bir korpresör olarak bilinir ancak aynı zamanda ER-kromatin etkileşimlerini olumlu yönde destekler. Bu tezde, bu intronik olarak sonlanan TLE1 izoformunu karakterize etmek için Yapay Zeka (YZ) tabanlı hesaplamalı modelleme ve deneysel laboratuvar deneylerini içeren kapsamlı bir yaklaşım kullandım. Çalışmanın sonuçları, bu mRNA izoformunun fonksiyonel sonuçlarını ortaya koymaktadır; bu izoform, C terminusu kısaltılmış olarak üretilir ve protein etkileşimleri için kritik olan domainleri eksiktir. Genel olarak, verilerimiz, kısaltılmış bir TLE1 proteininin kanonik proteinle birlikte var olabileceğini ve ER kromatin etkileşimlerinde rol oynayabileceğini ve E2 yanıtlı gen düzenlemesini değiştirebileceğini göstermektedir.
Özet (Çeviri)
In a previous study, we used the high-output Nanopore sequencing technology (Oxford Nanopore Technologies, ONT) to identify novel isoforms that are regulated by Estradiol (E2) in an Estrogen Receptor (ER) positive breast cancer model cell line. The advantage of using ONT sequencing allowed the discovery of alternative isoforms, one of which was an intronically polyadenylated TLE (Transducin-like enhancer protein 1) isoform. TLE1 is known as a transcriptional corepressor in different contexts but also positively assists ER-chromatin interactions. In this thesis, I used a comprehensive approach to characterize this intronically terminated TLE1 isoform using Artificial Intelligence (AI) based computational modeling and wet lab experiments. The results of the study present evidence of the functional consequences of this mRNA isoform that is translated but is C'terminus truncated and lacks critical domains for protein interactions. Overall, our data show that a truncated TLE1 protein co-exists with the canonical protein and could play a role in ER chromatin interactions and alter E2 responsive gene regulation.
Benzer Tezler
- Identification and characterization of an intronic transcript for IGFBP4
IGFBP4 genine ait intronik bir transkriptin tanımlanması ve karakterize edilmesi
UTKU CEM YILMAZ
Yüksek Lisans
İngilizce
2023
BiyolojiOrta Doğu Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. AYŞE ELİF ERSON BENSAN
- Identification and characterization of two intronic transcripts in MCF7 cells
MCF7 hücrelerinde iki adet intronik transkriptin tanımlanması ve karakterize edilmesi
İREM CEMİLE EROĞLU
Yüksek Lisans
İngilizce
2023
BiyolojiOrta Doğu Teknik ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. AYŞE ELİF ERSON BENSAN
- Identification and characterization of CDNF in an early onsetneurodegeneration
Erken başlangıçlı bir nörodejenerasyonda CDNF'in tanımlanması ve karakterizasyonu
AYBİKE ŞEHRİBAN BULUT
Yüksek Lisans
İngilizce
2023
Moleküler TıpAcıbadem Mehmet Ali Aydınlar ÜniversitesiGenom Çalışmaları Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ KAYA BİLGÜVAR
- Aedes cretinus sivrisinek türünde koku bağlayan proteine ait bir genin belirlenmesi ve moleküler karakterizasyonu
Identification and molecular characterization of an odorant-binding protein (OBP) gene in Aedes cretinus
SERAY ÖNDER
Yüksek Lisans
Türkçe
2017
BiyolojiGaziosmanpaşa ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. MERYEM ŞENAY ŞENGÜL DEMİRAK
- Identification and characterization of nickel tolerance genes in beta maritima
Beta maritima bitkisinde nikel tolerans genlerinin tanımlanması ve karakterizasyonu
GÖNENSİN OZAN BOZDAĞ
Yüksek Lisans
İngilizce
2009
Biyolojiİzmir Yüksek Teknoloji EnstitüsüMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. H. ÇAĞLAR KARAKAYA