Geri Dön

Identification and characterization of an intronic transcript for IGFBP4

IGFBP4 genine ait intronik bir transkriptin tanımlanması ve karakterize edilmesi

PDF İndir

  1. Tez No: 783312
  2. Yazar: UTKU CEM YILMAZ
  3. Danışmanlar: PROF. DR. AYŞE ELİF ERSON BENSAN
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Biyoloji, Biology
  6. Anahtar Kelimeler: Meme kanseri, Poliadenilasyon, mRNA, İzoform, Polyadenylation, mRNA, Isoform
  7. Yıl: 2023
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.

Özet

Alternatif poliadenilasyon, mRNA'ların 3'UTR'sinin uzunluğunu etkileyen bir mRNA işleme olayıdır. Poliadenilasyon bölgelerinin alternatif kullanımı bazen terminal ekzonlarda, proksimal ekzonlarda veya proksimal intronlarda meydana gelir. Bunun sonucu olarak da mRNA'ların 3'UTR uzunluğu ve kodlama dizisini etkiler. 3'-seq deneyi ile östrojen (E2) ile ilişkili poliadenilasyon değişikliklerini belirlemek için, IGFBP4 için erken bir intronik poliadenilasyon bölgesi saptadık. Bu tezde, östrojen reseptörü pozitif meme kanseri hücre hatlarında E2 maruziyetine yanıt olarak güçlü bir şekilde ifadesi pozitif yönde etkilenen intronik bir transkriptin varlığını doğrulamak için veriler sunuyorum. Bu izoformun ifade paterni, tam uzunluktaki izoformunkine zıt bir paterni takip ettiğini gözlemledik. Bu nedenle, ilk olarak bu izoformun karakterizasyonuna odaklandık. Transkriptin 3'-ucunu bir intronik yeni poli(A) sinyaliyle onayladım. Kanonik izoformun 3'UTR'sinde bulunan poli(A) sinyaline kıyasla aday poli(A) sinyalinin işlevselliğini test etmek için raportör tahlilleri yaptım. mRNA stabilitesi ve kodlama potansiyeli dahil olmak üzere intronik olarak poliadenilatlanmış izoformun karakterizasyonuna ilişkin ek bilgiler sağlıyorum. Bu izoformun fonksiyonel rolü hala net olmasa da, bu sonuçlar bir gen lokusundan kaynaklanabilecek farklı izoformların saptanması ve araştırılması ihtiyacını vurgulamaktadır.

Özet (Çeviri)

Alternative polyadenylation is a widespread mRNA processing event affecting the length of the 3'UTR of mRNAs. Alternative use of polyadenylation sites sometimes occurs in terminal exons, proximal exons, or proximal introns, affecting the coding 3'UTR length and even the coding sequence of the mRNA. To identify estrogen (E2) related polyadenylation changes by a 3'-seq experiment, we detected an early intronic polyadenylation site for IGFBP4 (insulin-like growth factor binding protein 4). In this thesis, I present data to confirm the existence of an intronic transcript that is robustly upregulated in response to E2 exposure in estrogen receptor-positive breast cancer cell lines. The expression pattern for this isoform follows an opposite pattern to that of the full-length isoform. Hence, we focused on the initial characterization of this isoform. I confirmed the 3'-end of the transcript with an intronic novel poly(A) signal. I performed reporter assays to suggest the functionality of the candidate poly(A) signal compared to the poly(A) signal found at the 3'UTR of the canonical isoform. I provide additional insight into the characterization of the intronicly polyadenylated isoform including mRNA stability and coding potential. While the functional role of this isoform is still not clear, these results highlight the need to detect and investigate different isoforms that may originate from a gene locus.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    897433

    Identification and characterization of an intronic transcript for TLE1

    TLE1 genine ait intronik bir transkriptin tanımlanması ve karakterize edilmesi

    İREM YILMAZBİLEK

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2024

    BiyolojiOrta Doğu Teknik Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. AYŞE ELİF ERSON BENSAN

    DR. ÖĞR. ÜYESİ EZGİ KARACA EREK

  2. Tez No

    825229

    Identification and characterization of two intronic transcripts in MCF7 cells

    MCF7 hücrelerinde iki adet intronik transkriptin tanımlanması ve karakterize edilmesi

    İREM CEMİLE EROĞLU

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2023

    BiyolojiOrta Doğu Teknik Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. AYŞE ELİF ERSON BENSAN

  3. Tez No

    845883

    Identification and characterization of CDNF in an early onsetneurodegeneration

    Erken başlangıçlı bir nörodejenerasyonda CDNF'in tanımlanması ve karakterizasyonu

    AYBİKE ŞEHRİBAN BULUT

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2023

    Moleküler TıpAcıbadem Mehmet Ali Aydınlar Üniversitesi

    Genom Çalışmaları Ana Bilim Dalı

    DR. ÖĞR. ÜYESİ KAYA BİLGÜVAR

  4. Tez No

    482361

    Aedes cretinus sivrisinek türünde koku bağlayan proteine ait bir genin belirlenmesi ve moleküler karakterizasyonu

    Identification and molecular characterization of an odorant-binding protein (OBP) gene in Aedes cretinus

    SERAY ÖNDER

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2017

    BiyolojiGaziosmanpaşa Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    YRD. DOÇ. DR. MERYEM ŞENAY ŞENGÜL DEMİRAK

  5. Tez No

    252246

    Identification and characterization of nickel tolerance genes in beta maritima

    Beta maritima bitkisinde nikel tolerans genlerinin tanımlanması ve karakterizasyonu

    GÖNENSİN OZAN BOZDAĞ

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2009

    Biyolojiİzmir Yüksek Teknoloji Enstitüsü

    Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı

    YRD. DOÇ. DR. H. ÇAĞLAR KARAKAYA

Geri Dön