Transcriptome analysis of ovine mammary epithelial cells: Investigating immunomodulatory target genes for ovine mastitis in vitro
Koyunlarda meme epitel hücrelerinin transkriptom analizi: Koyun mastitisi için immunomodülatör genlerin in vitro araştırılması
- Tez No: 895934
- Danışmanlar: PROF. DR. MEHMET ULAŞ ÇINAR
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Ziraat, Agriculture
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2024
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Erciyes Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Tarım Bilimleri ve Teknolojileri Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Yüksek verimli transkriptomik analiz, patojenlere karşı konak savunma tepkileriyle ilişkili gen ekspresyonu modellerinin belirlenmesinde önemli bir rol oynar. Konak savunma mekanizmaları, koyun meme bezindeki epitel hücrelerinin proaktif tepkisine dayanır. Bu savunma mekanizmasının hayvan sağlığı ve refahı için önemine rağmen, emziren koyunlarda mastitise neden olan patojenlere karşı meme epitel hücrelerinin direnci ve patogenezi hakkında sınırlı bilgi bulunmaktadır. Bu nedenle, mevcut çalışma, in vitro olarak Staphylococcus aureus (S. aureus) ile uyarılan koyun meme epitel hücrelerinin gen ekspresyonu profillerini, yüksek verimli RNA-Seq teknolojisini kullanarak araştırmayı amaçlamıştır. Biyoenformatik analiz, uyarılan grupta, uyarılmayan kontrol grubuna kıyasla, 172 yukarı düzenlenmiş ve 3 aşağı düzenlenmiş gen dahil olmak üzere toplam 175 farklı şekilde ifade edilen gen (DEG) ortaya koymuştur. Gen ontolojisi açıklaması ve işlevsel yol analizi, bu DEG'lerin öncelikle protein sentezi için gerekli olan ve patojenlerin ilk hedefi olan ribozomal işlevlerde ve ayrıca bağışıklık tepkisi düzensizliğinde, enfeksiyonda, fagositozda ve epitel hücrelerinin bakteriyel istilasında yer aldığını göstermiştir. RNA-Seq sonuçlarının doğruluğunu analiz etmek için qRT-PCR kullanılmıştır. Bu bulgular, koyun meme epitel hücrelerinin S. aureus uyarımına nasıl yanıt verdiğini anlamaya önemli katkılarda bulunarak, özellikle koyun meme epitel hücrelerindeki bağışıklık savunma mekanizmalarıyla ilgili daha fazla araştırma için bir temel sağlamaktadır.
Özet (Çeviri)
High-throughput transcriptomic analysis plays a crucial role in identifying gene expression patterns associated with host defense responses against pathogens. Host defense mechanisms hinge on the proactive response of mammary epithelial cells in the ovine mammary gland. Despite the importance of this defense mechanism for animal health and welfare, there is limited knowledge regarding the resistance and pathogenesis of mammary epithelial cells against pathogens causing mastitis in lactating sheep. Therefore, the current study aimed to investigate the gene expression profiles of ovine mammary epithelial cells stimulated with Staphylococcus aureus (S. aureus) in vitro, utilizing high-throughput RNA-Seq technology. Bioinformatic analysis revealed a total of 175 differentially expressed genes (DEGs), including 172 up-regulated and 3 down-regulated genes in the stimulated group compared to the non-stimulated control group. Gene ontology annotation and functional pathway analysis indicated that these DEGs are primarily involved in ribosomal functions, essential for protein synthesis and the first target of pathogens, as well as in immune response dysregulation, infection, phagocytosis, and bacterial invasion of epithelial cells. qRT-PCR was used to analyze the quality of the RNA-Seq results. These findings significantly contribute to the understanding of how ovine mammary epithelial cells respond to S. aureus stimulation, providing a foundation for further research, particularly regarding the immune defense mechanisms in ovine mammary epithelial cells.
Benzer Tezler
- Transcriptome analysis of Thermoplasma volcanium GSS11 under extreme stress
Thermoplasma volcanium GSS11'ın ekstrem stres altında transcriptom analizi
SEMA ZABCI
Yüksek Lisans
İngilizce
2015
BiyolojiOrta Doğu Teknik ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. SEMRA KOCABIYIK
- Transcriptome analysis of common bean under salt stress and functional study of salt responsive genes
Tuz stresi altında taze fasulye bitkisinin transkriptom analizi ve tuza cevap veren genlerin işlevsel analizleri
MAHMUT CAN HIZ
Doktora
İngilizce
2015
BiyolojiBoğaziçi ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MÜGE TÜRET
- Transcriptome analysis of morphine biosynthesis in Opium poppy (Papaver somniferum L.)
Haşhaş (Papaver somnıferum L.)'ta transkriptom analizi ile morfin sentez mekanizmasının araştırılması
KUAYBE YÜCEBİLGİLİ KURTOĞLU
Doktora
İngilizce
2016
GenetikMarmara ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. İBRAHİM İLKER ÖZYİĞİT
YRD. DOÇ. DR. TUĞBA GÜRKÖK
- Integrative analysis of multi-cellular genome-scale metabolic networks with cell type specific transcriptome data predicted by deconvolution algorithms: Application to Parkinson's disease
Dekonvolusyon algoritmalarıyla tahmin edilen hücre tipine özgü Parkinson hastalığı transkriptom verilerinin çok hücreli genom ölçekli metabolik ağa haritalanması
KADİR KOCABAŞ
Yüksek Lisans
İngilizce
2021
BiyomühendislikGebze Teknik ÜniversitesiBiyomühendislik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. TUNAHAN ÇAKIR
- Transcriptome-wide analysis of iroc target genes in the Drosophila olfactory system
Drosophila koku sisteminde ıroc hedef genlerinin transkriptom geneli analizi
İBRAHİM İHSAN TAŞKIRAN
Yüksek Lisans
İngilizce
2018
BiyolojiBoğaziçi ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ARZU ÇELİK FUSS