Transcriptome analysis of Thermoplasma volcanium GSS11 under extreme stress
Thermoplasma volcanium GSS11'ın ekstrem stres altında transcriptom analizi
- Tez No: 383077
- Danışmanlar: PROF. DR. SEMRA KOCABIYIK
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Biology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2015
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Bu çalışmada, arkeabakterilerde stres karşıtı mekanizmaları anlamak için, Thermoplasma volcanium'da ağır stres koşulları altında ( ısı stresi 68 ºC, oksidatif stres ve pH5.0' te pH stresi) genom boyuntunda transkriptom analizi, tüm genom gen ekspresyon mikrodizinleri kullanılarak yürütülmüştür. Üç stresöre tepki olarak değişen gen anlatım profile, protein sentezi, gen yazılımı, hücre hareketi ve enerji metabolizması gibi önemli hücresel süreçlerde yer alan genlerin anlatımının azalmasına bağlı olarak hücre gelişiminin yavaşladığını göstermiştir. Buna ek olarak ısı şoku, ısı şoku proteinlerini (örneğin, GroEL, GrpE, DnaK, and DnaJ) kodlayan genlerin transkripsiyon düzeylerinin artmasına neden olmuştur. En fazla sayıda ekspresyonu artan gen sayısı pH stresi sırasında kaydedilmiştir. T.volcanium'un pH stres tepkisi, ürünleri hücre içi pH homeostazını sürdürmek için cok önemli olan birçok taşıyıcı geninin indüklenmesi ile tanımlanmıştır. Oksidatif stres genellikle gen anlatımının azalmasını tetiklemiştir. Oksidoredüktazlar, Fe-S oksidoreduktazlar, aldo/keto redüctazlar ve dehidrogenazların yüksek miktarda üretimi H2O2 'in neden olduğu oksidatif strese tepki olarak, hücre içi redoks potansiyellerini devam ettirmek ve serbest radikallerin detoksifikasyonu için önemli olabilir. Diğer taraftan, üç stres sinyaline tepki olarak, bazı transkripsiyon düzenleyicileri ile karbonhidrat metabolizması ve transportun aktivasyonu da saptanmıştır. Mikrodizin verilerinin qRT-PCR ile doğrulama çalışması, her iki teknikle elde edilen sonuçların uyuştuğunu göstermiştir
Özet (Çeviri)
In this study, to provide new insight into anti-stress mechanisms in archaea, we have carried out genome wide transcriptome analysis of Thermoplasma volcanium under severe stress conditions (i.e., heat- shock at 68 ºC, sub-lethal and lethal oxidative stress and pH stress at pH 5.0) using whole genome gene expression microarray. The change in the gene expression profile in response to three stressors indicated retardation of cell growth accompanied by down regulation of genes involved in essential cellular processes such as translation, transcription, cell motility, and energy metabolism. In addition, heat- shock resulted in the increased transcription level of genes encoding heat shock proteins (e.g., GroEL, GrpE, DnaK, and DnaJ). The highest number of up-regulated genes was recorded upon pH stress. pH stress response in T.volcanium was characterized by activation of several transporter gene products, which are crucial for maintaining intracellular pH homeostasis. Oxidative stress triggered mostly down regulation of gene expression. Up regulation of oxidoreductases, Fe-S oxidoreductases, aldo/keto reductases, and dehydrogenases as a response to oxidative stress provoked by H2O2 can be important for maintaining intracellular redox potential and detoxification of free radicals. On the other hand, activation of the carbohydrate metabolism and transport, as well as some transcriptional regulators was detected in response to three stress signals. The verification of the microarray data with qRT-PCR showed good agreement between results of the two techniques.
Benzer Tezler
- Expression profiling of Thermoplasma volcanium GSS1 under stress conditions with specific emphasis on proteasome associated regulatory VAT genes
Thermoplasma volcanium GSS1'in stres koşulları altında proteazoma ilişkin düzenleyici VAT genleri ağırlıklı olmak üzere gen anlatım profilinin belirlenmesi
TÜLAY YILMAZ
Yüksek Lisans
İngilizce
2013
BiyolojiOrta Doğu Teknik ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. SEMRA KOCABIYIK
- Transcriptome analysis of common bean under salt stress and functional study of salt responsive genes
Tuz stresi altında taze fasulye bitkisinin transkriptom analizi ve tuza cevap veren genlerin işlevsel analizleri
MAHMUT CAN HIZ
Doktora
İngilizce
2015
BiyolojiBoğaziçi ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MÜGE TÜRET
- Transcriptome analysis of morphine biosynthesis in Opium poppy (Papaver somniferum L.)
Haşhaş (Papaver somnıferum L.)'ta transkriptom analizi ile morfin sentez mekanizmasının araştırılması
KUAYBE YÜCEBİLGİLİ KURTOĞLU
Doktora
İngilizce
2016
GenetikMarmara ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. İBRAHİM İLKER ÖZYİĞİT
YRD. DOÇ. DR. TUĞBA GÜRKÖK
- Integrative analysis of multi-cellular genome-scale metabolic networks with cell type specific transcriptome data predicted by deconvolution algorithms: Application to Parkinson's disease
Dekonvolusyon algoritmalarıyla tahmin edilen hücre tipine özgü Parkinson hastalığı transkriptom verilerinin çok hücreli genom ölçekli metabolik ağa haritalanması
KADİR KOCABAŞ
Yüksek Lisans
İngilizce
2021
BiyomühendislikGebze Teknik ÜniversitesiBiyomühendislik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. TUNAHAN ÇAKIR
- Transcriptome-wide analysis of iroc target genes in the Drosophila olfactory system
Drosophila koku sisteminde ıroc hedef genlerinin transkriptom geneli analizi
İBRAHİM İHSAN TAŞKIRAN
Yüksek Lisans
İngilizce
2018
BiyolojiBoğaziçi ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ARZU ÇELİK FUSS