Fekal kökenli enterobacteriaceae üyeleri ve pseudomonas sp.'ye ait spesifik fajların sınıflandırılması, elektron mikroskobunda incelenmesi ve faj DNA'larının in vitro paketlenmesi
The Classification of specific phages belonging to enterobacteriaceae members and pseudomonas sp. of fecal origin, examination under electron misroscope and in vitro packaging of phage DNA
- Tez No: 88112
- Danışmanlar: PROF. DR. ÖMER ÇOLAK
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Biyoloji, Biology
- Anahtar Kelimeler: Bakleriyofaj, Temperent, Litik, Plak Morfolojisi, in vitro Paketleme II, Bakteriyofajlar, DNA, Enterobacteriaceae, Fajlar, Pseudomonas, Virüsler, İn vitro, Bacteriophage, Temperate, Lytic, Plaque Morphology, in vitro Packaging. IV, Bacteriophages, DNA, Enterobacteriaceae, Phages, Pseudomonas, Viruses, In vitro
- Yıl: 1998
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Çukurova Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Bağımlılık Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
oz DOKTORA TEZİ FEKAL KÖKENLİ ENTEROBACTERIACEAE ÜYELERİ VE PSEUDOMONAS sp.'ye AİT SPESİFİK FAJLARIN SINIFLANDIRILMASI, ELEKTRON MİKROSKOBUNDA İNCELENMESİ ve FAJ DNA'LARININ İN VİTRO PAKETLENMESİ HATİCE KORKMAZ (GÜVENMEZ) ÇUKUROVA ÜNİVERSİTESİ FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ BİYOLOJİ ANABİLİM DALI Danışman: Prof. Dr. Ömer ÇOLAK Yıl: 1998, Sayfa: 143 Jüri : Doç. Dr. Burhan ARIKAN Yrd. Doç. Dr. Sadık DİNÇER Bu araştırmada, Enterobacteriaceae üyeleri ve Pseııdomonas sp. bakterilerini konak olarak kullanan spesifik fajlann; plak morfolojileri, nükleik asit içerikleri, strüktürel protein profilleri ve DNA'lı fajlann moleküler ağırlıklarının saptanarak sınıflandırılması, faj DNA'larmın in vitro paketlenmesi, temperent fajlann ısı ve U.V. ile indüklenmesi ve elektron mikroskobunda incelenerek morfolojilerinin belirlenmesi amaçlanmıştır. Bu amaçla, Ç.Ü. Tıp Fakültesi hastane kanalizasyonundan 6 farklı dönemde Enterobacteriaceae üyeleri ve Pseııdomonas sp.'ye &it toplam 355 adet bakteri izole edilmiştir. Bu bakterilere ait 128 adet spesifik faj saptanmış ve bu fajlar. katıbesiyerindeki plak morfolojilerine göre 6 ana grupta toplanmıştır. Lizogen olduğu düşünülen konak bakteriler U.V. ve ısı şokuna maruz bırakılarak, temperent fajlar indüklenmeye çalışılmıştır. Denenen örnekler arasında, ısı ile %30, U.V. ile %34.37 oranında indüklenme gerçekleşmiş ve U.V.'nin ısı şokundan daha etkili olduğu saptanmıştır. Bakteriyofajların nükleik asit tiplerinin belirlenmesi ve DNA'lı fajların moleküler ağırlıklarınmn saptanması için, 30 farklı fajın nükleik asiti ekstrakte edilmiştir. Ekstraksiyonda Perbal'den (1984) modifıze, yeni ve ekonomik bir yöntem geliştirilmiştir. DNA fajlanmn moleküler ağırlıkları 16-53 Kb aralığında bulunmuştur. Nükleik asitleri incelenen fajlar arasında RNA taşıyanların oranı %23.33 düzeyinde saptanmıştır. Ayrıca, 30 farklı fajın kapsit proteini ekstrakte edilerek SDS-PAGE'de analiz edilmiştir. 33-354 kDa arasında değişen çeşitli protein fragmentleri belirlenmiş ve büyük fragmentlerin özellikle temperent fajlara ait olduğu saptanmıştır. Temperent fajların DNA'ları in vitro olarak paketlenmeye çalışılmış ve denenen örneklerden 2 tanesinde paketleme gerçekleştirilmiştir. Bu amaçla, hazır kit kullanılmadan, ekonomik ve uygulaması kolay yeni bir yöntem (Maniatis ve ark., 1982'den modifıze) geliştirilmiştir. Tipik plak morfolojisi gösteren bazı fajlar elektron mikroskobunda incelenerek morfolojileri belirlenmiştir. Sonuç olarak, fajlarla ilgili bu kapsamda bir araştırma, ülkemiz için yeni ve istenilen hedeflere ulaşılmış olması bakımından sevindiricidir.
Özet (Çeviri)
ABSTRACT PhD THESIS THE CLASSIFICATION OF SPECIFIC PHAGES BELONGING TO ENTEROBACTERIACEAE MEMBERS and PSEUDOMONAS sp. OF FECAL ORIGIN, EXAMLNATION UNDER ELECTRON MICROSCOPE AND IN- VITRO PACKAGING OF PHAGE DNA HATİCE KORKMAZ (GÜVENMEZ) DEPARTMENT OF BIOLOGY INSTITUTE OF NATURAL AND APPLIED SCIENCES UNIVERSITY OF ÇUKUROVA Supervisor: Prof. Dr. Ömer ÇOLAK Year: 1998, Pages: 143 Jury: Assist. Prof. Dr. Burhan ARIKAN Associated Prof. Dr. Sadık DİNÇER In this study, it is aimed to classify specific phages which use Enterobacteriaceae members and Pseudomonas sp. bacteria as host, using plaque morphologies, nucleic acid contents, structural protein profiles and molecular weight determination of DNA phages. It is also aimed to examine the morphologies under electron microscope, to package the phage DNA in-vitro conditions and to induce temperate phages by heat and U. V. treatment. With this aim, at 6 different periods, totally 355 bacteria belonging to Enterobacyteriaceae members and Pseudomonas sp. were isolated from Ç.Ü. Hospital sewage. 128 specific phages of mentioned bacteria were determined and IIIthese phages were collected under 6 main groups according to plaque morphologies on agar medium. The host bacterium suspected as lysogen were exposed to heat and U.V. shock to induce temperate phages. Among the tested samples, 30% with heat and 34.37% with U.V. induction were achieved and it was determinated that U.V. is more effected than heat shock. Nucleic acid of 30 different phages were exracted to determine nucleic acid types of bacteriophages and molecular weights of DNA phages. A new and economical method modified from Perbal (1984) was developed for extraction. It was found that molecular weigths of DNA phages lies in 16-53 Kb range. Among the examined nucleic acid phages, 23.33% of them were found to carry RNA. In addition to that, 30 different phage capsid proteins were exracted and analyzed using SDS-PAGE. Protein fragments of 33-354 kDa range were identified and it was found that large fragments belong to espacially temperate phages. The DNAs of temperate phages had try to get packaged in vitro conditions and among the tested samples, two of them were packaged succesfully. For this aim, an easy to use economic and no kit required method was developed (modified from Maniatisetal., 1982). Some phages showing typical plaque morphologies were identified by examination under electron microscope. As a result, this comprehensive study is very gladfull from the point of view of reaching new and demanded targets for our country.
Benzer Tezler
- Çeşitli salatalarda fekal koliform aranması
Research on fecal coliforms in various salads
GÜRCAN GÜRSU
Yüksek Lisans
Türkçe
1998
Gıda MühendisliğiAnkara ÜniversitesiGıda Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. A. KADİR HALKMAN
- Akut romatizmal ateş'li hastalarda dişler ve boğaz kökenli fokal enfeksiyonların bulunuş oranı
Başlık çevirisi yok
ALPAY ARICAN
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
1986
Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik MikrobiyolojiSağlık BakanlığıDahiliye Ana Bilim Dalı
- Epidermal büyüme faktörü reseptörlerinin akciğer dokusundaki dağılımlarının immünohistokimyasal olarak gösterilmesi
Immunohistochemical lokalization of epidermal growth factor receptors in fetal adult and pathologic lung tissues
GÜLNUR TAKE
Yüksek Lisans
Türkçe
1999
MorfolojiGazi ÜniversitesiHistoloji ve Embriyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. CELAL ILGAZ
- Pre ve postnatal dönemlerdeki kanatlı Bursa fabriciisi (Cloacal bursa) üzerinde ışık mikroskobik çalışmalar
Başlık çevirisi yok
NAZLI KOCAÖZ
Yüksek Lisans
Türkçe
1993
MorfolojiSelçuk ÜniversitesiHistoloji ve Embriyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. İLHAMİ ÇELİK