Sanal tarama yöntemleri kullanılarak Dickkopf-1 antagonist adaylarının belirlenmesi
Identification of Dickkopf-1 antagonist candidates using virtual-screening methods
- Tez No: 875208
- Danışmanlar: PROF. DR. AYLİN SEPİCİ DİNÇEL, DR. ÖĞR. ÜYESİ YUSUF ŞİMŞEK
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyokimya, Biochemistry
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2023
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Gazi Üniversitesi
- Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Tıbbi Biyokimya Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Embriyonik gelişim, doku rejenerasyonu, hücre proliferasyonu ve farklılaşması, kanser, nörodejeneratif hastalıklar ve kemik metabolizması hastalıkları gibi çeşitli fizyolojik ve patolojik süreçlerde rol oynayan başlıca sinyal yollarından biri kanatsız/β-katenin (Wnt/β- katenin) yoludur. Dickkopf ile ilişkili protein-1 (DKK1), Wnt sinyal yolunun doğal hücre dışı inhibitörlerinden biridir. LRP5/6 reseptörlerine bağlanarak Wnt yolağının bloklanmasına neden olmaktadır. Bu nedenle DKK1'in LRP5/6'ya bağlanmasını engelleyebilecek DKK1 antagonistleri, Wnt sinyal yolunun modülasyonu için iyi bir yaklaşım olarak görülmüştür. Yeni DKK1 antagonisti adaylarını araştıran çalışmaların çoğu protein bazlı antikorları içermektedir. Ancak küçük moleküllerin DKK1 ile LRP5/6 arasındaki etkileşimi inhibe etmek için daha iyi adaylar olabileceğine inanılmaktadır. Bu nedenle bu tez çalışmasında küçük moleküllerin DKK1 antagonist adayı olma potansiyelinin bilgisayar destekli moleküler modelleme yöntemleri kullanılarak araştırılması amaçlanmıştır. Aday ligandlar olarak kimyasal veri tabanlarındaki bileşikler seçilmiştir. Bileşiklerin DKK1'in LRP5/6'ya bağlandığı yüzeyi ile etkileşim durumu sanal tarama, moleküler dinamik simülasyon çalışmaları ve bağlanma serbest enerjilerinin hesaplanması ile araştırılmıştır. Ayrıca, bağlanma afinitesi en yüksek ve kararlı olan ligandlar farmakokinetik özellikleri ve ADME-T profilleri de in-siliko olarak hesaplanmıştır. Sonuçlar sırasıyla 13871067, 10265835, 139183638, 657042, 470199, 91490554 ve 445074'ün iyi birer DKK1 antagonist adayı olabileceğini ancak in-vitro ve in- vivo çalışmalar ile araştırılması gerektiğini göstermektedir.
Özet (Çeviri)
The wingless/β-catenin (Wnt) pathway is a central signaling cascade involved in many biological processes, such as bone metabolism. Dickkopf-related protein-1 (DKK1) is one of the natural extracellular inhibitors of the Wnt pathway. It causes blockage of the Wnt pathway by binding to LRP5/6 receptors. Therefore, DKK1 antagonists that can inhibit the binding of DKK1 to LRP5/6 have been considered a promising approach for modulation of the Wnt signaling pathway. Most studies investigating novel DKK1 antagonist candidates involve protein-based antibodies. However, small molecules might be better candidates to inhibit the interaction between DKK1 and LRP5/6. Therefore, this thesis study aimed to investigate the potential of small molecules as DKK1 antagonist candidates using computer-aided molecular modeling methods. Compounds in chemical databases were selected as candidate ligands. The interaction state of the compounds with the surface where DKK1 binds to LRP5/6 was investigated by virtual screening, molecular dynamics simulation studies, and calculation of binding free energies. Additionally, the pharmacokinetic properties and ADME-T profiles of the ligands with the highest binding affinity and stability were calculated in-silico. The results show that 13871067, 10265835, 139183638, 657042, 470199, 91490554, and 445074 should be investigated by innovative in-vitro and in-vivo studies.
Benzer Tezler
- Sanal tarama ve çok boyutlu moleküler modelleme yöntemleri ile p53-MDM2 potansiyel inhibitörlerinin belirlenmesi
Identification of p53-MDM2 potential inhibitors with virtual screening and multidimensional molecular modeling methods
GÜLŞAH AYDIN
Doktora
Türkçe
2020
Biyofizikİstanbul Teknik ÜniversitesiKimya Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MİNE YURTSEVER
PROF. DR. SERDAR DURDAĞI
- Moleküler modelleme yöntemleri kullanılarak bazı enzim ve proteinlerin alosterik etki ile inhibisyon ve aktivasyonlarının araştırılması
Investigation of inhibition and activation of some enzymes and proteins by allosteric effect using molecular modeling methods
MEHMET MURAT YAŞAR
Doktora
Türkçe
2022
Fizik ve Fizik MühendisliğiAkdeniz ÜniversitesiFizik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. İSMAİL HAKKI SARPÜN
PROF. DR. EROL EROĞLU
- Fotogrametrik hibrit veri toplama yöntemlerinin sanal gerçeklik uygulamalarında kullanılabilirliğinin değerlendirilmesi: Tarsus Aziz Pavlos Kilisesi örneği
Evaluation of the usage of photogrammetric hybrid data collection methods in virtual reality applications: The case of St. Paul
ŞAFAK FİDAN
Yüksek Lisans
Türkçe
2022
Jeodezi ve FotogrametriMersin ÜniversitesiUzaktan Algılama ve Coğrafi Bilgi Sistemleri Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ ALİ ULVİ
- Kolon tümörlerinde spiral bt kolonografi ve sanal endoskopiincelemesinin rutin bt içerisinde tanıya katkıları
Başlık çevirisi yok
GÜLTEN SEZGİN BENER
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2005
Radyoloji ve Nükleer TıpAdnan Menderes ÜniversitesiRadyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. YELDA ÖZSUNAR DAYANIR
- Öğretmenlerin fen öğretiminde sanal gerçeklik kullanma niyetlerine ilişkin kavramsal bir modelin geliştirilmesi
Development of a conceptual model related to teachers intentions to use virtual reality in science teaching
RABİA ATEŞ
Yüksek Lisans
Türkçe
2023
Eğitim ve ÖğretimKırşehir Ahi Evran ÜniversitesiMatematik ve Fen Bilimleri Eğitimi Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ABDULLAH AYDIN
DOÇ. DR. HÜSEYİN ATEŞ