Geri Dön

Yaygın değişken immün yetmezlik ve mide kanseri arasındaki moleküler bağlantının entegratif biyoinformatik analizlerle araştırılması

Investigation of the molecular link between common variable immunodeficiency and gastric cancer by integrated bioinformatics analysis

PDF İndir

  1. Tez No: 839745
  2. Yazar: BERNA AYAR
  3. Danışmanlar: DOÇ. DR. DİLEK PİRİM
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Genetik, Biyoloji, Moleküler Tıp, Genetics, Biology, Molecular Medicine
  6. Anahtar Kelimeler: Moleküler genetik, Molecular genetic
  7. Yıl: 2021
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Bursa Uludağ Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Bilim Dalı
  13. Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.

Özet

Yaygın Değişken İmmün Yetmezlik (CVID), azalmış antikor üretimi ile karakterize olan primer immün yetmezlikler arasında en yaygın türdür. Artan kanıtlar, CVID hastalarının sağlıklı popülasyona göre mide kanserine daha yatkın olduğunu göstermektedir. Bununla birlikte, iki hastalık arasındaki ortak moleküler mekanizma henüz aydınlatılamamıştır. İki hastalığın altında yatan ortak moleküler risk faktörlerinin tanımlanması, CVID ile ilişkili mide kanseri için riskleri olan bireyleri sınıflandırarak ve yeni translasyonel yaklaşımlar geliştirerek önemli halk sağlığı etkilerine sahip olabilir. Bu tez çalışmasının amacı CVID ve mide kanseri arasındaki ilişkide etkin rol oynayan aday ortak moleküler biyobelirteçleri ve moleküler yolakları tanımlamaktır. Bu amaçla CVID ve mide kanseri için veri setleri NCBI-GEO veri tabanından belirli kriterlere göre seçilerek biyoinformatik araçlarla kapsamlı bir şekilde analiz edilmiştir. Diferensiyel eksprese olan genlerin (DEG) analizi 'R' yazılımı kullanılarak gerçekleştirilmiştir ve ortak DEG'lerin fonksiyonel yolak zenginleştirme analizleri için NetworkAnalyst ve Ingenuity Pathway Analysis (IPA) yazılımları kullanılmıştır. Cytoscape yazılımı ile network görselleştirilerek hub genler tanımlanmıştır. Ayrıca, hub genleri hedef alan ortak miRNA biyobelirteçleri de mirDIP veri tabanı ile araştırılmıştır. Analiz sonucunda mide kanseri ve CVID veri setlerinde farklı gruplamalar sonucunda birçok ortak DEG ve moleküler yolak belirlenmekle beraber üç hub genin (MZB1, GBP1, CXCL10) ve üç mikroRNA'nın (hsa-miR-3659, hsa-miR-4483, hsa-miR-6790-5p) iki hastalığın moleküler etiyolojisinde ortak rolü olabileceği in silico olarak gösterilmiştir. Ayrıca, bu genlerin IPA analizinde“apoptoz”,“bağışıklık hücrelerinin ölümü”ve“sistemik otoimmün sendrom”gibi yolaklarda rol oynadığı da tespit edilmiştir. Sonuçlarımız, in vivo ve/veya in vitro çalışmalarla doğrulanması gereken CVID ve mide kanseri için aday ortak moleküler mekanizmalar için umut verici in silico kanıtlar vurgulamaktadır.

Özet (Çeviri)

Common Variable Immunodeficiency (CVID) is the most common type among primary immunodeficiencies and increasing evidence shows that CVID patients are more predisposed to gastric cancer than the healthy population. Efforts to identify unknown shared molecular mechanisms underlying both diseases may have significant public health implications by stratifying individuals that have risks for CVID-related gastric cancer and developing new translational approaches. Thus, we aimed to define candidate common molecular biomarkers and molecular pathways that may have a role in the relationship between CVID and gastric cancer by bioinformatics analysis. Data sets used in the study were retrieved from the NCBI-GEO database and differentially expressed genes (DEG) analysis was performed using 'R' software. NetworkAnalyst and Ingenuity Pathway Analysis (IPA) software were used for functional pathway enrichment analyzes of common DEGs. The hub genes were identified and visualized by Cytoscape software. Common miRNAs targeting hub genes were also investigated by the mirDIP database. Our results revealed many common DEGs and molecular pathways that may contribute to the development of both diseases. Also, we prioritized three hub genes (MZB1, GBP1, CXCL10) and three microRNAs (hsa-miR-3659, hsa-miR-4483, hsa-miR-6790-5p) suggesting a common role in the molecular etiology of the two diseases. In addition, IPA analysis suggests the involvement of the identified hub genes in pathways such as“apoptosis”,“death of immune cells”and“systemic autoimmune syndrome”. Our results highlight promising in silico evidence for candidate common molecular mechanisms for CVID and gastric cancer, which should be confirmed by in vivo and/or in vitro studies.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    919272

    Bağırsak hasar modellerinde kemik iliği mezenkimal kök hücre ve bağırsak mezenkimal kök hücrelerin rejeneratif ve immün modülatuvar etkilerinin karşılaştırılması

    Comparison of regenerative and immune modulatory effecets of bone marrow and intestinal mesenchymal stem cells i intestinal damage models

    BURCU PERVİN

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2025

    BiyolojiHacettepe Üniversitesi

    Kök Hücre Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. FATİMA AERTS KAYA

  2. Tez No

    289278

    Yaygın değişken immun yetmezlik ve selektik ıga eksikliği olan hastalarda in vitro sitokin salınımı

    Cytokine response in lymphocytes of patients with CVID and sIgAD

    KADRİ KAMBER

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2008

    Çocuk Sağlığı ve HastalıklarıUludağ Üniversitesi

    Pediatri Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. SARA ŞEBNEM KILIÇ

  3. Tez No

    770691

    Yaygın değişken immün yetmezlik fenotipi ile gelen hastaların klinik, immünolojik, genetik özellikleri ve izlem sonuçlarının değerlendirilmesi

    Evaluation of the clinical, immunological and genetic characteristics and follow-up results of patients presenting with a common variable immunedeficiency phenotype

    HATİCE BÜŞRA KÜTÜKÇÜ

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2023

    Allerji ve İmmünolojiAnkara Üniversitesi

    Çocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. ESİN FİGEN DOĞU

  4. Tez No

    534197

    Yaygın değişken immün yetmezlik hastalarının klinik, immünolojik ve genetik özelliklerinin B hücre alt grup özellikleri ve KREC sayıları ile korelasyonunun araştırılması

    Investigation of the correlation between clinic, immunologic and genetic features with B cell subgroup characteristics and KREC levels of common variable immunodeficiency patients

    İSMAİL YAZ

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2019

    GenetikHacettepe Üniversitesi

    Pediatrik Temel Bilimler Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. DENİZ NAZİRE ÇAĞDAŞ AYVAZ

  5. Tez No

    376776

    Erişkin yaygın değişken immun yetmezlik hastalarının takip ve tedavi protokollerinin belirlenmesi

    Identification of follow up and treatment protocols in patients with Common Variable Immune Deficiency

    ZEYNEP ŞAHİN

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2013

    Allerji ve İmmünolojiNecmettin Erbakan Üniversitesi

    İç Hastalıkları Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. AHMET ZAFER ÇALIŞKANER

Geri Dön