Geri Dön

Search for a trnascription factor binding motif using information theory

Bir trankripsiyon faktörü bağlama motifinin enformasyon teorisi kullanılarak araştırılması

  1. Tez No: 82931
  2. Yazar: MEHMET VEFA KARATAY
  3. Danışmanlar: PROF. DR. S. HANDE ÇAĞLAYAN
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Biyoloji, Biology
  6. Anahtar Kelimeler: DNA, Moleküler biyoloji, Protein bağlama, DNA, Molecular biology, Protein binding
  7. Yıl: 1999
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Boğaziçi Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.

Özet

ÖZET DNA dizin belirleme projelerindeki ve genel olarak moleküler biyoloji tekniklerindeki ilerlemelerin sonucunda, güvenilir kompütasyonel dizin analiz tekniklerinin geliştirilmesi ve kullanılması, moleküler biyoloji ve genetik alanında zaman ve maliyet açısından verimli çalışmaların yapılabilmesi için büyük önem kazanmıştır. Protein bağlanma bölgeleri gibi ortak işleve sahip genetik dizinler, genellikle bir konsensüs dizini ile gösterilirler ancak aynı zamanda Shannon' m enformasyon ölçütü ile de tanımlanıp enformasyon teorisine dayalı yöntemlerle incelenebilirler. Daha önce bu yaklaşımla bağlanma bölgeleri araştırılmış ve pek çok yararlı sonuç elde edilmiştir. Bu çalışmada oct-1 transkripsiyon faktörü bağlanma bölgesini konu alan ve enformasyon teorisi yöntemlerinin kullanıldığı bir kompütasyonel DNA dizin analizi hedeflenmiş, ve bu etkin teknikler paketi Boğaziçi Üniversitesi Moleküler Biyoloji ve Genetik Bölümü'ndeki araştırmacılara sunulmuştur. Öncelikle kamuya açık Delila programları yüklenip çalıştırılmış, daha sonra, bu programlar ve 22 insan oct-1 bağlanma bölgesinin dizin verisi kullanılarak oct-1 transkripsiyon faktörü bağlanma bölgesi için bir dizin logosu oluşturulmuştur. Dizin logosu dizinin iki ucunda en yüksek enformasyon içeriğine sahiptir ve üçüncü pozisyonunda oct-1 bağlanma bölgesi konsensüs dizininden bir baz farklılık göstermiştir. Dizin logosu konsensüs dizinine bir alternatif oluşturmuş ve genomik dizinlerdeki potansiyel oct-1 bağlanma bölgelerinin araştırılmasında yeni bir yol açmıştır.

Özet (Çeviri)

ABSTRACT As a result of the advancements in current sequencing projects and molecular biology techniques, development and use of reliable computational sequence analysis techniques has gained great importance in order to pursue time and cost efficient research in molecular biology and genetics. Related genetic sequences having a common function such as protein binding sites are generally represented by a consensus sequence but can also be described by Shannon's information measure and further analyzed by tools that are based on the information theory. Many useful results in searching for binding sites have previously been obtained using this approach. In this study, we intended to make a computational DNA sequence analysis using methods borrowed from the information theory, having the oct-1 transcription factor binding site as its subject, and to render the tools of this powerful approach available to the researchers in the Department of Molecular Biology and Genetics at Boğaziçi University. First, the public domain Delila programs were downloaded and compiled. Then, using these programs, a sequence logo for the oct-1 transcription factor binding site was constructed using sequence data of 22 human oct-1 binding sites. The sequence logo had the highest information content on both ends of the sequence and it differed by one base at the third position from the consensus sequence of oct-1 binding site. The sequence logo constitutes an alternative to the consensus sequence and opens a new perspective to search for putative oct-1 binding sites in genomic sequences.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    47199

    Ottoman text transcription

    Osmanlıca metin alfabe çevrimi

    NURAN ARZU ŞİŞMAN

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    1995

    Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve KontrolOrta Doğu Teknik Üniversitesi

    PROF.DR. FATOŞ YARMAN VURAL

  2. Tez No

    101872

    Kütahya şer`iye sicilleri 74 numaralı defterinin transkripsiyonu ve değerlendirilmesi

    Transcription of the evolution of the (şer`i) register of Kütahya in number 74.

    SENAİ ELMAS

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2001

    TarihDumlupınar Üniversitesi

    Tarih Ana Bilim Dalı

    YRD. DOÇ. DR. NECATİ AKSANYAR

  3. Tez No

    54436

    Arif hayatı, eserleri, edebi kişiliği ve eserlerinin tenkidli metni (2. cilt)

    Başlık çevirisi yok

    SEMRA TUNÇ

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    1996

    Türk Dili ve EdebiyatıSelçuk Üniversitesi

    Türk Dili ve Edebiyatı Ana Bilim Dalı

    PROF.DR. HÜSEYİN AYAN

  4. Tez No

    74545

    Türkiye`de seçim sistemi arayışları -bir alternatif model-

    Search for a new electoral system -an alternative model-

    RABİA BAHAR ÜSTE

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    1998

    Kamu YönetimiDokuz Eylül Üniversitesi

    Kamu Yönetimi Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. TÜLAY ÖZÜERMAN

  5. Tez No

    37343

    Kadro and Kemalizm: A search for ideology in the early 1930s

    Kadro ve Kemalizm: 1930'ların başında bir ideoloji arayışı

    M. UĞUR DALAK

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    1993

    Siyasal BilimlerBoğaziçi Üniversitesi

    Atatürk İlkeleri ve İnkılap Tarihi Ana Bilim Dalı

    DR. NEVİN COŞAR

Geri Dön