Doğrudan pozitif kan kültür şişelerinden matriks aracılı lazer dezorpsiyon iyonizasyon uçuş zamanı kütle spektrometresi (MALDI-TOF MS) ile hızlı mikrobiyal tanımlamada farklı yöntemlerin araştırılması
Investigation of different methods in rapid microbial identification from directly positive blood culture bottles by matrix assisted laser desorption ionization time of flight mass spectrometry (MALDI-TOF MS)
- Tez No: 805316
- Danışmanlar: DOÇ. DR. MAHMUT CEM ERGON
- Tez Türü: Tıpta Uzmanlık
- Konular: Mikrobiyoloji, Microbiology
- Anahtar Kelimeler: MALDI-TOF MS, doğrudan tanımlama, kan kültürü, Sepsityper, SDS, santrifüj yöntemi, Kültür teknikleri, Kütle spektrometri, Santrifüj, Sepsis, Teşhis, MALDI-TOF MS, direct identification, blood culture, Sepsityper, SDS, centrifugation method, Culture techniques, Mass spectrometry, Centrifugation, Sepsis, Diagnosis
- Yıl: 2023
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Dokuz Eylül Üniversitesi
- Enstitü: Tıp Fakültesi
- Ana Bilim Dalı: Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Amaç: Kan kültürü, sepsis tanısında altın standart olup mikroorganizmaları hızlı ve doğru tanımlama mortaliteyi düşürmekte ve uygun antibiyotik kullanımı ile sağaltım sağlanabilmektedir. Bu çalışmada, kan kültüründe üreyen mikroorganizmaları doğrudan kan kültür şişesinden MALDI-TOF MS ile kısa sürede tanımlamada kullanılan hızlı tanımlama yöntemlerini iki farklı okuma modülünde karşılaştırarak laboratuvar için en uygulanabilir ve maliyet etkin olan yöntemi belirlemeyi amaçladık. Gereç ve Yöntem: Araştırmada, Dokuz Eylül Üniversitesi Hastanesi Merkez Laboratuvarı Bakteriyoloji Laboratuvarına Aralık 2022-Mart 2023 tarihleri arasında dolaşım sistemi enfeksiyonu şüphesiyle gönderilen ve BACTEC FX (Becton Dickinson, ABD) kan kültürü cihazında inkübe edildikten sonra pozitif sinyal veren BD BACTEC FX Plus Aerobic, Plus Anaerobic, Lytic/10 Anaerob/F ve Peds Plus/F kan kültür şişelerinden oluşan 245 adet kan kültürü örneği yer aldı. Polimikrobiyal üreme tespit edilen beş örnek ve aynı hastaya ait bir hafta içinde tekrar eden üremeler çalışma dışı bırakıldı. MBT Sepsityper IVD kiti (Bruker Daltonik, Almanya), Sodyum dodesil sülfat (SDS) ile lizis ve diferansiyel santrifüj ve protein ekstraksiyonu (PE) yöntemleri ile elde edilen sonuçlar, Bruker Biotyper MBT smart MALDI-TOF MS cihazının standart ve Sepsityper modülünde okutularak rutin koloniden MALDI-TOF MS tanımlama sonuçlarıyla karşılaştırıldı. Bulgular: Sepsityper kiti ile standart modülde, ≥1.7 tanımlama skoru ile %57.9 oranında örnek doğru tanımlanmışken Sepsityper modülünde ise ≥1.6 tanımlama skoru ile bu oran %74.2'ye yükseldi. Standart modülden Sepsityper modülüne geçiş ile doğru tanımlama oranları SDS ile lizis metoduyla %81.3'ten %90.4'a, Santrifüj + PE metoduyla %75.4'ten %84.2'ye yükseldi. Standart modülde, SDS ile lizis ile Sepsityper kiti ve Santrifüj + PE yöntemi ile Sepsityper kiti arasında istatistiksel olarak anlamlı fark saptandı (p<0.001). Sepsityper modülünde ise üç yöntem arasında da istatistiksel olarak anlamlı fark saptandı. Standart modül ve Sepsityper modülünde, Gram negatif bakterilerin sırasıyla Sepsityper kitiyle %63.7'si ve %75.8'i, SDS ile lizis metoduyla %86.3'ü ve %91.9'u, Santrifüj + PE metoduyla %87.9'u ve %89.5'i tür düzeyinde doğru tanımlandı. Gram negatif bakterilerin tür düzeyinde doğru tanımlanmasında, SDS ile lizis metodu ve Sepsityper kitinde modüller arasındaki fark, istatistiksel olarak anlamlı bulundu (sırasıyla p=0.039 ve p<0.001). Standart modül ve Sepsityper modülünde, Gram pozitif bakterilerin sırasıyla Sepsityper kitiyle %51.7'si ve %70.7'si, SDS ile lizis metoduyla %75.9'u ve %87.1'i, Santrifüj + PE metoduyla %62.1'i ve %78.4'ü tür düzeyinde doğru tanımlandı. Gram pozitif bakterilerin tür düzeyinde doğru tanımlanmasında, karşılaştırılan üç yöntemde de modüller arasındaki fark istatistiksel olarak anlamlı bulundu (p<0.001). Sadece Sepsityper modülünde, sekiz adet cins düzeyinde ve dört adet tür düzeyinde yanlış tanımlama Sepsityper kiti ve SDS ile lizis yöntemiyle yapılan çalışmalarda saptandı. Sonuç: Karşılaştırılan üç yöntem arasında en iyi performans SDS ile lizis metodunda elde edildi. Karşılaştırılan iki okuma modülünden Sepsityper yazılım modülüyle daha iyi performans gerçekleşmiş olsa da bu modüldeki yanlış tanımlama riski göz ardı edilmemelidir.
Özet (Çeviri)
Aim: Blood culture is the gold standard in the diagnosis of sepsis, and rapid and accurate identification of microorganisms reduces mortality and sepsis can be treated with appropriate antibiotic administration. The aim of the present study was to analyse the performance of three different preparation methods and determine the most applicable and cost-effective method for the laboratory by comparing in two different analysis modules for direct identification of bacteria from positive blood culture bottles with MALDI-TOF MS. Materials and methods: In present study, 245 blood culture bottles of BD BACTEC FX Plus Aerobic, Plus Anaerobic, Lytic/10 Anaerob/F and Peds Plus/F, which were sent to Dokuz Eylül University Hospital Central Laboratory Bacteriology Laboratory with the suspicion of bloodstream infection between December 2022 and March 2023, and tagged a positive signal after incubation in the BACTEC FX (Becton Dickinson, USA) blood culture system, were evaluated. Five samples with polymicrobial growth and repetitive growths within a week of the same patient were excluded from the study. The results obtained by MBT Sepsityper IVD kit (Bruker Daltonics, Germany), lysis with Sodium dodecyl sulfate (SDS) and differential centrifugation and protein extraction (PE) methods were compared with the routine MALDI-TOF MS identification results obtained from colonies by analyzing in the standard and Sepsityper module of the Bruker Biotyper MBT smart MALDI-TOF MS. Results: By using the standard module with the Sepsityper kit, 57.9% of the samples were correctly identified with acceptable identification score of ≥1.7, while this rate increased to 74.2% with an identification score of ≥1.6 by using the Sepsityper module. With the alteration from the standard module to the Sepsityper module, the correct identification rates increased from 81.3% to 90.4% by the SDS lysis method and from 75.4% to 84.2% by the Centrifugation + PE method. By using the standard module, statistically significant difference was found between SDS lysis method and Sepsityper kit and Centrifugation + PE method and Sepsityper kit (p<0.001). A statistically significant difference was found between the three methods by using the Sepsityper module. In the standard module and Sepsityper module, 63.7% and 75.8%, 86.3% and 91.9%, 87.9% and 89.5% of Gram-negative bacteria were correctly identified at the species level by Sepsityper kit, SDS lysis method and Centrifugation + PE method, respectively. The difference between the modules in the correct identification of Gram-negative bacteria at the species level was found to be statistically significant in both SDS lysis method and Sepsityper kit (p=0.039 and p<0.001, respectively). In the standard module and Sepsityper module, 51.7% and 70.7%, 75.9% and 87.1%, 62.1% and 78.4% of Gram-positive bacteria were correctly identified at the species level by Sepsityper kit, SDS lysis method and Centrifugation + PE method, respectively. The difference between the modules in the correct identification of Gram-positive bacteria at the species level was found to be statistically significant in all three methods compared (p<0.001). Only by using the Sepsityper module, eight genus-level and four species-level misidentifications were detected in studies performed with the Sepsityper kit and SDS lysis method. Conclusion: Among the three methods compared, the best performance was obtained with SDS lysis method. Although better performance was achieved by using the Sepsityper software module from the two compared analysis modules, the risk of misidentification by using this module should not be ignored.
Benzer Tezler
- Otomatize kültür sistemlerinde üreme sinyali alınan steril sıvı kültür şişelerinden maldı-tof MS ile hızlı bakteri tanımlanması
Rapid identification of bacteria with maldi-tof MS from sterile liquid culture bottles with reproductive signal in automatized culture systems
FATİH ÇUBUK
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2022
MikrobiyolojiSivas Cumhuriyet ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ MÜRŞİT HASBEK
- Pozitif kan kültürlerinde MALDI-TOF yöntemi kullanılarak hızlı bakteri maya identifikasyonu
Identification of bacteria-yeast / positive blood cultures using MALDI-TOF methodology
CENNET TUĞÇE BİLGİN
Yüksek Lisans
Türkçe
2019
Mikrobiyolojiİstanbul Üniversitesi-CerrahpaşaTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. NEVRİYE GÖNÜLLÜ
- Pozitif kan kültürlerinden MALDI-TOF MS ile direkt mikroorganizma tanımlanması ve hızlı antibiyotik duyarlılık çalışılması
Direct identification of microorganisms from positive blood cultures with MALDI-TOF MS and studying rapid antibiotic susceptibility test
BİLGEHAN ERGAN
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2023
MikrobiyolojiMarmara ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ZEYNEP ARZU İLKİ
- Fungemi etkeni Candida Albicans ve non-albicans ayrımında kullanılan germ tüp deney süresinin azaltılmasında yöntemlerin karşılaştırmalı olarak araştırılması
The compare investigation of methods in decreasing time period of germ tube test used in the differentiation of fungemia agent Candida Albicans and non-albicans
MUSTAFA SUMAK
- Pozitif kan kültürü şişelerinden karbapenemaz üreten Enterobacterales suşlarının hızlı tespiti ve karbapenemaz karakterizasyonu amacıyla kombinasyon disk testlerinin doğrudan beta-laktam inaktivasyon metoduna dayalı olarak kullanımının etkinliğinin araştırılması
Investigation of the effectiveness of using combination disc tests based on the direct beta-lactam inactivation method for the rapid detection and characterization of carbapenemase producing Enterobacterales strains from positive blood culture bottles
TUĞBA AYVALIK
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2024
MikrobiyolojiSüleyman Demirel ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. EMEL SESLİ ÇETİN