Otomatize kültür sistemlerinde üreme sinyali alınan steril sıvı kültür şişelerinden maldı-tof MS ile hızlı bakteri tanımlanması
Rapid identification of bacteria with maldi-tof MS from sterile liquid culture bottles with reproductive signal in automatized culture systems
- Tez No: 751549
- Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ MÜRŞİT HASBEK
- Tez Türü: Tıpta Uzmanlık
- Konular: Mikrobiyoloji, Microbiology
- Anahtar Kelimeler: Eklem sıvısı, Kütle spektrometri, Plevral efüzyon, Serebrospinal sıvı, Teşhis, Tween® 80, Joint fluid, Mass spectrometry, Pleural effusion, Cerebrospinal fluid, Diagnosis, Tween® 80
- Yıl: 2022
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Sivas Cumhuriyet Üniversitesi
- Enstitü: Tıp Fakültesi
- Ana Bilim Dalı: Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
MALDI-TOF MS (Matriks ile desteklenmiş lazer desorpsiyon/iyonizasyon uçuş zamanı kütle spektrometresi) ile birçok mikroorganizma konvansiyonel yöntemlere kıyasla çok daha kısa sürede tanımlanabilmektedir. Son yıllarda, pozitif kan kültürü şişelerinden MALDI-TOF MS ile doğrudan etken mikroorganizma tanımlanmasını amaçlayan çalışmalarda başarılı sonuçlar elde edilmektedir. Bununla birlikte, literatürde BOS, plevral sıvı ve eklem sıvısı gibi diğer steril vücut sıvısı örneklerine ait pozitif kültür şişelerinden doğrudan mikroorganizma tanımlanmasını hedefleyen kısıtlı sayıda çalışma bulunmaktadır. Bizim çalışmamızda, pozitif kültür şişesinden doğrudan mikroorganizma tanımlanması amacıyla kullanılacak bir hızlı tanımlama protokolünün geliştirilmesi ve bu protokolün steril vücut sıvısı kültürlerinde kullanılabilirliğinin değerlendirilmesi amaçlanmıştır. Çalışmaya toplam 97 pozitif steril sıvı kültür şişesi dahil edilmiştir. Çalışmamızda kullanılan hızlı tanımlama protokolü ile tür düzeyinde %53.6 ve cins düzeyinde ise %81.4 başarı elde edilmiştir. Bu protokol gram pozitif ve gram negatif bakteriler için tür düzeyinde %44.6 ve %71.9; cins düzeyinde ise %80 ve %84.4 başarı sağlamıştır. Cins düzeyinde tanımlama başarısı her iki grup açısından birbirine yakın olmakla birlikte (p>0.05); çalışmamızda kullanılan hızlı tanımlama protokolü, özellikle gram negatif bakteriler için tür düzeyinde daha başarılı sonuçlar vermiştir (p<0.05). Pozitif kan kültürü şişelerinden MALDI-TOF MS ile doğrudan mikroorganizma tanımlanmasını amaçlayan çalışmalarda başarılı sonuçlar elde edilmesi, sepsis tanı süreçleri için umut verici olmuştur. Benzer şekilde, pozitif kültür şişelerinden doğrudan etken mikroorganizma tanımlanmasını hedefleyen protokoller ile bakteriyel menenjit, parapnömonik plevral efüzyon ve septik artrit gibi ciddi enfeksiyonların tanı süreçlerinin hızlandırılması amaçlanabilir. Çalışmamızda BOS, plevral sıvı ve eklem sıvısı örneklerine ait kültür şişelerinden hızlı mikroorganizma tanımlanma işlemleri gerçekleştirilmiştir. Çalışmamızın bu yönü ile önemli olduğunu ve çalışmamızda elde edilen sonuçların literatüre katkı sağlayacağını düşünüyoruz.
Özet (Çeviri)
With MALDI-TOF MS, many microorganisms can be identified in a much shorter time compared to conventional methods. In recent years, successful results have been obtained in studies aiming to directly identify the causative microorganism with MALDI-TOF MS from positive blood culture bottles. However, there are a limited number of studies in the literature targeting the direct identification of microorganisms from positive culture bottles of other sterile body fluid samples such as CSF, pleural fluid and joint fluid. In our study, it was aimed to develop a rapid identification protocol to be used to directly identify microorganisms from positive culture bottles and to evaluate the usability of this protocol in sterile body fluid cultures. A total of 97 positive sterile liquid culture bottles were included in the study. With the rapid identification protocol used in our study, 53.6% success was achieved at the species level and 81.4% at the genus level. This protocol was 44.6% and 71.9% at the species level for gram positive and gram negative bacteria; at the genus level, 80% and 84.4% success were achieved. Although the success of identification at the genus level was close to each other in terms of both groups (p>0.05); the rapid identification protocol used in our study gave more successful results at the species level, especially for gram negative bacteria (p<0.05). Obtaining successful results in studies aiming to directly identify microorganisms from positive blood culture bottles with MALDI-TOF MS has been promising for sepsis diagnosis processes. Similarly, protocols targeting the identification of causative microorganisms directly from positive culture bottles can be aimed at accelerating the diagnosis processes of serious infections such as bacterial meningitis, parapneumonic pleural effusion and septic arthritis. In our study, rapid microorganism identification processes were performed from culture bottles of CSF, pleural fluid and joint fluid samples. We think that our study is important in this respect and that the results obtained in our study will contribute to the literature.
Benzer Tezler
- Negatif sinyal ve yalancı pozitif üreme sinyali veren otomatize kan kültür şişelerinde moleküler yöntemler ile bakteriyemi ve fungemi etkeni mikroorganizma varlığının araştırılması
Investigation of the presence of bacteremia and fungemia- related microorganisms with molecular methods in automated blood cultures with false positive and negative growth signals
MERVE ERTÜRK MELEZ
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2024
MikrobiyolojiErciyes ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MUSTAFA ALTAY ATALAY
- BACTEC Plus Aerobic / F ve BACTEC Plus Anaerobic / F otomatize erişkin kan kültür şişelerindeki izolatların üremelerinin ve üreme zamanlarının karşılaştırılması
Comparison of the growth and growth durations of the isolates in the BACTEC Plus Aerobic / F and BACTEC Plus Anaerobic / F of the automated adult blood culture bottles
SUAT YILDIZ
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2017
MikrobiyolojiEskişehir Osmangazi ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. GÜL DURMAZ
- Otomatik kan kültürü sistemlerinde negatif çıkan kan kültürlerinin inkübasyon süreleri uzatılarak hacek grubu bakterilerin araştırılması
Investigation of hacek group bacteria by increasing the incubation times of negative blood cultures in automatic blood culture systems
GÜLNİHAL ŞAHİN
Yüksek Lisans
Türkçe
2019
MikrobiyolojiFırat ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ZÜLAL AŞÇI TORAMAN
- Tarama çeviriciler için dijital kontrol sisteminin sentezi
Başlık çevirisi yok
MURAT TÜRE
Yüksek Lisans
Türkçe
1985
Elektrik ve Elektronik MühendisliğiUludağ ÜniversitesiElektronik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ERGÜR TÜTÜNCÜOĞLU
- İzmir yöresindeki süt sığırcılığı işletmelerinde sağımı yemleme ve temizlemeye ilişkin uygulamaların mekanizasyon işletmeciliği açısından irdelenmesi
Başlık çevirisi yok
ENGİN ÇAKIR
Yüksek Lisans
Türkçe
1986
ZoolojiEge ÜniversitesiTarımsal Mekanizasyon Ana Bilim Dalı
PROF.DR. RAUF UÇUCU