RFLP ile HCV türünün tayini
Determination of the HCV genotype by RFLP
- Tez No: 80186
- Danışmanlar: PROF. DR. İSMAİL HAKKI GÖKHUN
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Biyokimya, Biochemistry
- Anahtar Kelimeler: Kronik hepatit, PCR, HCV-Genotip, RFLP 85, Hepatit C virüsü, Restriksiyon fragman uzunluğu polimorfizmi, Cronic hepatitis, PCR, HCV-Genotype, RFLP 86, Hepatitis C virus, Restriction fragment length polymorphisms
- Yıl: 1997
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Ankara Üniversitesi
- Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyokimya Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
ÖZET Bu çalışmada histopatolojik olarak kronik hepatit tanısı almış, Anti- HCV antikoru HCV-RNA'sı (+) olan 45 hastanın serumunda 'Restriction Fragment Length Polymorphism' (RFLP) yöntemi ile HCV türünün tayini yapılmıştır.Hastaların % 60'ı erkek olup, yaş ortalaması 42.5 ( 21-64), kadınların yaş ortalaması 45 ( 18-63) idi. Anti-HCV-Ab tayininde Abbott firmasına ait II. kuşak ELISA kiti kullanılmıştır. HCV-RNA tayininde ise hasta serumları, GSCN ve fenol- kloroform karışımları ile ekstrakte edilerek, elde edilen virüs RNA'sı ters transkripsiyon ile cDNA elde edilmiştir. Virüs genomunun çok iyi korunduğu belirtilen 5 'NCR bölgesine ait primerler kullanılarak nested- PCR yapılmıştır. PCR ürünü agarose jel elektro forezinde yürütülerek, j eldeki ethidiumbromür sayesinde bantlar görünür hale getirilmişlerdir. Bir DNA markerı ile kıyaslanarak bant büyüklüğü 25 1 bp uzunluğunda olan numuneler pozitif olarak kabul edilmiştir. 251 bp'lik bu DNA fragmanları, genotip tayini yapılmak üzere, HaelII, Rsal, Mval, Hinf I, ScrFI ve BstU I restriksiyon endonükleazları ile kesildikten sonra PAGE' de yürütülerek, baz uzunluklarına göre ayrılmaları sağlanmıştır. Bu uzunluklar 0XHae III DNA marker' ı ile kıyaslanarak tesbit edilmiştir. Hastaların 34 'ü (% 76) tip lb, 6 'sı tip la (% 12), 2 'si tip 2a ve bir tanesi tip 3 ve bir tanesi de tip 4 olarak değerlendirilmiştir. Bu bulgular daha önce 'tip spesifik primer' 1ar kullanarak yapılmış olan benzer bir çalışma ile karşılaştırılmıştır.
Özet (Çeviri)
SUMMARY (Determination of the HCV Genotype by RFLP) In this study HCV genotypes have been determinated using the RFLP technique in the sera of 45 patients who were histopathologically diagnosed as chronic hepatitis and whose anti-HCV antibodies and HCV-RNA were positive. 60 % of the patients were males with a mean age of 42.5 (21-64). Mean age of the female group was 45 (18-63). Abbott second generation ELISA kit was used for the determination of Anti-HCV antibody. Virus RNA obtained by GSCN and phenol- chloroform extraction was converted to cDNA by reverse transcription for the determination of HCV-RNA. Nested PCR was performed by using the primer belonging to 5'NCR which is known to be well conserved. PCR product is applied to agarose gel electrophoresis. Bands have been made visible making use of the ethidium bromide in the gel. Comparing with a DNA marker samples having bands of 251 bp were accepted as positive. After cutting with Hae III, Rsa I, Mva I, ScrF I and BstU I restriction endonucleases these 251 bp DNA fragments were applied to PAGE and separated according to their base lengths for the the determination of genotypes. Out of 45 patients 34 of (76 %) were evaluated as type lb, 6 ( 12 %) as type la, 2 as type 2a, one as type 3 and one as type 4. The findings were compared to a similar study which had used ' type spesific primer'.
Benzer Tezler
- Kronik C hepatitli hastaların interferon tedavisine yanıtında NS5A geninin önemi
Importance of NS5A gene in IFN treatment of patients with chronic hepatitis C
NURAY ASLAN
Yüksek Lisans
Türkçe
2000
Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik MikrobiyolojiAnkara ÜniversitesiTemel Hepatoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ.DR. A. MİTHAT BOZDAYI
- Molecular cloning and characterization of the common 1b subtype of HCV from Turkey
Türkiye'de baskın olarak görünen hepatit C virüsü 1b alt tipinin moleküler klonlanması ve karakterizasyonu
ASLI ÖZTAN
Yüksek Lisans
İngilizce
1999
Biyolojiİhsan Doğramacı Bilkent ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MEHMET ÖZTÜRK
- Türkiyede hemodiyaliz hastalarında HCV genotiplerinin belirlenmesi
Determination of HCV genotypes in hemodialysis patients in Turkey
GÜLENDAM BOZDAYI
- Fenilketonüri (PKU) hastalığının bağlantı incelemesi ile doğum öncesi tanısı
Prenatal diagnosis of phenylketonuria with linkage analysis
NACİ ÇİNE