Investigation of the role of NLRP13 in cell death
NLRP13'ün hücre ölümündeki görevinin araştırılması
- Tez No: 789362
- Danışmanlar: PROF. NESRİN ÖZÖREN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Biology
- Anahtar Kelimeler: Apoptozis, Hücre canlılığı, Hücre ölümü, NLRP13, Apoptosis, Cell survival, Cell death, NLRP13
- Yıl: 2022
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Boğaziçi Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
NLRP13, NOD benzeri resept¨or ailesine dahil olan hÜcre içi bir proteindir. N terminal PYRIN bölgesi, NACHT bölgesi ve lösin bakımından zengin tekrarları, LRR'yi içerir. Stabil olarak NLRP13 eksprese eden THP1 hücrelerinde, LPS/ATP uygulaması ve P. Aeruginosa enfeksiyonu daha y¨uksek bir pro-inflamatuar yanıtı indükledi. Ayrıca, stabil NLRP13 eksprese eden THP-1 h¨ucresinde procaspaz-8 aktivasyonunun nispeten arttığı ortaya cıktı. NLRP13, Co-IP sonuçlarına göre kaspaz-8 ile etkileşime sahiptir. Bunların yanı sıra, NLRP3, kaspaz-1 ve ASC gibi NLRP3 inflamatuar bileşenleri, inflamatuar aktivasyon üzerine stabil NLRP13 eksprese eden THP-1 hücresilerinde önemli ölçüde daha yüksektir. Bu tez ¸çalışması, NLRP13'ün inflamatuar aktivasyon sonrası kaspaz-8 aktivasyon kompleksi yoluyla hücre ölümünde rolü olup olmadığını araştırmayı amaçlamıştır. Bunu açıklamak için, THP-1 hücrelerinde inflamatuar aktivasyon yoluyla piroptoz indüksiyonundan sonra Annexin V-PI boyama ve LDH salınım deneyi yapıldı. Stabil olarak NLRP13 eksprese eden THP-1 hücreleri, yabanıl tip hücreler ve kontrol hücreleri arasında ¨önemli bir fark gözlenmedi. Ayrıca tüm gruplar için gasdermin D ve PARP-1 proteinlerinin kesilimi kontrol edildi. Gasdermin D kesilimi her grup için benzer olarak gösterilirken, stabil NLRP13 eksprese eden THP-1 hücrelerinde PARP-1 kesilimi kontrolden nispeten daha yüksekti. Her grupta kaspaz-8 inhibe edildikten sonra deneyler tekrarlandı. Annexin V-PI boyamasında, LDH salınım tahlilinde ve gasdermin D bölünmesinde ¨önemli bir fark yoktu. Bununla birlikte, kaspaz-8 inhibe edildiğinde, stabil olarak NLRP13 eksprese eden THP-1 hücrelerinde PARP-1 bölünmesi biraz azaldı.NLRP13'¨un kaspaz-8 aktivasyon kompleksinin ind¨uklenmesi yoluyla doğrudan piroptozda yer almadığı gösterilmiştir; ancak kaspaz-8 aktivasyon kompleksi ile apoptoz ve piroptoz arasındaki moleküler geçiş mekanizmasında yer alabilir.
Özet (Çeviri)
NLRP13 is an intracellular protein that is included in the NOD-like receptor fam ily. It contains the N-terminal pyrin domain, central NOD domain, and leucine-rich repeats, LRR at C terminus. Stably NLRP13 expressing THP-1 cells induced a higher pro-inflammatory response upon LPS/ATP treatment and P. Aeruginosa infection. Moreover, the activation of procaspase-8 is relatively increased in the stably NLRP13 expressing THP-1 cell. NLRP13 can interact with caspase-8 according to Co-IP results. Besides these, NLRP3 inflammasome components are significantly higher in the sta bly NLRP13 expressing THP-1 cells upon inflammasome activation. This thesis study aimed to investigate whether NLRP13 has a role in cell death via the caspase-8 activa tion complex after inflammasome activation. To elucidate this, Annexin V-PI staining and LDH release assay were performed after pyroptosis induction via inflammasome activation.No significant difference was observed between stably NLRP13 expressing THP-1 cells and control cells. Furthermore, Gasdermin D cleavage was shown to be similar for each group while PARP-1 cleavage in stably NLRP13 expressing THP-1 cells was slightly higher than control. The experiments were repeated after caspase-8 was inhibited. There was no significant difference in Annexin V-PI staining, LDH release assay, and gasdermin D cleavage. However, PARP-1 cleavage was slightly decreased in stably NLRP13 expressing THP-1 cells when caspase-8 was inhibited.It was shown that NLRP13 is not involved directly in pyroptosis via induction of the caspase-8 activation complex; however, it could be involved in the molecular switch mechanism between apoptosis and pyroptosis with the caspase-8 activation complex.
Benzer Tezler
- Investigation of interaction partners of NLRP13
NLRP13 proteinin etkileşim ortaklarının araştırılması
HİLAL OK
Yüksek Lisans
İngilizce
2022
BiyolojiBoğaziçi ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. NESRİN ÖZÖREN
- Juvenil sistemik lupus eritematozus hastalarında inflamatuar hücre ölümü panoptozis yolağı aktivasyonunun araştırılması
Investigation of the activation of the inflammatory cell death panoptosis pathway in juvenile systemic lupus erythematosus patients
AFSANA SAFAROVA
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2026
Çocuk Sağlığı ve HastalıklarıErciyes ÜniversitesiÇocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ SÜMEYRA ÖZDEMİR ÇİÇEK
- Peri-implantif dönem fare uterusunda inflamasyon ilişkili programlı hücre ölümü piroptozun araştırılması
The investigation of inflammation-associated programmed cell death pyroptosis in the mouse uterus during peri-implantation period
CEMRE NUR BALCI
Doktora
Türkçe
2023
Histoloji ve EmbriyolojiAkdeniz ÜniversitesiHistoloji ve Embriyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. NURAY ACAR AYDEMİR
- Periodontitisli bireylerin diş eti oluğu sıvısında NLRP3, Kaspaz-1 ve Gasdermin-D seviyelerinin incelenmesi
Investigation of NLRP3, Caspase-1, and Gasdermin-D levels in the gingival crevicular fluid of individuals with periodontitis
UTKUCAN BUDAK
Diş Hekimliği Uzmanlık
Türkçe
2025
Diş HekimliğiAdnan Menderes ÜniversitesiPeriodontoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. BERAL AFACAN
- Kolon kanserinde serotonin reseptör-7 (5-HT7) pripopitoz yolağı arasındaki ilişkinin araştırılması
Investigation of the Relationship Between Serotonin Receptor-7 (5-HT7) and Pyroptosis Pathway in Colon Cancer
YUSUF SEVİM
Doktora
Türkçe
2024
GenetikErciyes ÜniversitesiMoleküler Biyokimya ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ZÜHAL HAMURCU