Kerevit ganglia transkriptomundaki otopetrin benzeri bir proton kanalının modellenmesi
Modeling of an autopetrin-like proton channel in the crayfish ganglia transcriptome
- Tez No: 788720
- Danışmanlar: PROF. DR. NUHAN PURALI
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Biyofizik, Biophysics
- Anahtar Kelimeler: kerevit, ganglia, in silico, simülasyon, proton kanalı, Elektrofizyoloji, Ganglion, Moleküler modelleme, Transkriptomlar, İyon kanalları, crayfish, ganglia, in silico, simulation, Electrophysiology, Molecular modeling, Transcriptomics, Ion channels
- Yıl: 2023
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Hacettepe Üniversitesi
- Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyofizik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Nörobilimde iyon kanalları ve çeşitli nörotransmitter ve nöromodülatörlerin işlevlerinin anlaşılması açısından kerevit sıklıkla kullanılan bir model organizmadır. Çeşitli proteinlerin moleküler yapısı ve diğer protein ve ligandlarla dinamik etkileşiminin bilgisayar ortamında (in silico) modellenmesi günümüzde giderek artan oranda deneysel çalışmalarla uyumlu sonuçlar vermektedir. Simülasyon, söz konusu proteinlerin etkileşim dinamiklerinin belirlenmesi, çeşitli agonist ya da antagonistlerinin önerilmesi noktasında zaman ve bütçeden tasarruf sağlayan önemli bir araç haline gelmiştir. Bu tez çalışmasında kerevit gangliasında ilk kez tarafımızca izole edilmiş otopetrin ailesinden bir proton kanalının tam dizileri kullanılarak bunların üç boyutlu yapısı Alphafold ile belirlenmiştir. Yapı ve fonksiyon arasındaki ilişki CHARMM kuvvet alanı kullanılarak NAMD moleküler dinamik yazılımı aracılığı ile modellenmiş, iyonların protein rezidüleri ve sulu çözeltide bulunma olasılığının yüksek olduğu konumlar belirlenerek proton iletim yolları tespit edilmiştir.
Özet (Çeviri)
Crayfish is a frequently used model organism in neuroscience to understand the functions of ion channels and various neurotransmitters and neuromodulators. In silico modeling of the molecular structure of various proteins and their dynamic interactions with other proteins and ligands is increasingly yielding results that are compatible with experimental studies. Simulation has become an important tool that saves time and money in determining the interaction dynamics of the proteins in question and recommending various agonists or antagonists. In this thesis, the three-dimensional structure of the proton channel was determined by Alphafold using the complete sequences of a proton channel from the otopetrin family, which was determined for the first time by our research team. The relationship between structure and function was modeled by the NAMD molecular dynamics software using the CHARMM force field, and the proton transmission paths were determined by distribution the positions where the ions are likely to be found in protein residues and aqueous solution.
Benzer Tezler
- Bornova (İzmir) koşullarında çeşitli kültür bitkilerinde zarar yapan Dolycoris baccarum (L.) (Heteroptera: Pentatomidae)'un biyolojisi ve ekolojisi üzerinde araştırmalar
Investigations on the biology and ecology of Dolycoris baccarum (L.) (Heteroptera: Pentatomidae) which attacks to various plants of economic importance at Bornova (İzmir)
YUSUF KARSAVURAN
- Gölmarmara ve Gölcük gölleri kerevitlerindeki (Actacus leptodactylus salinus Nordman, 1842) ağır metal birikimleri
A Accumilation levels of heavy metals in Gölmarmara's and Gölcük's lakes crayfish (Actacus leptodactylus salinus Nordman, 1842)
TUNCAY KINACIGİL
- Mogan gölündeki kerevit (astacus leptodactylus, esch 1823)'in biyolojisi
Biology of the freshwater crayfish (astacus leptodactylus, esch 1823) in the Mogan lake
İLHAMİ TÜZÜN
Yüksek Lisans
Türkçe
1987
Su ÜrünleriAnkara ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. MUSTAFA KARABATAK
- Bazı meyvelerin sera içinde kuruma karakteristikleri
Başlık çevirisi yok
ŞEBNEM DEMİR
Doktora
Türkçe
1989
Gıda MühendisliğiEge ÜniversitesiGıda Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. TEMEL ÇAKALOZ
- Akşehir gölü sazan balıklarının (cyprinus carpio L., 1758) populasyon yapısı üzerinde bir araştırma
A Study on the population structure of carp (cyprinus carpio L.) in Akşehir lake
OSMAN ÇETİNKAYA