Geri Dön

Determination of protein structures using distance constraints

Uzaklık kısıtlamaları kullanılarak proteinlerin yapılarının belirlenmesi

PDF İndir

  1. Tez No: 76465
  2. Yazar: BAŞAK SAMUR
  3. Danışmanlar: PROF.DR. İVET BAHAR
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Kimya Mühendisliği, Chemical Engineering
  6. Anahtar Kelimeler: Proteinler, Yapı analizi, Proteins, Structure analysis
  7. Yıl: 1998
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Boğaziçi Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Kimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.

Özet

30 residüden oluşan bir protein zincirine değişik kısıtlamalar koyarak, orijinali polimerler için geliştirilmiş olan kooperatif kinematik (CK) modeli uygulanmıştır. Amaç proteine konulan uzaklık kısıtlamalarının yerinin ve sayısının zincirin konformasyon uzayını azaltmakta ne kadar önemli olduğunu araştırmaktı. Önce, zincirin uçlarına tek bir tane kısıtlama getirilmiştir, daha sonra kısıtlamanın yeri zincirin ortası olarak değiştirilmiştir. Bunun sonucunda konulan kısıtın yerinin üç boyutlu yapının oluşumunda çok önemli olduğu görülmüştür. Son olarak zincirde birbirine yakın olan iki residüye konulan kısıtlama incelenmiştir. İkinci aşamada, kısıt sayısı ikiye çıkarılmıştır ve kısıtlama sayısının konformasyon uzayını azaltmakta önemli olduğu gözlenmiştir. Son çalışma olarak Rop adlı dimerik proteinin yapısını geliştirilen analitik yöntemle elde etmeye çalışılmıştır. Bu işlem için, lrop'un ot-karbonları arasındaki (protein yapısı Bilgi Bankasından elde edilen) gerçek mesafelerden yararlanılarak üç kısıtlama kullanılmıştır. Sonuç olarak elde edilen en düşük enerjili konformasyon gerçek bir proteinin üç boyutlu yapısı kabul edilebilir bir doğrulukla, sınırlı mesafe kısıtlamaları kullanılarak tahmin edilebileceğini göstermiştir.

Özet (Çeviri)

Constraints of different types are applied to a protein chain of 30 residues by using a low resolution model adopted from the cooperative kinematics (CK) model of polymers. The aim was to investigate the importance of the location and number of the distance restraints in reducing the conformational space accessible to the chain. Initially, one constraint is applied to the chain ends. Then, the place of the constraint is changed to the middle of the chain. It was observed that the place of the constraint is very important in the formation of the tertiary structure. Also, the effect of applying a constraint between two residues which are close to each other along the chain is investigated. At the second stage of calculations, the number of constraints is increased to two, and the results confirm that increasing the number of constraints effectively restricts the conformational space. A helical protein, referred to as the Rop dimer, is explored as a last case by applying three different distance restraints, which are originally calculated from the real distances of a-carbons in the Protein Databank structure. The resulting lowest energy conformation showed that a real protein structure can also be predicted with a reasonable accuracy level by using a limited number of distance restraints.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    50485

    Simulation of protein structure by a simplified model: Application to the rop dimer

    Protein yapısının basitleştirilmiş bir modelle simülasyonu

    E. DEMET AKTEN

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    1996

    Kimya MühendisliğiBoğaziçi Üniversitesi

    Kimya Mühendisliği Bölümü

    PROF. DR. İVET BAHAR

    PROF. DR. BURAK ERMAN

  2. Tez No

    47488

    Squence-structure relationships in globular proteins

    Küresel proteinlerde dizin yapı ilişkisi

    MİNE KAPLAN

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    1995

    Kimya MühendisliğiBoğaziçi Üniversitesi

    PROF.DR. İVET BAHAR

  3. Tez No

    11341

    Isırgan otu yaprak ve tohumlarının besleyici özellikleri ve antitümörel etkileri

    Assessment of the nutritional properties and antitumoural activity of the common nettle grown in Turkey

    HURİYE WETHERİLT

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    1989

    Eczacılık ve FarmakolojiHacettepe Üniversitesi

    Beslenme ve Diyetetik Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. AYŞE BAYSAL

  4. Tez No

    2085

    Polimerik membranlarda kimyasal ve makromoleküler yapının membranın oksijen ve iyonik geçirgenliğine etkileri

    The Dependence of the anygen and ionic permeabilities of some polymeric membranes on their chemical and macromolecular structures

    H. YILDIRIM ERBİL

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    1985

    Kimyaİstanbul Teknik Üniversitesi

    PROF. DR. BAHATTİN BAYSAL

  5. Tez No

    83457

    Farklı iki teknikle üretilen sprey yağsız süttozlarının bazı nitelikleri üzerine bir araştırma

    A Study on some quality characteristics of spray dried skim milk powder produced by two different techincs

    ORGUN DEVECİ

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    1999

    ZiraatAnkara Üniversitesi

    Süt Teknolojisi Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. ATİLLA YETİŞMEYEN

Geri Dön