Geri Dön

Identification of the targets of the human transcription factor PATZ1

İnsan transkripsiyon faktörü PATZ1 proteinin hedeflerinin belirlenmesi

PDF İndir

  1. Tez No: 762631
  2. Yazar: MELİKE GEZEN
  3. Danışmanlar: PROF. DR. MEHMET SELİM ÇETİNER
  4. Tez Türü: Doktora
  5. Konular: Genetik, Genetics
  6. Anahtar Kelimeler: CRISPR, Hidrojen sülfür, RNA dizileme, Transkripsiyon faktörleri, CRISPR, Hydrogen sulfide, RNA sequencing, Transcription factors
  7. Yıl: 2022
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Sabancı Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji, Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.

Özet

POZ-çinko parmak proteini 1(PATZ1) ifadesi tüm hücrelerde görülen, N-ucunda BTB bölgesi ve C-ucunda çinko parmak bölgesi bulunduran bir transkripsiyon faktörüdür. Son yapılan çalışmalara bakacak olursak PATZ1 hem transkripsiyonel aktivatör hem de baskılayıcı olarak hücre içeriğine göre çalışır. Ewing's Sarkoma ve prostat kanseri gibi bir çok kanser türü ile ilişkilendirilmesine rağmen PATZ1'ın hangi genleri kontrol ettiği henüz genomik çalışmaların eksikliği sebebi ile bilinmemektedir. CRISPR/Cas9 genom düzenleme, RNA dizileme ve kromatin immün çökeltme ve dizileme analizi gibi yöntemler kullanarak, HCT116 insan kolon kanseri hücre hattında, PATZ1'ın bağlanarak kontrol ettiği genlerden bazılarını belirledik. PATZ1'in hedef genlerinin promoter bölgelerine bağlanarak bazılarının ifade seviyelerini arttırdığını bazılarının ifadesini ise baskılayarak kontrol ettiğini gösterdik. Literatüre ilk defa PATZ1'ın HCT116 insan kolon kanseri hücre hattında kontrol ettiği genleri kazandırdık.

Özet (Çeviri)

POZ-AT hook-zinc finger protein 1 (PATZ1) is a ubiquitously expressed N-terminal BTB domain containing transcription factor which has a C2H2 type zinc finger DNA binding domain at its C-terminal. According to the recent findings PATZ1 acts both as a suppressor and an activator in a context dependent manner. Even though regulatory role of Patz1 is associated with various cancers, such as Ewing's Sarcoma and prostate cancer, the target genes of PATZ1 are not known. as a transcription factor remains controversial due to lack of genomic studies. We identified some of the genes that are bound and regulated by the PATZ1 transcription factor in the HCT116 colon cancer cell line by using techniques such as CRISPR/Cas9 genome editing tool, RNA-seq and CHIP-seq data analysis. We showed that PATZ1 binds to the promoters of its target genes and regulates their expression by both activating and suppressing these targets. For the first time in literature, we identified transcriptional targets of PATZ1 in HCT116 human colon cancer cell line.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    430098

    Yabani zeytin (Olea europaea L. var. oleaster) bitkisi genomunda MADS-box transkripsiyon faktörü ailesi tanımlanması ve qRT- PZR ile ifade analizi

    Identification and expression analysis of MADS-box transcription factor family genes in wild olive (Olea europaea L. var. oleaster) genome

    GÜNSELİ BABAOĞLU

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2016

    BiyolojiÇankırı Karatekin Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. TURGAY ÜNVER

  2. Tez No

    810245

    Investigations into the function and regulation of the C-terminal binding protein (CTBP-1) in C. elegans

    C. elegans'ta C-terminal Binding Protein'in (CTBP-1) fonksiyonunun ve düzenlenmesinin araştırılması

    DUYGU YÜCEL

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2012

    Tıbbi BiyolojiUnıversıty Of Sydney

    Tıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı

    DR. ÖĞR. ÜYESİ HANNAH NICHOLAS

  3. Tez No

    808949

    Investigation of NFİB function and regulation of its putative target genes in human neural stem cell and SH-SY5Y neuroblastoma cell lines

    İnsan sinir kök hücre ve SH-SY5Y nöroblastom hücre hatlarında NFIB işlevinin ve potansiyel hedef genlerinin regülasyonunun incelenmesi

    BETÜL ULUCA

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2023

    Genetikİstanbul Teknik Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı (disiplinlerarası)

    DR. ÖĞR. ÜYESİ ASLI KUMBASAR

  4. Tez No

    371757

    Investigation of bacterial infection strategies through bacteria-human protein-protein interactions by bioinformatics approaches

    Bakteriyel enfeksiyon stratejilerinin bakteri-insan protein-protein etkileşimleri kullanılarak biyoinformatik araçlar ile incelenmesi

    BÜŞRA GÜRSES

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2014

    BiyoteknolojiBoğaziçi Üniversitesi

    Kimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. ŞEFİKA KUTLU ÜLGEN

  5. Tez No

    519769

    Suppression of NFIb expression by gene targeting strategies

    NFIb ifadesinin gen hedefleme stratejileriyle baskılanması

    İBRAHİM OGUZ

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2018

    Genetikİstanbul Teknik Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı (disiplinlerarası)

    DOÇ. DR. ASLI KUMBASAR

Geri Dön