Investigation of bacterial infection strategies through bacteria-human protein-protein interactions by bioinformatics approaches
Bakteriyel enfeksiyon stratejilerinin bakteri-insan protein-protein etkileşimleri kullanılarak biyoinformatik araçlar ile incelenmesi
- Tez No: 371757
- Danışmanlar: PROF. DR. ŞEFİKA KUTLU ÜLGEN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoteknoloji, Biyomühendislik, Biotechnology, Bioengineering
- Anahtar Kelimeler: Anaerobik bakteriler, Bakteriyel enfeksiyonlar, Enterobacteriaceae, Gram negatif bakteriler, Gram pozitif bakteriler, Anaerobic bacteria, Bacterial infections, Enterobacteriaceae, Gram negative bacteria, Gram positive bacteria
- Yıl: 2014
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Boğaziçi Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Kimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Eski çağlarda insan yaşamı için ciddi tehdit oluşturan enfeksiyöz hastalıklar, günümüzde de çok sayıda ölüme ve sakatlığa sebep olmaktadırlar. Çeşitli patojen molekülleri insan proteinleri ile etkileşerek, insanın hücresel mekanizmalarını patojenin kendi yararına kullanmasına izin verdirerek enfeksiyona neden olurlar. Türler arası (patojen-insan) bu etkileşimlerin detaylı aydınlatılması patojenezi bütünüyle anlamak için gereklidir. Enfeksiyöz hastalıklarla mücadelede kilit nokta patojenler tarafından konak ile etkileşime geçmek için kullanılan stratejilerin (genellikle belirli patojenlere ortak ya da farklı türlere özgü) tanımlanması ve çözümlenmesidir. Bu çalışma çerçevesinde, bakteri-insan protein-protein etkileşimleri yoluyla bakteriyel enfeksiyon mekanizmalarının ortaya çıkarılması amaçlanmıştır. Hedeflenmeyen proteinlerden farklı belirli özelliklere sahip olan ve hedef alınan insan proteinlerinin özelliklerinin incelenerek yeni araştırma olanaklarına öncülük etmesi beklenmektedir. Çalışılan her insan protein seti ile istatistiksel olarak anlamlı ve önemli ilişkisi bulunan terimleri belirlemek için tüm gen ontolojisi terimleri taranmıştır. Gen ontoloji terimlerinin yanısıra, hedeflenen insan proteinlerinin Kegg izyolları, transkripsiyon faktör hedefleri ve ortak izyolları incelenmiştir. Bakteri-insan protein etkileşim ağyapılarının biyoinformatik tabanlı kapsamlı bir analizi literatürde henüz mevcut değildir. Bu tez, bakteri-insan protein-protein etkileşimleri sayesinde bakteriyel enfeksiyon stratejilerinin ortaya çıkarılmasında en geniş kapsamlı çalışmalardan biri olmuştur. Bakteri-konak protein-protein etkileşim verilerinin toplanarak ve incelenerek değişik bakteri türlerinin ortak ve farklı olan enfeksiyon stratejilerinin araştırılmış olması, bu çalışmanın özgün değerini oluşturmaktadır.
Özet (Çeviri)
Infectious diseases, which have been a serious threat for human life in ancient times, is still leading the causes of death and disability worldwide. Pathogens (viruses, bacteria, protozoa, fungi, etc.) express a wide range of molecules that bind to host cell targets to manipulate human mechanisms for their own advantage, and result in infection in the host organism. Well characterization of these interspecies (pathogen-human) interactions is required for a complete understanding of pathogenesis. The key point of fighting with infectious diseases is the identification and characterization of the strategies used by these pathogens to interact with the host, as these strategies are usually unique to specific pathogens or conserved across several different species. Within the framework of this project, bacterial infection mechanisms are investigated through bacteria-human protein-protein interactions. The targeted human proteins with specific properties different from the non-targeted ones are analyzed to enlighten several infection mechanisms. Gene Ontology enrichments of targeted human proteins are investigated; that is, all three GO terms are examined to identify the terms having significant association with each human protein set studied. In addition to GO terms, Kegg pathways, transcription factor targets and pathway commons of the targeted human proteins are identified. A thorough bioinformatic based analysis of bacteria-human protein interaction network is still missing in the literature. This study is the first attempt to comprehensively investigate bacterial infection strategies through bacteria-human protein-protein interactions. Common and specific infection strategies of different types of bacteria are identified, contributing to the novelty of the present research work.
Benzer Tezler
- Investigation of infection mechanisms through pathogen-human protein-protein interactions by bioinformatics approaches
Patojen-insan protein-protein etkileşimlerinin biyoinformatik analizi ile enfeksiyon mekanizmalarının incelenmesi
SALİHA DURMUŞ TEKİR
Doktora
İngilizce
2013
Kimya MühendisliğiBoğaziçi ÜniversitesiKimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. KUTLU Ö.ÜLGEN
- H.pylori (+) peptik ülserli hastalarda endotoksin ve DNA hasar seviyesinin incelenmesi
Investigation of endotoxin and dna damage level in patients with h.pylori (+) peptic ulcer
İSLİM GÜLER
Yüksek Lisans
Türkçe
2019
BiyokimyaHarran ÜniversitesiTıbbi Biyokimya Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. NİHAYET BAYRAKTAR
- Design, analysis, simulation and optimization of a MEMS Lorentz force magnetic field sensor for biosensing of biowarfare agents
Biyolojik savaş ajanlarının tespit uygulamaları için Lorentz kuvveti temelli manyetik alan sensörünün tasarımı, analizi, simülasyon ve optimizasyonu
EMİNE RUMEYSA YILMAZ
Yüksek Lisans
İngilizce
2018
Elektrik ve Elektronik Mühendisliğiİstanbul Teknik ÜniversitesiNanobilim ve Nanomühendislik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. LEVENT TRABZON
- İnvivo ortamda Qs inhibitörlerinin etkinliğinin araştırılması ve dokular üzerindeki etkilerinin saptanması
The in vivo investigation of Qs inhibitor efficiency and determination of the effectiveness on tissues
AYŞEGÜL ERGÜN
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2013
MikrobiyolojiSüleyman Demirel ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. SELÇUK KAYA
- Kırıkkale Üniversitesi-Tıp Fakültesi Hastanesi sağlık çalışanlarının önlüklerindeki bakteriyolojik kontaminasyonların incelenmesi
Investigation of bacteriological contamination in white coats of health care workers' in Kırıkkale University, Faculty of Medicine Hospital
AYŞE KANTEMİR
Yüksek Lisans
Türkçe
2015
BiyolojiKırıkkale ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. SEMA ÇETİN
YRD. DOÇ. DR. HACI FATMA ŞENER